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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29572 | |||||||||
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タイトル | Human TMEM175-LAMP1 transmembrane domain only complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of organelle transport along microtubule / positive regulation of natural killer cell degranulation / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / lysosomal lumen pH elevation / phagolysosome membrane / cytolytic granule membrane / Golgi to lysosome transport / establishment of protein localization to organelle / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH ...regulation of organelle transport along microtubule / positive regulation of natural killer cell degranulation / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / lysosomal lumen pH elevation / phagolysosome membrane / cytolytic granule membrane / Golgi to lysosome transport / establishment of protein localization to organelle / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH / lysosomal lumen acidification / proton channel activity / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / potassium ion leak channel activity / arachidonic acid binding / autolysosome / azurophil granule membrane / ion channel inhibitor activity / potassium channel activity / autophagosome membrane / ficolin-1-rich granule membrane / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / multivesicular body / sarcolemma / neuron cellular homeostasis / melanosome / synaptic vesicle / late endosome / late endosome membrane / virus receptor activity / lysosome / protein stabilization / endosome membrane / endosome / protein domain specific binding / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang JY / Zeng WZ / Han Y / Jiang YX | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Lysosomal LAMP proteins regulate lysosomal pH by direct inhibition of the TMEM175 channel. 著者: Jiyuan Zhang / Weizhong Zeng / Yan Han / Wan-Ru Lee / Jen Liou / Youxing Jiang / 要旨: Maintaining a highly acidic lysosomal pH is central to cellular physiology. Here, we use functional proteomics, single-particle cryo-EM, electrophysiology, and in vivo imaging to unravel a key ...Maintaining a highly acidic lysosomal pH is central to cellular physiology. Here, we use functional proteomics, single-particle cryo-EM, electrophysiology, and in vivo imaging to unravel a key biological function of human lysosome-associated membrane proteins (LAMP-1 and LAMP-2) in regulating lysosomal pH homeostasis. Despite being widely used as a lysosomal marker, the physiological functions of the LAMP proteins have long been overlooked. We show that LAMP-1 and LAMP-2 directly interact with and inhibit the activity of the lysosomal cation channel TMEM175, a key player in lysosomal pH homeostasis implicated in Parkinson's disease. This LAMP inhibition mitigates the proton conduction of TMEM175 and facilitates lysosomal acidification to a lower pH environment crucial for optimal hydrolase activity. Disrupting the LAMP-TMEM175 interaction alkalinizes the lysosomal pH and compromises the lysosomal hydrolytic function. In light of the ever-increasing importance of lysosomes to cellular physiology and diseases, our data have widespread implications for lysosomal biology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29572.map.gz | 85.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29572-v30.xml emd-29572.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29572_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29572.png | 33.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29572.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_29572_half_map_1.map.gz emd_29572_half_map_2.map.gz | 70.2 MB 70.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29572 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29572 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29572_validation.pdf.gz | 936.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29572_full_validation.pdf.gz | 936.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29572_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29572_validation.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29572 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29572 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8fyfMC 8fy5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29572.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.842 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29572_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29572_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TMEM175-LAMP1 transmembrane domain only
全体 | 名称: TMEM175-LAMP1 transmembrane domain only |
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要素 |
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-超分子 #1: TMEM175-LAMP1 transmembrane domain only
超分子 | 名称: TMEM175-LAMP1 transmembrane domain only / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175
分子 | 名称: Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 55.667219 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSQPRTPEQA LDTPGDCPPG RRDEDAGEGI QCSQRMLSFS DALLSIIATV MILPVTHTEI SPEQQFDRSV QRLLATRIAV YLMTFLIVT VAWAAHTRLF QVVGKTDDTL ALLNLACMMT ITFLPYTFSL MVTFPDVPLG IFLFCVCVIA IGVVQALIVG Y AFHFPHLL ...文字列: MSQPRTPEQA LDTPGDCPPG RRDEDAGEGI QCSQRMLSFS DALLSIIATV MILPVTHTEI SPEQQFDRSV QRLLATRIAV YLMTFLIVT VAWAAHTRLF QVVGKTDDTL ALLNLACMMT ITFLPYTFSL MVTFPDVPLG IFLFCVCVIA IGVVQALIVG Y AFHFPHLL SPQIQRSAHR ALYRRHVLGI VLQGPALCFA AAIFSLFFVP LSYLLMVTVI LLPYVSKVTG WCRDRLLGHR EP SAHPVEV FSFDLHEPLS KERVEAFSDG VYAIVATLLI LDICEDNVPD PKDVKERFSG SLVAALSATG PRFLAYFGSF ATV GLLWFA HHSLFLHVRK ATRAMGLLNT LSLAFVGGLP LAYQQTSAFA RQPRDELERV RVSCTIIFLA SIFQLAMWTT ALLH QAETL QPSVWFGGRE HVLMFAKLAL YPCASLLAFA STCLLSRFSV GIFHLMQIAV PCAFLLLRLL VGLALATLRV LRGLA RPEH PPPAPTGQDD PQSQLLPAPC UniProtKB: Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175 |
-分子 #2: Lysosome-associated membrane glycoprotein 1
分子 | 名称: Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 44.928215 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAAPGSARRP LLLLLLLLLL GLMHCASAAM FMVKNGNGTA CIMANFSAAF SVNYDTKSGP KNMTFDLPSD ATVVLNRSSC GKENTSDPS LVIAFGRGHT LTLNFTRNAT RYSVQLMSFV YNLSDTHLFP NASSKEIKTV ESITDIRADI DKKYRCVSGT Q VHMNNVTV ...文字列: MAAPGSARRP LLLLLLLLLL GLMHCASAAM FMVKNGNGTA CIMANFSAAF SVNYDTKSGP KNMTFDLPSD ATVVLNRSSC GKENTSDPS LVIAFGRGHT LTLNFTRNAT RYSVQLMSFV YNLSDTHLFP NASSKEIKTV ESITDIRADI DKKYRCVSGT Q VHMNNVTV TLHDATIQAY LSNSSFSRGE TRCEQDRPSP TTAPPAPPSP SPSPVPKSPS VDKYNVSGTN GTCLLASMGL QL NLTYERK DNTTVTRLLN INPNKTSASG SCGAHLVTLE LHSEGTTVLL FQFGMNASSS RFFLQGIQLN TILPDARDPA FKA ANGSLR ALQATVGNSY KCNAEEHVRV TKAFSVNIFK VWVQAFKVEG GQFGSVEECL LDENSMLIPI AVGGALAGLV LIVL IAYLV GRKRSHAGYQ TI UniProtKB: Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8fyf: |