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万見
- EMDB-29691: BceAB-S nucleotide free TM state 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29691
タイトルBceAB-S nucleotide free TM state 2
マップデータFinal map
試料
  • 複合体: BceAB-S
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export permease protein BceB
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export ATP-binding protein BceA
    • タンパク質・ペプチド: Sensor protein BceS
  • リガンド: OLEIC ACID
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
キーワードABC transporter / histidine kinase / antimicrobial / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter permease protein, BceB-type / : / : / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase ...ABC transporter permease protein, BceB-type / : / : / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacitracin export ATP-binding protein BceA / Bacitracin export permease protein BceB / Sensor protein BceS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者George NL / Orlando BJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM146721 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Architecture of a complete Bce-type antimicrobial peptide resistance module.
著者: Natasha L George / Benjamin J Orlando /
要旨: Gram-positive bacteria synthesize and secrete antimicrobial peptides that target the essential process of peptidoglycan synthesis. These antimicrobial peptides not only regulate the dynamics of ...Gram-positive bacteria synthesize and secrete antimicrobial peptides that target the essential process of peptidoglycan synthesis. These antimicrobial peptides not only regulate the dynamics of microbial communities but are also of clinical importance as exemplified by peptides such as bacitracin, vancomycin, and daptomycin. Many gram-positive species have evolved specialized antimicrobial peptide sensing and resistance machinery known as Bce modules. These modules are membrane protein complexes formed by an unusual Bce-type ABC transporter interacting with a two-component system sensor histidine kinase. In this work, we provide the first structural insight into how the membrane protein components of these modules assemble into a functional complex. A cryo-EM structure of an entire Bce module revealed an unexpected mechanism of complex assembly, and extensive structural flexibility in the sensor histidine kinase. Structures of the complex in the presence of a non-hydrolysable ATP analog reveal how nucleotide binding primes the complex for subsequent activation. Accompanying biochemical data demonstrate how the individual membrane protein components of the complex exert functional control over one another to create a tightly regulated enzymatic system.
履歴
登録2023年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29691.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 360 pix.
= 313.92 Å		0.87 Å/pix.
x 360 pix.
= 313.92 Å		0.87 Å/pix.
x 360 pix.
= 313.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.872 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.141
最小 - 最大-0.7482859 - 1.1295863
平均 (標準偏差)-0.00013377875 (±0.022514258)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 313.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29691_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_29691_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_29691_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BceAB-S

全体名称: BceAB-S
要素
  • 複合体: BceAB-S
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export permease protein BceB
    • タンパク質・ペプチド: Bacitracin export ATP-binding protein BceA
    • タンパク質・ペプチド: Sensor protein BceS
  • リガンド: OLEIC ACID
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate

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超分子 #1: BceAB-S

超分子名称: BceAB-S / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: A membrane protein complex formed by the BceAB transporter and BceS histidine kinase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 167 KDa

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分子 #1: Bacitracin export permease protein BceB

分子名称: Bacitracin export permease protein BceB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 72.262109 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNINQLILRN LKKNLRNYYL YVFALIFSVA LYFAFVTLQY DPAINEVKAS IKGAAAIKTA SILLVAVVAI FILYANTIFI KRRSKEIGL FQLIGMTKHK IFRILSAENV MLYFGSLAIG VAAGFSISKL VLMILFKIVD VKADAKLHFS EQALVQTVIV F CGIYLLIM ...文字列:
MNINQLILRN LKKNLRNYYL YVFALIFSVA LYFAFVTLQY DPAINEVKAS IKGAAAIKTA SILLVAVVAI FILYANTIFI KRRSKEIGL FQLIGMTKHK IFRILSAENV MLYFGSLAIG VAAGFSISKL VLMILFKIVD VKADAKLHFS EQALVQTVIV F CGIYLLIM IMNYTFIKKQ SILSLFKVTS STEDKVKKIS FFQMLIGALG IVLILTGYYV SSELFGGKFK TINELFVAMS FI LGSVIIG TFLFYKGSVT FISNIIRKSK GGYLNISEVL SLSSIMFRMK SNALLLTIIT TVSALAIGLL SLAYISYYSS EKT AEQNVA ADFSFMNEKD AKLFENKLRE SNISFVKKAT PVLQANVDIA NIMDGTPKEM QGDPGNMQLA VVSDKDVKGV DVAA GEAVF SGYTDLLQKI MVFKDSGVIK VKSKHETQPL KYKGLREEFL VSYTFTSGGM PAVIVDDSLF KQLDKDKDPR IQLAQ STFI GVNVKHDDQM EKANELFQQV NKKNEHLSRL DTSAAQKSLF GMVMFIVGFL GLTFLITSGC ILYFKQMGES EDEKPS YTI LRKLGFTQGD LIKGIRIKQM YNFGIPLVVG LFHSYFAVQS GWFLFGSEVW APMIMVMVLY TALYSIFGFL SVLYYKK VI KSSL

