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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-29311 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RNase-untreated RESC-C in trypanosomal RNA editing | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | HEAT repeat / trypanosoma / RNA editing substrate binding complex / gRNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of mitochondrial mRNA stability / mitochondrial RNA modification / mitochondrial mRNA processing / RNA modification / mitochondrial mRNA editing complex / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / RNA metabolic process / kinetoplast / cytidine to uridine editing ...regulation of mitochondrial mRNA stability / mitochondrial RNA modification / mitochondrial mRNA processing / RNA modification / mitochondrial mRNA editing complex / ribonucleoprotein granule / mitochondrial RNA processing / RNA metabolic process / kinetoplast / cytidine to uridine editing / mRNA stabilization / post-transcriptional regulation of gene expression / RNA processing / mitochondrial matrix / mRNA binding / mitochondrion / RNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu S / Wang H / Li X / Zhang F / Lee JKJ / Li Z / Yu C / Zhao X / Hu JJ / Suematsu T ...Liu S / Wang H / Li X / Zhang F / Lee JKJ / Li Z / Yu C / Zhao X / Hu JJ / Suematsu T / Alvarez-Cabrera AL / Liu Q / Zhang L / Huang L / Aphasizheva I / Aphasizhev R / Zhou ZH | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: Structural basis of gRNA stabilization and mRNA recognition in trypanosomal RNA editing. 著者: Shiheng Liu / Hong Wang / Xiaorun Li / Fan Zhang / Jane K J Lee / Zihang Li / Clinton Yu / Jason J Hu / Xiaojing Zhao / Takuma Suematsu / Ana L Alvarez-Cabrera / Qiushi Liu / Liye Zhang / Lan ...著者: Shiheng Liu / Hong Wang / Xiaorun Li / Fan Zhang / Jane K J Lee / Zihang Li / Clinton Yu / Jason J Hu / Xiaojing Zhao / Takuma Suematsu / Ana L Alvarez-Cabrera / Qiushi Liu / Liye Zhang / Lan Huang / Inna Aphasizheva / Ruslan Aphasizhev / Z Hong Zhou / 要旨: In , the editosome, composed of RNA-editing substrate-binding complex (RESC) and RNA-editing catalytic complex (RECC), orchestrates guide RNA (gRNA)-programmed editing to recode cryptic mitochondrial ...In , the editosome, composed of RNA-editing substrate-binding complex (RESC) and RNA-editing catalytic complex (RECC), orchestrates guide RNA (gRNA)-programmed editing to recode cryptic mitochondrial transcripts into messenger RNAs (mRNAs). The mechanism of information transfer from gRNA to mRNA is unclear owing to a lack of high-resolution structures for these complexes. With cryo-electron microscopy and functional studies, we have captured gRNA-stabilizing RESC-A and gRNA-mRNA-binding RESC-B and RESC-C particles. RESC-A sequesters gRNA termini, thus promoting hairpin formation and blocking mRNA access. The conversion of RESC-A into RESC-B or -C unfolds gRNA and allows mRNA selection. The ensuing gRNA-mRNA duplex protrudes from RESC-B, likely exposing editing sites to RECC-catalyzed cleavage, uridine insertion or deletion, and ligation. Our work reveals a remodeling event facilitating gRNA-mRNA hybridization and assembly of a macromolecular substrate for the editosome's catalytic modality. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_29311.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-29311-v30.xml emd-29311.xml | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_29311_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_29311.png | 118.