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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29717 | |||||||||
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タイトル | BceABS ATPgS tilted BceS | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / histidine kinase / antimicrobial / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | George NL / Orlando BJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Architecture of a complete Bce-type antimicrobial peptide resistance module. 著者: Natasha L George / Benjamin J Orlando / 要旨: Gram-positive bacteria synthesize and secrete antimicrobial peptides that target the essential process of peptidoglycan synthesis. These antimicrobial peptides not only regulate the dynamics of ...Gram-positive bacteria synthesize and secrete antimicrobial peptides that target the essential process of peptidoglycan synthesis. These antimicrobial peptides not only regulate the dynamics of microbial communities but are also of clinical importance as exemplified by peptides such as bacitracin, vancomycin, and daptomycin. Many gram-positive species have evolved specialized antimicrobial peptide sensing and resistance machinery known as Bce modules. These modules are membrane protein complexes formed by an unusual Bce-type ABC transporter interacting with a two-component system sensor histidine kinase. In this work, we provide the first structural insight into how the membrane protein components of these modules assemble into a functional complex. A cryo-EM structure of an entire Bce module revealed an unexpected mechanism of complex assembly, and extensive structural flexibility in the sensor histidine kinase. Structures of the complex in the presence of a non-hydrolysable ATP analog reveal how nucleotide binding primes the complex for subsequent activation. Accompanying biochemical data demonstrate how the individual membrane protein components of the complex exert functional control over one another to create a tightly regulated enzymatic system. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29717.map.gz | 7.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29717-v30.xml emd-29717.xml | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29717_fsc.xml | 16.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29717.png | 90.5 KB | ||
マスクデータ | emd_29717_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-29717.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_29717_additional_1.map.gz emd_29717_half_map_1.map.gz emd_29717_half_map_2.map.gz | 168 MB 165.1 MB 165.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29717 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29717 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29717_validation.pdf.gz | 1002.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29717_full_validation.pdf.gz | 1002.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29717_validation.xml.gz | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29717_validation.cif.gz | 26.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29717 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29717 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_29717_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_29717_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_29717_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_29717_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : BceAB-S
全体 | 名称: BceAB-S |
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要素 |
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-超分子 #1: BceAB-S
超分子 | 名称: BceAB-S / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: A membrane protein complex formed by the BceAB transporter and the BceS histidine kinase |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 167 KDa |
-分子 #1: Bacitracin export permease protein BceB
分子 | 名称: Bacitracin export permease protein BceB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 72.262109 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNINQLILRN LKKNLRNYYL YVFALIFSVA LYFAFVTLQY DPAINEVKAS IKGAAAIKTA SILLVAVVAI FILYANTIFI KRRSKEIGL FQLIGMTKHK IFRILSAENV MLYFGSLAIG VAAGFSISKL VLMILFKIVD VKADAKLHFS EQALVQTVIV F CGIYLLIM ...文字列: MNINQLILRN LKKNLRNYYL YVFALIFSVA LYFAFVTLQY DPAINEVKAS IKGAAAIKTA SILLVAVVAI FILYANTIFI KRRSKEIGL FQLIGMTKHK IFRILSAENV MLYFGSLAIG VAAGFSISKL VLMILFKIVD VKADAKLHFS EQALVQTVIV F CGIYLLIM IMNYTFIKKQ SILSLFKVTS STEDKVKKIS FFQMLIGALG IVLILTGYYV SSELFGGKFK TINELFVAMS FI LGSVIIG TFLFYKGSVT FISNIIRKSK GGYLNISEVL SLSSIMFRMK SNALLLTIIT TVSALAIGLL SLAYISYYSS EKT AEQNVA ADFSFMNEKD AKLFENKLRE SNISFVKKAT PVLQANVDIA NIMDGTPKEM QGDPGNMQLA VVSDKDVKGV DVAA GEAVF SGYTDLLQKI MVFKDSGVIK VKSKHETQPL KYKGLREEFL VSYTFTSGGM PAVIVDDSLF KQLDKDKDPR IQLAQ STFI GVNVKHDDQM EKANELFQQV NKKNEHLSRL DTSAAQKSLF GMVMFIVGFL GLTFLITSGC ILYFKQMGES EDEKPS YTI LRKLGFTQGD LIKGIRIKQM YNFGIPLVVG LFHSYFAVQS GWFLFGSEVW APMIMVMVLY TALYSIFGFL SVLYYKK VI KSSL UniProtKB: Bacitracin export permease protein BceB |
-分子 #2: Bacitracin export ATP-binding protein BceA
分子 | 名称: Bacitracin export ATP-binding protein BceA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 29.248377 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSGHHHHHHV ILEANKIRKS YGNKLNKQEV LKGIDIHIEK GEFVSIMGAS GSGKTTLLNV LSSIDQVSHG TIHINGNDMT AMKEKQLAE FRKQHLGFIF QDYNLLDTLT VKENILLPLS ITKLSKKEAN RKFEEVAKEL GIYELRDKYP NEISGGQKQR T SAGRAFIH ...文字列: MSGHHHHHHV ILEANKIRKS YGNKLNKQEV LKGIDIHIEK GEFVSIMGAS GSGKTTLLNV LSSIDQVSHG TIHINGNDMT AMKEKQLAE FRKQHLGFIF QDYNLLDTLT VKENILLPLS ITKLSKKEAN RKFEEVAKEL GIYELRDKYP NEISGGQKQR T SAGRAFIH DPSIIFADEP TGALDSKSAS DLLNKLSQLN QKRNATIIMV THDPVAASYC GRVIFIKDGQ MYTQLNKGGQ DR QTFFQDI MKTQGVLGGV QHEH UniProtKB: Bacitracin export ATP-binding protein BceA |
-分子 #3: Sensor protein BceS
分子 | 名称: Sensor protein BceS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histidine kinase |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 38.811898 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIKAFLIERR SWIAAFLFQQ ALMLFIAFVD PSISFGNVLY MVYLCILFFI IFLWFRYRKE TAFYKSLKTW ENNLDVTAIN EPETPFEAM VERSIAGQTE HLKQTAARHR LALENEKDEL MAWIHEVKTP LTAMHLIIDR MEEKALKSQL SYEWLRIHLL L DQQLHQKR ...文字列: MIKAFLIERR SWIAAFLFQQ ALMLFIAFVD PSISFGNVLY MVYLCILFFI IFLWFRYRKE TAFYKSLKTW ENNLDVTAIN EPETPFEAM VERSIAGQTE HLKQTAARHR LALENEKDEL MAWIHEVKTP LTAMHLIIDR MEEKALKSQL SYEWLRIHLL L DQQLHQKR ISFIENDLSV EFIQLQPLIF KEIKDLQSWC IQKGIGFDIQ LEAKEVLSDA KWLAFIIRQL LTNAVKYSEA SE IEIKSFQ KGEQTQLQVK DCGRGIDPKD VPRIFDKGFT STTDHHDQAS TGMGLYLAKK AAAPLLIHID VESEFGAGTV FTL TFPIRN QFEHVISV UniProtKB: Sensor protein BceS |
-分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 150mM NaCl, 25mM Tris-HCl, 0.005% LMNG | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | Sample incubated with ATPgS prior to freezing |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |