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- EMDB-29024: Structure of Mce1 transporter from Mycobacterium smegmatis in the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29024
タイトルStructure of Mce1 transporter from Mycobacterium smegmatis in the absence of LucB (Map2)
マップデータComposite density map (Map2) for particles in Class2. Map was generated by in PHENIX by using the raw map (boxsize 640 px) and combining Map2a,2b,2c,2d (boxsize 360 px).
試料
  • 複合体: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF) and an ABC transporter (YrbE1A-B, 2 copies of MceG)
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein
    • タンパク質・ペプチド: MCE-family protein MCE1c
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor mce family protein
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein
    • タンパク質・ペプチド: Mce-family protein mce1f
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, ATP-binding protein,Green fluorescent protein chimera
    • タンパク質・ペプチド: Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a
    • タンパク質・ペプチド: ABC-transporter integral membrane protein
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
キーワードMembrane protein complex / ABC transporter / Virulence factor / Lipid transport / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipid transporter activity / bioluminescence / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / generation of precursor metabolites and energy / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Virulence factor Mce protein / Mammalian cell entry, C-terminal / Cholesterol uptake porter CUP1 of Mce4, putative / : / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / Mce/MlaD / MlaD protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related ...Virulence factor Mce protein / Mammalian cell entry, C-terminal / Cholesterol uptake porter CUP1 of Mce4, putative / : / ABC transporter permease MalE / Permease MlaE / Mce/MlaD / MlaD protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC-transporter integral membrane protein / Virulence factor Mce family protein / Virulence factor Mce family protein / Virulence factor mce family protein / Virulence factor Mce family protein / Mce-family protein mce1f / ABC transporter, ATP-binding protein / Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a / MCE-family protein MCE1c / Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen J / Bhabha G / Ekiert DC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)PEW-00033055 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure of an endogenous mycobacterial MCE lipid transporter.
著者: James Chen / Alice Fruhauf / Catherine Fan / Jackeline Ponce / Beatrix Ueberheide / Gira Bhabha / Damian C Ekiert /
要旨: To replicate inside macrophages and cause tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis must scavenge a variety of nutrients from the host. The mammalian cell entry (MCE) proteins are important virulence ...To replicate inside macrophages and cause tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis must scavenge a variety of nutrients from the host. The mammalian cell entry (MCE) proteins are important virulence factors in M. tuberculosis, where they are encoded by large gene clusters and have been implicated in the transport of fatty acids and cholesterol across the impermeable mycobacterial cell envelope. Very little is known about how cargos are transported across this barrier, and it remains unclear how the approximately ten proteins encoded by a mycobacterial mce gene cluster assemble to transport cargo across the cell envelope. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the endogenous Mce1 lipid-import machine of Mycobacterium smegmatis-a non-pathogenic relative of M. tuberculosis. The structure reveals how the proteins of the Mce1 system assemble to form an elongated ABC transporter complex that is long enough to span the cell envelope. The Mce1 complex is dominated by a curved, needle-like domain that appears to be unrelated to previously described protein structures, and creates a protected hydrophobic pathway for lipid transport across the periplasm. Our structural data revealed the presence of a subunit of the Mce1 complex, which we identified using a combination of cryo-EM and AlphaFold2, and name LucB. Our data lead to a structural model for Mce1-mediated lipid import across the mycobacterial cell envelope.
履歴
登録2022年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29024.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite density map (Map2) for particles in Class2. Map was generated by in PHENIX by using the raw map (boxsize 640 px) and combining Map2a,2b,2c,2d (boxsize 360 px).
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 528.32 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 528.32 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 528.32 Å

表面

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8255 Å
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表面レベル登録者による: 8.0
最小 - 最大-37.903294000000002 - 64.684209999999993
平均 (標準偏差)-0.0063227494 (±0.93432546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 528.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Constituent Map2a used to in composite Map2. Map...

ファイルemd_29024_additional_1.map
注釈Constituent Map2a used to in composite Map2. Map was generated by locally refining Class2 particles that were re-centered and extracted with a smaller boxsize (360 px).
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追加マップ: Half map A for Map2c

ファイルemd_29024_additional_10.map
注釈Half map A for Map2c
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注釈Half map B for Map2c
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追加マップ: Constituent Map2c used to in composite Map2. Map...