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-29311.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_29311_half_map_1.map.gz emd_29311_half_map_2.map.gz | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29311 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29311 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_29311_validation.pdf.gz | 832.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_29311_full_validation.pdf.gz | 832.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_29311_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_29311_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29311 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-29311 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_29311.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29311_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29311_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RESC5-tagged isolate without RNase treatment
全体 | 名称: RESC5-tagged isolate without RNase treatment |
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要素 |
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-超分子 #1: RESC5-tagged isolate without RNase treatment
超分子 | 名称: RESC5-tagged isolate without RNase treatment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: CTS-tagged RESC5 purified from RNase-untreated mitochondrial extract by tandem affinity procedure |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
-分子 #1: mRNA
分子 | 名称: mRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
分子量 | 理論値: 6.45596 KDa |
配列 | 文字列: UAAUAGAAUA AGAUAUAAAA |
-分子 #2: gRNA
分子 | 名称: gRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
分子量 | 理論値: 4.968896 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUUUAAA UAAUUU |
-分子 #3: Mitochondrial RNA binding protein
分子 | 名称: Mitochondrial RNA binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
分子量 | 理論値: 34.727539 KDa |
配列 | 文字列: MLRHTSRNNA LHAFVRSPHY RTIPSAGPNG IVVNRDMLVH QFRDFYKTLQ HCSLVDKVHL MSERPSVEAL RVADQMVSIG ATFLEMPLT GMEHRATEFM ESMRYVRGAG GPSTLASYLQ DTENCRCNSG DVVCLPNGIA VGHGPRTNAV AHTTLKQLFE V KDDQFSFD ...文字列: MLRHTSRNNA LHAFVRSPHY RTIPSAGPNG IVVNRDMLVH QFRDFYKTLQ HCSLVDKVHL MSERPSVEAL RVADQMVSIG ATFLEMPLT GMEHRATEFM ESMRYVRGAG GPSTLASYLQ DTENCRCNSG DVVCLPNGIA VGHGPRTNAV AHTTLKQLFE V KDDQFSFD VFTLEQEGDA PPLGDYFGFA GSNVLLTWKD EHGLLAVDQY QQKQPHTEMN VVYLEPGCHF LSFYGVDHTI DV LVQKGYE RSMDSIAAAG LNPIPVQWSE MDKLGISMRA AVLPLKFFKA NVGGMLSRNK SRGARWQTHQ LQK UniProtKB: Mitochondrial RNA binding protein |
-分子 #4: RAP domain-containing protein
分子 | 名称: RAP domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
分子量 | 理論値: 57.823484 KDa |
配列 | 文字列: MRSALRRCIL RHQGCLRMKQ SLSAFPTVVT GMTRHQGNSL IGTTHGAELS LAGDPQSVSH LSARNIATEA LQMKKLHQER GGNPMLAQQ ARRVLFATSI AGQNLDARSV ALLLNTAVYF GMESDAKLVR ECIDYCLKND KLITVDVLPI VVTACATLKS R DAREVIEM ...文字列: MRSALRRCIL RHQGCLRMKQ SLSAFPTVVT GMTRHQGNSL IGTTHGAELS LAGDPQSVSH LSARNIATEA LQMKKLHQER GGNPMLAQQ ARRVLFATSI AGQNLDARSV ALLLNTAVYF GMESDAKLVR ECIDYCLKND KLITVDVLPI VVTACATLKS R DAREVIEM QAQKAARNAK FLDAKDVTNI ISAFSKTGIN HEKLFAFLSR RVQTLARVGE FEAAHLVILA NAFSRLRYRD KF LFGAIAR RAMSLRERVT VNELVPLIVA FSKIGLKDPK LSKRFATKAM EYVDQMNAEQ VASMFMAFAY FGIRYDQLFG VLT NRAVEL IDEFNAQYIS TTLNAFQRIG INNPELFDNL AERALAVVQD HDARDISKTV TALAHFGLKD EELFKRLASH AASI ADQFD AMGLVNTAHA FARTNFLQQD MAVALSERSV YVCRLLDAGE TRRLLWALAK FQVRDPKILT PVFNRCLALH YDFFA DPTG SEEIEEIFDF YGPNFCPPLY QLYISRGSTP QA UniProtKB: Guide RNA binding protein |