UniProtKB: Bacitracin export permease protein BceB

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分子 #2: Bacitracin export ATP-binding protein BceA

分子名称: Bacitracin export ATP-binding protein BceA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 29.248377 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGHHHHHHV ILEANKIRKS YGNKLNKQEV LKGIDIHIEK GEFVSIMGAS GSGKTTLLNV LSSIDQVSHG TIHINGNDMT AMKEKQLAE FRKQHLGFIF QDYNLLDTLT VKENILLPLS ITKLSKKEAN RKFEEVAKEL GIYELRDKYP NEISGGQKQR T SAGRAFIH ...文字列:
MSGHHHHHHV ILEANKIRKS YGNKLNKQEV LKGIDIHIEK GEFVSIMGAS GSGKTTLLNV LSSIDQVSHG TIHINGNDMT AMKEKQLAE FRKQHLGFIF QDYNLLDTLT VKENILLPLS ITKLSKKEAN RKFEEVAKEL GIYELRDKYP NEISGGQKQR T SAGRAFIH DPSIIFADEP TGALDSKSAS DLLNKLSQLN QKRNATIIMV THDPVAASYC GRVIFIKDGQ MYTQLNKGGQ DR QTFFQDI MKTQGVLGGV QHEH

UniProtKB: Bacitracin export ATP-binding protein BceA

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分子 #3: Sensor protein BceS

分子名称: Sensor protein BceS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histidine kinase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 38.811898 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌)
配列文字列: MIKAFLIERR SWIAAFLFQQ ALMLFIAFVD PSISFGNVLY MVYLCILFFI IFLWFRYRKE TAFYKSLKTW ENNLDVTAIN EPETPFEAM VERSIAGQTE HLKQTAARHR LALENEKDEL MAWIHEVKTP LTAMHLIIDR MEEKALKSQL SYEWLRIHLL L DQQLHQKR ...文字列:
MIKAFLIERR SWIAAFLFQQ ALMLFIAFVD PSISFGNVLY MVYLCILFFI IFLWFRYRKE TAFYKSLKTW ENNLDVTAIN EPETPFEAM VERSIAGQTE HLKQTAARHR LALENEKDEL MAWIHEVKTP LTAMHLIIDR MEEKALKSQL SYEWLRIHLL L DQQLHQKR ISFIENDLSV EFIQLQPLIF KEIKDLQSWC IQKGIGFDIQ LEAKEVLSDA KWLAFIIRQL LTNAVKYSEA SE IEIKSFQ KGEQTQLQVK DCGRGIDPKD VPRIFDKGFT STTDHHDQAS TGMGLYLAKK AAAPLLIHID VESEFGAGTV FTL TFPIRN QFEHVISV

UniProtKB: Sensor protein BceS

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分子 #4: OLEIC ACID

分子名称: OLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: OLA
分子量理論値: 282.461 Da
Chemical component information

ChemComp-OLA:
OLEIC ACID / オレイン酸

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分子 #5: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...

分子名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: 6OU
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度9.9 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMTris
0.005 %LMNG

詳細: 150mM NaCl, 25mM Tris-HCl, 0.005% LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 125346
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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