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- EMDB-29244: Golden Shiner Reovirus Core Tropical Vertex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29244
タイトルGolden Shiner Reovirus Core Tropical Vertex
マップデータ
試料
  • ウイルス: Golden shiner reovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • RNA: x 5種
  • リガンド: x 1種
キーワードdsRNA / virus / RNA-dependent / RNA-polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...viral intermediate capsid / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / GTP binding / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / : / : / : / : / : / : / : / : ...Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / : / : / : / : / : / : / : / : / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 6th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 7th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), ferredoxin-like domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), GTase domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), N-terminal / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-1 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-2 / Reovirus minor core protein, Mu-2 / Reovirus minor core protein Mu-2 / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / C2H2-type zinc finger / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Clamp protein VP6 / Microtubule-associated protein VP5 / Major inner capsid protein VP3 / RNA-directed RNA polymerase VP2 / Outer capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Golden shiner reovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Stevens AS / Zhou ZH
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI007323 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023
タイトル: Asymmetric reconstruction of the aquareovirus core at near-atomic resolution and mechanism of transcription initiation.
著者: Alexander Stevens / Yanxiang Cui / Sakar Shivakoti / Z Hong Zhou /
履歴
登録2022年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月8日-
マップ公開2023年3月8日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29244.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29244.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å		1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å		1.36 Å/pix.
x 320 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00547
最小 - 最大-0.026449014 - 0.03992468
平均 (標準偏差)0.00053631037 (±0.0030767058)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_29244_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_29244_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Golden shiner reovirus

全体名称: Golden shiner reovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Golden shiner reovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase VP2
    • タンパク質・ペプチド: Microtubule-associated protein VP5
    • タンパク質・ペプチド: Major inner capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: Major inner capsid protein VP3
    • RNA: RNA (38-MER)
    • RNA: RNA (30-MER)
    • RNA: RNA (52-MER)
    • RNA: RNA (39-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Clamp protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid protein VP1
    • RNA: RNA (60-MER)
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Golden shiner reovirus

超分子名称: Golden shiner reovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11 / 詳細: Virus cultured in fathead minnow cells / NCBI-ID: 185783 / 生物種: Golden shiner reovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Notemigonus crysoleucas (魚類)
分子量理論値: 47 MDa

+
分子 #1: RNA-directed RNA polymerase VP2

分子名称: RNA-directed RNA polymerase VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 141.605281 KDa
配列文字列: EELFNALPQP LQQLSLALAG EIPLTDHIFE QAASTWHVQP RSLTYKLLDH IPFSTPVVVP PSIYHSLDWS KCFAVNQDRV ERVPTIDDP DDVYVPNSDI GPLLTSLHTI PDYGFLHPAI ENDATTLRAE RARCASTFYK IASSQARQVK LDPIRMLGFL L LVQARPRV ...文字列:
EELFNALPQP LQQLSLALAG EIPLTDHIFE QAASTWHVQP RSLTYKLLDH IPFSTPVVVP PSIYHSLDWS KCFAVNQDRV ERVPTIDDP DDVYVPNSDI GPLLTSLHTI PDYGFLHPAI ENDATTLRAE RARCASTFYK IASSQARQVK LDPIRMLGFL L LVQARPRV PSGLVTDQPT RRDPTQSPAL HAIWQVMQYY KVAGVYYAPA LVVPSGAIWW IPPPGKRNVV SVQYLLTDLI NL AILAHMT DMSPTLELTG VLMYLRAASS HSHAYTLLQM KSVFPALSLR SMYRNKGFGG KAPAIEWTEP RSKYKFRWTG VTQ LHDGLR PRSPSMDVPT LEVLTKYELV DIGHIIIRER NAHPRHNHDS VRFVRDVMAL TSGMYLVRQP TMSVLREYSQ VPDI KDPIP PSAWTGPIGN VRYLLPSVQG PARHLYDTWR AAARQIAQDP QWHDPLNQAI MRAQYVTARG GSSASLKFAL KVTGI VLPE YDDSKVKKSS KIYQAAQIAR IAFMLLIAAI HAEVTMGIRN QVQRRARSIM PLNVIQQAIS APHTLVANYI NKHMNL STT SGSVVTDKVI PLILYASTPP NTVVNVDIKA CDASITYNYF LSVICGAMHE GFEVGNADAA FMGVPSTIVS DRRSSVA PY SRPISGLQTM VQHLADLYAA GFRYSVSDAF SSGNKFSFPT STFPSGSTAT STEHTANNST MMEYFLNVHA PSHVKSAS L KRILTDMTIQ RNYVCQGDDG ILLLPHEAAS KISADDMNEL LTCLRDYGQL FGWNYDIDWS DTAEYLKLYA LMGCRIPNT SRHPPVGKEY AAPQTDEIWP SLIDIVIGHH LNGVTDVLNW REWLRFSWAF ACYSSRGGYT NPKGQSFSAQ YPWWTFVYLG IPPILLPGQ TPFIHSCYMP PGDQGMFSIL NGWRDWLISH ASTTLPPLRH NHPVWGLSDV PSLLSQFGVY AGYHAAQHYR R PKPAPETA SSDSINQITS DLTEYLFYDS ALKARVMKGR YNWERLSSSL SLNVGSRVPS LFDVPGKWVA AGRDAEKPPP SS VEDMFTS LNRCIRRPTH SFSRLLELYL RVHVTLGESI PLAIDPDVPQ VAGADPANDD HWFKYTCLGD IPSATRNYFG ESL FVGRVV SGLDVEAVDA TLLRLKILGA PPEAFIAVLN GIGMSDSEAH QIAGRISLAN AQLVQIARVV HLSIPSSWMT LNTG PYIHH HAYDFKPGIT QPSAKSRDKS IWMSPILKLL CTSYAMTVAG PVRTSIVTEI DGSAAALSGN LRVWMRDV