-分子 #5: RxLR effector protein
分子 | 名称: RxLR effector protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
分子量 | 理論値: 18.669676 KDa |
配列 | 文字列: MRSSRGILFL SGAFAIRGMS AYHSYQRLDT VSHTSKVYSL QMQRQTVHFT PITRLGVEAT ANPTTATNAT GQTGDGDGAT ALDVAMRVN KLKRLHQTGG GPSGKKQVEL DAWRDLNNLT EAQINSAEGK AVSLLLNSWA YFAKYWEKGA EGPSASLSEV T PSNDSSSA GEHGTQ UniProtKB: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit |
-分子 #6: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit
分子 | 名称: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
分子量 | 理論値: 61.109809 KDa |
配列 | 文字列: MLNVLSSTAS AALATVVVAR PSALHLIFER CKLNLVEFTA QDVYQICTTA YNMDTLGMLQ DPDFMRGLHD AFRRSDQTVI SPFQANLIA DTFRKVGINS MPKEVSVPEE DAISPESLIL VLRNMNITKQ RDERKINEVL KLMFPILDEF SPTQLSLTVT E LARLKSTN ...文字列: MLNVLSSTAS AALATVVVAR PSALHLIFER CKLNLVEFTA QDVYQICTTA YNMDTLGMLQ DPDFMRGLHD AFRRSDQTVI SPFQANLIA DTFRKVGINS MPKEVSVPEE DAISPESLIL VLRNMNITKQ RDERKINEVL KLMFPILDEF SPTQLSLTVT E LARLKSTN ADFVGKLAKR IMEYNDDLSA LDISSAAVSL AYCPGISHNI LYRMMQIVEE RMGEFQPEDY INVLHALNTL GP KFVNTFR KIVECGLQHV ENMDAVTLTN YMVCFSTMDY KQREHIDIYA DALVEVATDL SEKDLVMAFI ALQRLRLLSD TMF GTMASC VIRYAAKMDP RNIAPIMDIC STVPHASDHL MKVLMDRAVE CTRILTANQL GDILDILGLY PPAREHPLVQ LFGK QARLR LDLMGPDALA NATRGLANLG YADPEYYAQA AETGFRYGFK DWTLLEPMLM GLSITGQCPP TMVRVLGSHI APMAR SMSL MEIERANRYL RRLGCEDDFV YKAMASRVLQ FVKEVTPEMP EDLQVLLQRG AVEPGAAPGV M UniProtKB: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit |
-分子 #7: RAP domain-containing protein
分子 | 名称: RAP domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
分子量 | 理論値: 60.563676 KDa |
配列 | 文字列: MRRRVVLCCQ DVGSLLSSKH SVHSGIGYHE RVFSRNLLYR RYPVVTVLPK AGFTVLDTKR WIASSGPPVT GSPLSPVTNP SLNVGTGGG EAVAMEGPLP VSYSPGSGVN GSLPVTSTAI TAHCDVLSEC VAKADELAVQ LKAQNALSAS AEILTQEGME E FVEELKTS ...文字列: MRRRVVLCCQ DVGSLLSSKH SVHSGIGYHE RVFSRNLLYR RYPVVTVLPK AGFTVLDTKR WIASSGPPVT GSPLSPVTNP SLNVGTGGG EAVAMEGPLP VSYSPGSGVN GSLPVTSTAI TAHCDVLSEC VAKADELAVQ LKAQNALSAS AEILTQEGME E FVEELKTS ATNEMTALVK QMQTTPLLQR AGMHELRRTL YYTTSLKERD WLEEKQYTAA MRMLTVEVLR RDGDGVLSAD DV LYVTTHV VTANFYNRHL WNRMEKSLLK FSNYENIDMS SVKAFSTRLF KTRRGCAKET LDIRRKVLLA MSRRVGVLAN DFD LPSLLG VLQCYTVHDL TPFHLEPLAI RATNHVGDFT PHECATLAHV LRKWRTMRLE VCERLVERIC TSDQLTHHMA NAAM IAIRT CFNQVSDGGR NAMNAEPTRQ KLRAMGEQIG CRLDEVEYPA LPVILSILDV VVTLKIYVPK KCLQVIFSQA NDMVA IVME QKDDLVDPKT GKRVRPITAE EGRQLQALLS HYGNDLAPEL SQRMKEAFRE GVLPDEASL UniProtKB: Mitochondrial RNA binding complex 1 subunit |
-分子 #8: Phytanoyl-CoA dioxygenase family protein
分子 | 名称: Phytanoyl-CoA dioxygenase family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) |
分子量 | 理論値: 41.293148 KDa |
配列 | 文字列: MRSGRKLGCF TNRLRLPFFS PCSQITALTA SHRCKSYVLK FLRGQLPEDL KDVNGALGCL YGTLPDVDEF GQFVISPDVV NSFHQFGYV KMPIPVLDHQ QIDKLADEVN ELANNVEHHP KTERLYATSL ADLTGGPLFF CQGQWRAAWG MHDLIYLPTI T VAASQILN ...文字列: MRSGRKLGCF TNRLRLPFFS PCSQITALTA SHRCKSYVLK FLRGQLPEDL KDVNGALGCL YGTLPDVDEF GQFVISPDVV NSFHQFGYV KMPIPVLDHQ QIDKLADEVN ELANNVEHHP KTERLYATSL ADLTGGPLFF CQGQWRAAWG MHDLIYLPTI T VAASQILN NSLVRLWYDE VFMKAARTGP CVPWQQNYAR WQHTKPVNHV TVMIALDTMN KDRGAPCLVP GSHRWREGGL LP PVSYDPT KDEAHQLNTI WEIINEEEGE MLMDTPPVTV DLRRGEALLI HPLTLFATHG NRSLDAVRCC FIHYMGEKTY AVQ NGPLLP HTTKFQADAM IQGPFYPVVF DPAMTEELTM LPTAPSEEEA UniProtKB: Phytanoyl-CoA dioxygenase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |