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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2933 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM single particle reconstruction of Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 reconstructed with the mixture of empty and full particles | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of RnMBV1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Virus / fungal virus | |||||||||
生物種 | Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Miyazaki N / Salaipeth L / Kanematsu S / Iwasaki K / Suzuki N | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Gen Virol / 年: 2015 タイトル: Megabirnavirus structure reveals a putative 120-subunit capsid formed by asymmetrical dimers with distinctive large protrusions. 著者: Naoyuki Miyazaki / Lakha Salaipeth / Satoko Kanematsu / Kenji Iwasaki / Nobuhiro Suzuki / 要旨: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 (RnMBV1) W779 is a bi-segmented dsRNA virus and a strain of the type species Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 of the family Megabirnaviridae. RnMBV1 causes ...Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 (RnMBV1) W779 is a bi-segmented dsRNA virus and a strain of the type species Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 of the family Megabirnaviridae. RnMBV1 causes severe reduction of both mycelial growth of Rosellinia necatrix in synthetic medium and fungal virulence to plant hosts, and thus has strong potential for virocontrol (biological control using viruses) of white rot. The structure of RnMBV1 was examined by cryo-electron microscopy and three-dimensional reconstruction at 15.7 Å resolution. The diameter of the RnMBV1 capsid was 520 Å, and the capsid was composed of 60 asymmetrical dimers in the T = 1 (so-called T = 2) lattice that is well conserved among dsRNA viruses. However, RnMBV1 has putatively 120 large protrusions with a width of ∼ 45 Å and a height of ∼ 50 Å on the virus surface, making it distinguishable from the other dsRNA viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2933.map.gz | 199.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2933-v30.xml emd-2933.xml | 7.1 KB 7.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2933.png | 324.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2933 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2933 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2933_validation.pdf.gz | 232 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2933_full_validation.pdf.gz | 231.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2933_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2933 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2933 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2933.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 238.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of RnMBV1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Rosellinia necatrix megabirnavirus 1
全体 | 名称: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1
超分子 | 名称: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 120 subunits / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 16.2 MDa / 理論値: 16.2 MDa |
-超分子 #1: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1
超分子 | 名称: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: RnMBV1 / NCBI-ID: 1285598 / 生物種: Rosellinia necatrix megabirnavirus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: RnMBV1 |
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宿主 | 生物種: Rosellinia necatrix (シロモンパビョウキン) 株: W779 / 別称: FUNGI |
分子量 | 理論値: 16.2 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 520 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2011年4月18日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 2502 |
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