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase VP2

+
分子 #2: Microtubule-associated protein VP5

分子名称: Microtubule-associated protein VP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 79.347359 KDa
配列文字列: MITIVVIPTA HFSWTDTNFL NSVDYRLTSQ PKIRDRFAVY APGWLRRQLD EFSASLTASE LLQALQTIPI PVKARCLLLP KPKRFAQWL LDVPSANIWH IPVTTLRATV ASKHPSSDVY NYIPDHVPPS AEFDTVTRRV AAGRDIYVRS TKVLGAPLCL A APAKYYAG ...文字列:
MITIVVIPTA HFSWTDTNFL NSVDYRLTSQ PKIRDRFAVY APGWLRRQLD EFSASLTASE LLQALQTIPI PVKARCLLLP KPKRFAQWL LDVPSANIWH IPVTTLRATV ASKHPSSDVY NYIPDHVPPS AEFDTVTRRV AAGRDIYVRS TKVLGAPLCL A APAKYYAG YLSTHQLDGV YPDNWAPDNF HKREFCLTIL PSLLGPRTFL LDVDADRDAS YPLSVLWPQL RVLALKSRLL LP PVALLRR VVDPGLKPTW SADSDAAFRA LRLSRPSSAS KPTGFDFSAL PVVDIICLFE SEPDDHGRVA PGTRLTIHSV PTD LLTSLS IQEGVRYPLR QESGMFVPWV LLALLMSDDV TISGTRRSVK LETAHASARP FVHITVERCA SARVVDVRGS PAMY ANAVC LTLPKGSYKS TIIDTLPAMF SDLSILEQAA VIDSDALGDS LRPSFETQFL ERLENLDPKL LDRAVASILS PASDT SDDA VTTVLDVFNA LYREVMTPAQ RSRLPLLTQQ GRVLAFAHSD YELLSANIPI QVVRGSIPID HVVNLLARRN RVGGTA LQV LLDYCYRTQA SPLAPTPAGR LYKQLFGPWL MVPRLSDPLI KLRLVASAPA KVLRAAGWTI DGDPPLEVSC LCAYVTD RA MAAALIERRL DSRALVNVGG DQLMFVEYAP PLPLVSIPRT FLLPVTYVVH WVSPQRVLLN GGNVSFTSGL EWTFDD

UniProtKB: Microtubule-associated protein VP5

+
分子 #3: Major inner capsid protein VP3

分子名称: Major inner capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 124.694531 KDa
配列文字列: DIITRPTSDS IAAVANATKP AAVVSDPQSM KVTPIVNPSS YVCNVCNARF STMSALSEHL RSDHRDDAST LLATPMINNA IRSFLTAWD GIRILSPDVS SKHLSAYLDS AVANGPELIV EDTGLCTSFM LLDNIPSAHL TKELIGFTWF MQMYQMTPPL P EGAVNRIV ...文字列:
DIITRPTSDS IAAVANATKP AAVVSDPQSM KVTPIVNPSS YVCNVCNARF STMSALSEHL RSDHRDDAST LLATPMINNA IRSFLTAWD GIRILSPDVS SKHLSAYLDS AVANGPELIV EDTGLCTSFM LLDNIPSAHL TKELIGFTWF MQMYQMTPPL P EGAVNRIV CMTNWASLGD EGRGLEVRLP PPTDSSVHAY KTVLSRGYID NAQFNPLALR SNVLLMLLQF TLSNLKINKS ST FTSDVTT ITSGRMIRAF EGRPELLALA YPGRAVLPTQ TKNAQFLSTA IADRIGRLDR ANLIGGEVSA MVECMELCDA LTL HIRETY VMLLRSMHQD PTQIVQIVNE CANNLLNSTI PISLRPTILC PWFASSEDLR LQQVMHLVNI SSNTAAALPL VEAL STLLR SVTPLVLDPT VLTNAITTIS ESTTQTISPI SEILRLLQPM GNDYAAFWKC IASWAYNGLV TTVLSEDAFP DSSQS ITHL PSMWKCLFLT LAGPMTSDPH SPVKVFMALA NLLAQPEPIA IGVPGMHQTT PASQFSHPGV WPPGFLNPQL INPQQA PLL RAFAEHIRAN WPQPSEFGYG STLQGSANLF IPPNRMVYPW PNQPLPRLTV APTYDSAMSN WISTTIAFFI RVVNSVN MT ATVNDLTRRT MTGVMTAMRQ VKTMTPFYIQ HMCPTELSVL ASVTVTPPFQ VPFTRLVQND VITNVLVARV DPAQRGDA A VDIRATHATF AAALPVDPAA IVVAMLCGQT ETNLIPSHHY GKAFAPLFAS NAMFTRNQRA VITREAFVCA RSAVAQCQD AGFLVPRPLD ALRQFDVTSA AAAEIMHAVN DAFKTAFDLD GALLDGLALY GDPRIADLSA AYLQYGGNVV REHVPPGPSH IHRTLQQVE STFMAEMNLF NVARGNLYLV QTATNGNWSP MAPVAAPPFV RGGPNVRVVG RFGTIVPRPD GLEPQLIDDG N VPRDIAGD WVYPSDVLQV SVAVFCDYVW PMVKAGRTRV LVELGHYVYT LHYYDPQISL DEAPILEEWL SKINPAGIPP VP FCIPIPQ VYPCITARRV HYAFTSENNN DSLFSTNAAS IDTAFGENAA VSPLRWPGLV DPNYRVGTND LPNRITLYNS LYR YNFTYP TLDGIMYVRS AT

UniProtKB: Major inner capsid protein VP3

+
分子 #4: Major inner capsid protein VP3

分子名称: Major inner capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 9.147655 KDa
配列文字列:
TASPADTNVV PAKDAPTTNS PPSTTSPNQA AADANQQQAG IVSSQSGPNA VGDSAPSTSV NNDGDIITRP TSDSIAAVAN ATKPAAVVS DPQSM

UniProtKB: Major inner capsid protein VP3

+
分子 #9: Clamp protein VP6

分子名称: Clamp protein VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 44.489391 KDa
配列文字列: AQRQFFGLTY NFYGQPAPLF DLNDLQELAG CYARPWTSRF SHLAISTGSL PVWSARYPSV ASRNIIVNTL LGAHLNPFAG GQVTSHQGI TWRDPVLSSL APVPAIQPPP VWAVAENVPL DSNNYPTYVL NLSSMWPINQ DVHIMTMWAL SDQGPIYHLE V PVDPMPAA ...文字列:
AQRQFFGLTY NFYGQPAPLF DLNDLQELAG CYARPWTSRF SHLAISTGSL PVWSARYPSV ASRNIIVNTL LGAHLNPFAG GQVTSHQGI TWRDPVLSSL APVPAIQPPP VWAVAENVPL DSNNYPTYVL NLSSMWPINQ DVHIMTMWAL SDQGPIYHLE V PVDPMPAA TTAALMAYIG VPIAHLAQTA YRFAGQLPQS PDSTMVSTIR WLSAIWFGSL TGRLNRSRTC NGFYFEFAKP AL NPDQAVL KWNDGARAAP PAAAQSSYMR CISPHWQHQI VEVAGALMSQ SVTAVTGLPA LIDEATLPAW SQGVANLTGN GQG VVPCLD YNPVPMAAAR HLQWRQDGLI TAAQEAQLNN DYTAYALTIE RHLTAMLVAN PIAAGRMPIQ PFNAADFGQA GQTA AAVAL AQAMFV

UniProtKB: Clamp protein VP6

+
分子 #10: Outer capsid protein VP1

分子名称: Outer capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: mRNA guanylyltransferase
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 141.10975 KDa
配列文字列: AAVFGIQLVP KLNTSTTRRT FLPLRFDLLL DRLQSTNLHG VLYRALDFNP VDRSATVIQT YPPLNAWSPH PAFIENPLDY RDWTEFIHD RALAFVGVLT QRYPLTQNAQ RYTNPLVLGA AFGDFLNARS IDIFLDRLFY GPTQESPITS ITKFPYQWTI D FNVTADSV ...文字列:
AAVFGIQLVP KLNTSTTRRT FLPLRFDLLL DRLQSTNLHG VLYRALDFNP VDRSATVIQT YPPLNAWSPH PAFIENPLDY RDWTEFIHD RALAFVGVLT QRYPLTQNAQ RYTNPLVLGA AFGDFLNARS IDIFLDRLFY GPTQESPITS ITKFPYQWTI D FNVTADSV RTPAGCKYIT LYGYDPSRPS TPATYGKHRP TYATVFYYST LPARSRLLAN LAAGPTVLEH FDSPTYGPHL LL PQTGDVL GYSSSLISQA ALLMVESVMD ALRDNANASA STAVTRLDQS YHPVTSFDPS TFNTLLQRAT NLALLAVQGV QSE SAIPAI PTMSDVRSFV ARLMAEGDPQ QWFPYRVDQI LYWPESPFVP PIGPFYAPFR PVNFPFTTGS YTVVPDASRP LRLL PQYRN ATITVQQADD AYEDTALSPL ITTHGFCVTG GVSTSIYDIS GDPTAYPPAQ LVDTPNDYFD RERMARRDLF RRLRA PADR SAIKDRAVFD FLASLVNPTT ANPVLDTSFS MAYLGASSAH ANADEPVILA DIRSGSIPGL PIPRRIVQFG YDVVHG SLL DLSRAVPTGT FGLVYADLDQ VEDAGTDMPA ANRAAIAMLG TALQMTTAGG VSVLKVNFPT RAFWTQVFNL YATHATT LH LVKPTIVNSS EVFLVFGGRQ SNGALRSTTA LQRALLSLYA RNAAIDRAVT HIPFFGVPDD GTSDLGIDAV RLFDPMFS D AVANLPSNAL ASLVSRVVPS SIMFTRVPSN GPVSTTIYGK RTFLSNRRRA RLRDVPMLIT TTLVHQRRFT TPPTFTLFS SEAVPVTTLV AAGYNSFISE QTRNPNLAHL LDLGTGPECR ILSLIPPTLQ VTMSDARPCA ELMASFDPAL TAYVQGDYST AAFWNGIRC DSATAIFTLG AAAAAAGTDL IAFVQQLIPR IVAAGGTRMW LQLNTPLYEV SSLPDLIDID LRDRVYRFNG G ERVEPYAD PVPLQQAIAA LLPAAALSWH TLSPTCDWLP YIIGVGSPLN LSDINTAISY SRLTPILHID TTTPPLRVNP VP TPLNQQC AIRITSLDPA AVLSVQHNGV EVIGGTPGNV ISVAGAAALQ YILANQEFLL QFTPTLPGIF DVFLTTLGQP PVP RGSFTI TPPPTTVVLN MPPPGQLDFT DVGNDARITC DPYYQLAVCI FKDGQYVRVN PEKASVVTNA PNRDLHFVLD LADN HVLLY LCDVTPSGLG DRIAFPIVDI YRIAFPRNTP VRASLPYTGG GAHLTSGGNP FMSLTTPPAV LPAGVALAAL STSVA TQYP TYTLPAGVYE YVI

UniProtKB: Outer capsid protein VP1

+
分子 #5: RNA (38-MER)

分子名称: RNA (38-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 8.850246 KDa
配列文字列:
UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUA

+
分子 #6: RNA (30-MER)

分子名称: RNA (30-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 12.027101 KDa
配列文字列:
UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUA

+
分子 #7: RNA (52-MER)

分子名称: RNA (52-MER) / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 16.474699 KDa
配列文字列:
UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UA

+
分子 #8: RNA (39-MER)

分子名称: RNA (39-MER) / タイプ: rna / ID: 8 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 12.662472 KDa
配列文字列:
UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA

+
分子 #11: RNA (60-MER)

分子名称: RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 11 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 19.016188 KDa
配列文字列:
UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA UAUAUAUAUA

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 99323
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6m99

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 99323
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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