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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29327 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of RdrB from Escherichia coli RADAR defense system | |||||||||||||||
マップデータ | Escherichia coli RdrB map | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Adenosine/adenine deaminase / deaminase activity / Metal-dependent hydrolase / アデノシンデアミナーゼ 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Duncan-Lowey B / Johnson AG / Rawson S / Mayer ML / Kranzusch PJ | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the RADAR supramolecular anti-phage defense complex. 著者: Brianna Duncan-Lowey / Nitzan Tal / Alex G Johnson / Shaun Rawson / Megan L Mayer / Shany Doron / Adi Millman / Sarah Melamed / Taya Fedorenko / Assaf Kacen / Alexander Brandis / Tevie ...著者: Brianna Duncan-Lowey / Nitzan Tal / Alex G Johnson / Shaun Rawson / Megan L Mayer / Shany Doron / Adi Millman / Sarah Melamed / Taya Fedorenko / Assaf Kacen / Alexander Brandis / Tevie Mehlman / Gil Amitai / Rotem Sorek / Philip J Kranzusch / 要旨: RADAR is a two-protein bacterial defense system that was reported to defend against phage by "editing" messenger RNA. Here, we determine cryo-EM structures of the RADAR defense complex, revealing ...RADAR is a two-protein bacterial defense system that was reported to defend against phage by "editing" messenger RNA. Here, we determine cryo-EM structures of the RADAR defense complex, revealing RdrA as a heptameric, two-layered AAA+ ATPase and RdrB as a dodecameric, hollow complex with twelve surface-exposed deaminase active sites. RdrA and RdrB join to form a giant assembly up to 10 MDa, with RdrA docked as a funnel over the RdrB active site. Surprisingly, our structures reveal an RdrB active site that targets mononucleotides. We show that RdrB catalyzes ATP-to-ITP conversion in vitro and induces the massive accumulation of inosine mononucleotides during phage infection in vivo, limiting phage replication. Our results define ATP mononucleotide deamination as a determinant of RADAR immunity and reveal supramolecular assembly of a nucleotide-modifying machine as a mechanism of anti-phage defense. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29327.map.gz | 398.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29327-v30.xml emd-29327.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_29327.png | 66.6 KB | ||
その他 | emd_29327_half_map_1.map.gz emd_29327_half_map_2.map.gz | 391.5 MB 391.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29327 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29327 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29327.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli RdrB map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Escherichia coli RdrB half map A
ファイル | emd_29327_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli RdrB half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Escherichia coli RdrB half map B
ファイル | emd_29327_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Escherichia coli RdrB half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia coli RdrB dodecamer
全体 | 名称: Escherichia coli RdrB dodecamer |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia coli RdrB dodecamer
超分子 | 名称: Escherichia coli RdrB dodecamer / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Adenosine deaminase
分子 | 名称: Adenosine deaminase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 92.129875 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MERFLLNSTV LLYRLSTVSL DEVSLDERVE SSVFLAQYEQ ARSLPDHVAK SAWSYLVQQI KQRNMKLGPV AILRLIAEKF IKNEKGGPK IDLPMFSEWQ TLMSRVSCLP IIACHQVFNP GPASQEYSFR WPLYPYHPTV EDYITRECLH ETHQHLNGST S AEECWLDA ...文字列: MERFLLNSTV LLYRLSTVSL DEVSLDERVE SSVFLAQYEQ ARSLPDHVAK SAWSYLVQQI KQRNMKLGPV AILRLIAEKF IKNEKGGPK IDLPMFSEWQ TLMSRVSCLP IIACHQVFNP GPASQEYSFR WPLYPYHPTV EDYITRECLH ETHQHLNGST S AEECWLDA LKHPEACLRD FEKGWASQEM KQLCAQIDPS LTPRIFKDRL QIACNIREIL CRVAQGVELP EWIASMQNPQ QL ANSTILH NGREYGFATV WPIDDKYSQE SEFCWLTGLL EKWRFNAPEG LERLLWIYLL IQNQYLTLLV QRDDFFGFEQ FQN YTMTEL REETEKSYLS RFKHAHGAGV YSQVRYLEGR FAPKSDPNKM QKLLFSVLRG YWEYLSAHMS MEWVHEKPLT ISQV LDNLE LVEPHGKCVE LALVPHFIKR KPKNGEAYPH ALLFKDLKNQ AAILMDMLKS EPRLTGWIRG VDAAANEMHA PPELF CPLF RVLAKSGIAH FTYHVGEDFP HLISGIRSID DALRFLPLRN GDRLGHCTAI GITPSIWKRS LPLSLSMTKE TRLLDL VFI WRELRSHPEL LRYASDAAIE AVRLAHKVFS LEEEVSITTL DQVFEMRGLL AESEGLLSEL NEPLKPKSLW LEEYERA RE LVKTTGMKRP LKLYKQWLTS DNVRKQRAEY VEVALEYLPD EAVVALQQAV MAKMADRNIA IECPPTSNTR ISQYRNVS E HHIFRWMGLP GEAIEGDVPM SICLGSDDPG IFAADLKSEF YHLFVVLTRK FGLSPADALR KVAEVNENGR IYRFHDV |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.8 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
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最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 233454 |