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万見
- PDB-8fjl: Golden Shiner Reovirus Core Tropical Vertex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fjl
タイトルGolden Shiner Reovirus Core Tropical Vertex
要素
  • (Major inner capsid protein ...) x 2
  • Clamp protein VP6
  • Microtubule-associated protein VP5
  • Outer capsid protein VP1
  • RNA (30-MER)
  • RNA (38-MER)
  • RNA (39-MER)
  • RNA (52-MER)
  • RNA (60-MER)
  • RNA-directed RNA polymerase VP2
キーワードVIRUS / dsRNA / RNA-dependent / RNA-polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral intermediate capsid / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / mRNA guanylyltransferase activity / viral nucleocapsid / mRNA guanylyltransferase ...viral intermediate capsid / T=2 icosahedral viral capsid / viral inner capsid / host cytoskeleton / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / mRNA guanylyltransferase activity / viral nucleocapsid / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / GTP binding / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / Reovirus minor core protein, Mu-2 / Reovirus minor core protein Mu-2 / : / : / : / : / : / : ...Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / Reovirus minor core protein, Mu-2 / Reovirus minor core protein Mu-2 / : / : / : / : / : / : / : / : / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 6th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), 7th domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), ferredoxin-like domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), GTase domain / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), N-terminal / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-1 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), methyltransferase-2 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / : / Inner capsid protein lambda-1/VP3 / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / C2H2-type zinc finger / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Clamp protein VP6 / Microtubule-associated protein VP5 / Inner capsid protein VP3 / RNA-directed RNA polymerase VP2 / Outer capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Golden shiner reovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Stevens, A.S. / Zhou, Z.H.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI007323 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023
タイトル: Asymmetric reconstruction of the aquareovirus core at near-atomic resolution and mechanism of transcription initiation.
著者: Alexander Stevens / Yanxiang Cui / Sakar Shivakoti / Z Hong Zhou /
履歴
登録2022年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase VP2
B: Microtubule-associated protein VP5
C: Major inner capsid protein VP3
D: Major inner capsid protein VP3
E: Major inner capsid protein VP3
F: Major inner capsid protein VP3
G: Major inner capsid protein VP3
H: Major inner capsid protein VP3
I: Major inner capsid protein VP3
J: Major inner capsid protein VP3
K: Major inner capsid protein VP3
L: Major inner capsid protein VP3
M: Major inner capsid protein VP3
N: Major inner capsid protein VP3
a5: RNA (38-MER)
b5: RNA (38-MER)
b6: RNA (30-MER)
a6: RNA (30-MER)
a1: RNA (52-MER)
b1: RNA (52-MER)
a3: RNA (39-MER)
V: Clamp protein VP6
W: Clamp protein VP6
X: Clamp protein VP6
Y: Outer capsid protein VP1
Z: Outer capsid protein VP1
a: Clamp protein VP6
b: Clamp protein VP6
c: Outer capsid protein VP1
d: Clamp protein VP6
e: Clamp protein VP6
f: Outer capsid protein VP1
g: Clamp protein VP6
h: Clamp protein VP6
i: Outer capsid protein VP1
b3: RNA (39-MER)
k: Major inner capsid protein VP3
l: Major inner capsid protein VP3
m: Major inner capsid protein VP3
n: Clamp protein VP6
a2: RNA (60-MER)
b2: RNA (60-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,802,40246
ポリマ－2,802,14042
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 4種, 17分子 ABVWXabdeghnYZcfi

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase VP2


分子量: 141605.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8JU61, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Microtubule-associated protein VP5


分子量: 79347.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8JU58
#9: タンパク質
Clamp protein VP6


分子量: 44489.391 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8JU54
#10: タンパク質
Outer capsid protein VP1


分子量: 141109.750 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q8JU62, mRNA guanylyltransferase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase

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Major inner capsid protein ... , 2種, 15分子 CDEFGHIJKLMNklm

#3: タンパク質
Major inner capsid protein VP3 / ATP-dependent DNA helicase VP3


分子量: 124694.531 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8JU60, RNA helicase
#4: タンパク質
Major inner capsid protein VP3 / ATP-dependent DNA helicase VP3


分子量: 9147.655 Da / 分子数: 5 / Fragment: N-terminal residues 13-106 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8JU60, RNA helicase

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RNA鎖 , 5種, 10分子 a5b5b6a6a1b1a3b3a2b2

#5: RNA鎖 RNA (38-MER)


分子量: 8850.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス)
#6: RNA鎖 RNA (30-MER)


分子量: 12027.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス)
#7: RNA鎖 RNA (52-MER)


分子量: 16474.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス)
#8: RNA鎖 RNA (39-MER)


分子量: 12662.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス)
#11: RNA鎖 RNA (60-MER)


分子量: 19016.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Golden shiner reovirus (ウイルス)

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非ポリマー , 1種, 4分子

#12: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Golden shiner reovirus / タイプ: VIRUS / 詳細: Virus cultured in fathead minnow cells / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL
分子量値: 47 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Golden shiner reovirus (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Notemigonus crysoleucas
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Phosphate buffered saline
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.5/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 99323
3次元再構成解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99323 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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