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- EMDB-29538: Rat 80S ribosome purified from brain RNA granules. Class 1 80S co... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29538
タイトルRat 80S ribosome purified from brain RNA granules. Class 1 80S consensus
マップデータ
試料
  • 複合体: Rat 80S ribosome purified from brain RNA granules. Class 1 80S consensus
キーワード80S / rat / RNA granule / RIBOSOME
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ortega J
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
CIFAR Azrieli Global Scholars カナダ
引用ジャーナル: J Neurosci / 年: 2023
タイトル: Ribosomes in RNA Granules Are Stalled on mRNA Sequences That Are Consensus Sites for FMRP Association.
著者: Mina N Anadolu / Jingyu Sun / Senthilkumar Kailasam / Kleanthi Chalkiadaki / Konstanze Krimbacher / Jewel T-Y Li / Teodora Markova / Seyed M Jafarnejad / Francois Lefebvre / Joaquin Ortega / ...著者: Mina N Anadolu / Jingyu Sun / Senthilkumar Kailasam / Kleanthi Chalkiadaki / Konstanze Krimbacher / Jewel T-Y Li / Teodora Markova / Seyed M Jafarnejad / Francois Lefebvre / Joaquin Ortega / Christos G Gkogkas / Wayne S Sossin /
要旨: Local translation in neurons is partly mediated by the reactivation of stalled polysomes. Stalled polysomes may be enriched within the granule fraction, defined as the pellet of sucrose gradients ...Local translation in neurons is partly mediated by the reactivation of stalled polysomes. Stalled polysomes may be enriched within the granule fraction, defined as the pellet of sucrose gradients used to separate polysomes from monosomes. The mechanism of how elongating ribosomes are reversibly stalled and unstalled on mRNAs is still unclear. In the present study, we characterize the ribosomes in the granule fraction using immunoblotting, cryogenic electron microscopy (cryo-EM), and ribosome profiling. We find that this fraction, isolated from 5-d-old rat brains of both sexes, is enriched in proteins implicated in stalled polysome function, such as the fragile X mental retardation protein (FMRP) and Up-frameshift mutation 1 homologue. Cryo-EM analysis of ribosomes in this fraction indicates they are stalled, mainly in the hybrid state. Ribosome profiling of this fraction reveals (1) an enrichment for footprint reads of mRNAs that interact with FMRPs and are associated with stalled polysomes, (2) an abundance of footprint reads derived from mRNAs of cytoskeletal proteins implicated in neuronal development, and (3) increased ribosome occupancy on mRNAs encoding RNA binding proteins. Compared with those usually found in ribosome profiling studies, the footprint reads were longer and were mapped to reproducible peaks in the mRNAs. These peaks were enriched in motifs previously associated with mRNAs cross-linked to FMRP , independently linking the ribosomes in the granule fraction to the ribosomes associated with FMRP in the cell. The data supports a model in which specific sequences in mRNAs act to stall ribosomes during translation elongation in neurons. Neurons send mRNAs to synapses in RNA granules, where they are not translated until an appropriate stimulus is given. Here, we characterize a granule fraction obtained from sucrose gradients and show that polysomes in this fraction are stalled on consensus sequences in a specific state of translational arrest with extended ribosome-protected fragments. This finding greatly increases our understanding of how neurons use specialized mechanisms to regulate translation and suggests that many studies on neuronal translation may need to be re-evaluated to include the large fraction of neuronal polysomes found in the pellet of sucrose gradients used to isolate polysomes.
履歴
登録2023年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2023年9月13日-
現状2023年9月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29538.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29538.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 240.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 398 pix.
= 433.82 Å		1.09 Å/pix.
x 398 pix.
= 433.82 Å		1.09 Å/pix.
x 398 pix.
= 433.82 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0163
最小 - 最大-0.038768854 - 0.12752475
平均 (標準偏差)-0.0010878274 (±0.005954456)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ398398398
Spacing398398398
セルA=B=C: 433.82 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29538_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29538_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rat 80S ribosome purified from brain RNA granules. Class 1 80S co...

全体名称: Rat 80S ribosome purified from brain RNA granules. Class 1 80S consensus
要素
  • 複合体: Rat 80S ribosome purified from brain RNA granules. Class 1 80S consensus

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超分子 #1: Rat 80S ribosome purified from brain RNA granules. Class 1 80S co...

超分子名称: Rat 80S ribosome purified from brain RNA granules. Class 1 80S consensus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: Brain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.225 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2938

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1630390
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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