ファイルemd_29024_additional_12.map
注釈Constituent Map2c used to in composite Map2. Map was generated by locally refining Class2 particles that were re-centered and extracted with a smaller boxsize (360 px).
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注釈Half map A for Map2d
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追加マップ: Half map B for Map2d

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注釈Half map B for Map2d
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追加マップ: Constituent Map2d used to in composite Map2. Map...

ファイルemd_29024_additional_15.map
注釈Constituent Map2d used to in composite Map2. Map was generated by locally refining Class2 particles that were re-centered and extracted with a smaller boxsize (360 px).
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追加マップ: Half map B for Map2a

ファイルemd_29024_additional_2.map
注釈Half map B for Map2a
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追加マップ: Half map A for raw map used as...

ファイルemd_29024_additional_3.map
注釈Half map A for raw map used as template to generate composite half map A.
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追加マップ: Half map B for raw map used as...

ファイルemd_29024_additional_4.map
注釈Half map B for raw map used as template to generate composite half map B.
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追加マップ: Raw map used as template to generate composite...

ファイルemd_29024_additional_5.map
注釈Raw map used as template to generate composite Map2. Map was generated by aligning Class2 particles that were re-extracted with a larger boxsize (640 px).
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追加マップ: Half map A for Map2a

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注釈Half map A for Map2a
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追加マップ: Half map A for Map2b

ファイルemd_29024_additional_7.map
注釈Half map A for Map2b
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追加マップ: Half map B for Map2b

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注釈Half map B for Map2b
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追加マップ: Constituent Map2b used to in composite Map2. Map...

ファイルemd_29024_additional_9.map
注釈Constituent Map2b used to in composite Map2. Map was generated by locally refining Class2 particles that were re-centered and extracted with a smaller boxsize (360 px).
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ハーフマップ: Composite half map A for Map2

ファイルemd_29024_half_map_1.map
注釈Composite half map A for Map2
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ハーフマップ: Composite half map B for Map2

ファイルemd_29024_half_map_2.map
注釈Composite half map B for Map2
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試料の構成要素

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全体 : Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF)...

全体名称: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF) and an ABC transporter (YrbE1A-B, 2 copies of MceG)
要素
  • 複合体: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF) and an ABC transporter (YrbE1A-B, 2 copies of MceG)
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein
    • タンパク質・ペプチド: MCE-family protein MCE1c
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor mce family protein
    • タンパク質・ペプチド: Virulence factor Mce family protein
    • タンパク質・ペプチド: Mce-family protein mce1f
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter, ATP-binding protein,Green fluorescent protein chimera
    • タンパク質・ペプチド: Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a
    • タンパク質・ペプチド: ABC-transporter integral membrane protein
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND

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超分子 #1: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF)...

超分子名称: Mce1 lipid transporter composed of Mce1 MCE proteins (Mce1ABCDEF) and an ABC transporter (YrbE1A-B, 2 copies of MceG)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
詳細: Complex was isolated directly from Mycobacterium smegmatis by pulling down MceG-GFP using GFP-affinity purification and size exclusion chromatography
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)

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分子 #1: Virulence factor Mce family protein

分子名称: Virulence factor Mce family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 43.944492 KDa
配列文字列: MTEPPAPTAP LNKPKTPPYK LAGLILGLVG VLVLALTWMQ FRGQFEDKVQ LTVLSGRAGL SMDPGSKVTF NGVPIGRLAS IDVVEVDDN PEARLTLDVD PKYLDLIPEN ANVELRATTV FGNKYISFLS PKNPSAERLS ASTPIRAQGV TTEFNTLFET I TAISEQVD ...文字列:
MTEPPAPTAP LNKPKTPPYK LAGLILGLVG VLVLALTWMQ FRGQFEDKVQ LTVLSGRAGL SMDPGSKVTF NGVPIGRLAS IDVVEVDDN PEARLTLDVD PKYLDLIPEN ANVELRATTV FGNKYISFLS PKNPSAERLS ASTPIRAQGV TTEFNTLFET I TAISEQVD PIKLNETLTA AAQALDGLGD KFGRSIVDGN AILADVNPRM PQIRRDITGL ANLGEVYADA SPDLFDGLDN AV TTARTLN EQRGNLDQAL VAAVGFGNTG GDIFERGGPY LVRGAQDLLP TSALLDEYSP ALFCTIRNYH DAAPKLAGAL GGN GYSLLT NSLVVGVGNP YVYPDNLPRV NAKGGPEGRP GCWQPITRDL WPFPYLVMDT GASIAPYNHF ELGQPMFAEY VWGR QVGEN TINP

UniProtKB: Virulence factor Mce family protein

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分子 #2: Virulence factor Mce family protein

分子名称: Virulence factor Mce family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 37.467738 KDa
配列文字列: MSIKGTLFKL GIFSLVLLTF TALIFVVFGQ IRFNRTTEYS AIFKNVSGLR DGQFVRAAGV EVGKVKSVDL INGGEQAEVK FTVERSLPL FQETTAAIRY QDLIGNRYLE LKRGDSDQIL PPGSTIPVER TEPALDLDAL VGGFRPLFRS LEPEKVNTIA T SLITIFQG ...文字列:
MSIKGTLFKL GIFSLVLLTF TALIFVVFGQ IRFNRTTEYS AIFKNVSGLR DGQFVRAAGV EVGKVKSVDL INGGEQAEVK FTVERSLPL FQETTAAIRY QDLIGNRYLE LKRGDSDQIL PPGSTIPVER TEPALDLDAL VGGFRPLFRS LEPEKVNTIA T SLITIFQG QGGTINDILD QTAQLTASLA DRDQAIGEVI KNLNTVLDTT VRHQKQFDET LVNFETLITG LKNRADPIAT SV ADISDAA GSLADLLSDN RPLLKDTIGY LDVIQAPLVE QKQEVSDILV QMPQALKIIG RAGGIYGDFF NFYACDLTLK LNG LQPGGP VRTVRITTQP SGRCTPK

UniProtKB: Virulence factor Mce family protein

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分子 #3: MCE-family protein MCE1c

分子名称: MCE-family protein MCE1c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 54.737805 KDa
配列文字列: MRTLQGSDRF RKGLMGVIVV ALIIGVGSTL TSVPMLFAVP TYYGQFADTG GLNIGDKVRI AGMDVGNVKS MEIDGDKVVI GYTLGGRTI GTESRAAIRT DTILGRKNIE IEPRGSETLK PRGVLPVGQT SAPYQIYDAF LDVTRNAAGW DTQAVRQSLN V LSETVDQT ...文字列:
MRTLQGSDRF RKGLMGVIVV ALIIGVGSTL TSVPMLFAVP TYYGQFADTG GLNIGDKVRI AGMDVGNVKS MEIDGDKVVI GYTLGGRTI GTESRAAIRT DTILGRKNIE IEPRGSETLK PRGVLPVGQT SAPYQIYDAF LDVTRNAAGW DTQAVRQSLN V LSETVDQT SPHLSAALDG VARFSETIGK RDEDVKKLLA SANKVATVLG DRSTQVNQLL VNAQTLLAAV NERGRSVSLL LE RVSSVSR QVEGFVDENP NLNHVLEQLR TVSDVLNERK QDLADILTVA GKFITSLAEA LASGPYFKVM LVNLIPPTIL QPF VDAAFK KRGIDPEEFW RNAGLPAFRF PDPNGERHEN GAPPAAPTPL EGTPEHPGPA VPPGSPCSYT PPADGIPSPG NPLP CAHLS QGPYGPVPGG YPPPNVATSA PNPDGIAHSP GVPSAAIPGQ MPPEQPGAPV EIAPGPPGAR TVPVSPIPGA PDFTP GIAP PPPAITGPPP PPGPGPQLAP VGEAPLPGNP PFLPPGSQSR

UniProtKB: MCE-family protein MCE1c

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分子 #4: Virulence factor mce family protein

分子名称: Virulence factor mce family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 58.054551 KDa
配列文字列: MSTIFNIRNI QLPRLSRAAV IIGALVVAAA LVAGYFGMNA YRKLTNTTVT AYFPEVLALY PGDKVLIMGV RVGSIDSIET AGDKMKVVF HFNNKYKVPE NATASILNPS LVASRVIQLS PPYTGGPTLR DGAVLDVDRT QVPIEYDEVR NQVTRLLADL G PTPEQPKG ...文字列:
MSTIFNIRNI QLPRLSRAAV IIGALVVAAA LVAGYFGMNA YRKLTNTTVT AYFPEVLALY PGDKVLIMGV RVGSIDSIET AGDKMKVVF HFNNKYKVPE NATASILNPS LVASRVIQLS PPYTGGPTLR DGAVLDVDRT QVPIEYDEVR NQVTRLLADL G PTPEQPKG PFGDIIESFA DGFAGKGEQL NRTLRGLSDA LTALNEGRGD FFAVVKSLAL FVNALHRSDQ QFVALNNDLA QF TNSFTNT DQELANALQD LNRVLKTTRE FLDRNGGVLT HDIDNLEQVT TAILQPEPRD GLETGLHAYP NLAANVLNIN SPN QGGIIG LPVLPGVTNF SNPLQFVCSS IQAGSRLGYQ ESAELCAQYL APIMDAIKFN YLPFGMNLAS TAMTLPKQIA YSEK RLQPP PGYKDTTVPG IWSRDTLFSH GNHEPGWIVA PGMQGVQVQP ATANMLTPES LAELLGGPDI VPPPAPPAFG TTRGG NLPG PPNAFDENNP LPPPWYPQPG PPPAPAPGVI PGDPLSAVAP AAPAAPAAPA PAGPPLPAEA GAG

UniProtKB: Virulence factor mce family protein

+
分子 #5: Virulence factor Mce family protein

分子名称: Virulence factor Mce family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 42.566445 KDa
配列文字列: MRLLKGFPKM RNWTRVGRRT AVLAAVALVL TSCGQWRGIA NVPLPGGPGT ESGSMTLYVQ MPETLALNAN SRVRVRDVFV GRVRKIELI NWVPTLTVDV EPGIKLPKNT LAKIGQTSLL GSQHVELNPP EDPSSELLRD GDTIPLAQSS AYPTIERTLA G ISGILTGG ...文字列:
MRLLKGFPKM RNWTRVGRRT AVLAAVALVL TSCGQWRGIA NVPLPGGPGT ESGSMTLYVQ MPETLALNAN SRVRVRDVFV GRVRKIELI NWVPTLTVDV EPGIKLPKNT LAKIGQTSLL GSQHVELNPP EDPSSELLRD GDTIPLAQSS AYPTIERTLA G ISGILTGG GIPNIEVIQT EVFNILNGRA DQIREFLNQL DTFTDELNQQ REEITRAIDS TNRLLNIVSQ RNDTLDRVLT EF PPLIQHF AETRDLFADA VTALGRLSAA ADETLSGSNA NLHTNLQNLQ RPLKQLGRAA PYLVGALKLI LTVPFNIDNI PKA IRGDYI NVSLKLDLTL SSVDNAFLSG TGVSGMLRAL EQAWGRDPAT MIPDVRFTPN PHDAPGGPLV ERGE

UniProtKB: Virulence factor Mce family protein

+
分子 #6: Mce-family protein mce1f

分子名称: Mce-family protein mce1f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 54.342898 KDa
配列文字列: MLLTRFIKMQ LVIFLTLTLV ALVVLALFYL RLPTWAGLGM YKLNADLPNS GGLYATANVT YRGTTIGKVT SVEPSESGAR VEMNIYDRY KIPADATANV HSVSAVGEQF IDLTSDSGGG AYFQPGDTIT KATVPAEVGP ALDAAEKGLA VLPKEKIGTL L DEAATAFG ...文字列:
MLLTRFIKMQ LVIFLTLTLV ALVVLALFYL RLPTWAGLGM YKLNADLPNS GGLYATANVT YRGTTIGKVT SVEPSESGAR VEMNIYDRY KIPADATANV HSVSAVGEQF IDLTSDSGGG AYFQPGDTIT KATVPAEVGP ALDAAEKGLA VLPKEKIGTL L DEAATAFG GLGPSLQRLV DSTQAIAGDF RANIDPVNDI IENSGPIIDS QVNSGDAIQR WAANLNTLAA QSAQNDEALR SG LQQAAPT ADQLNAVFSD VRESLPQTLA NLEIVIDMLK RYNKNVEQVL VALPQGAAVA QTGTIFAPEG LLHFGLGINA PPP CLTGFL PASQWRSPAD TRTEPLPSGL YCKIPKDAPN AVRGARNYPC ADVPGKRAAT PRECRSDEPY QPLGTNPWYG DPDQ IRNCP APGARCDQPV DPGRVIPAPS INNGLNPLPA SQLPPPEVSS GPSSDPLTAP RGGTVTCSGQ QPNPCIYTPA AGATA TYNP ASGEVVGPGG VKYSVTNSNT PGDDGWKEML APAS

UniProtKB: Mce-family protein mce1f

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分子 #7: ABC transporter, ATP-binding protein,Green fluorescent protein chimera

分子名称: ABC transporter, ATP-binding protein,Green fluorescent protein chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: C-terminus of MceG is tagged (3C-eGFP-4xGly-Tev-Flag-His6)
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 71.62482 KDa
配列文字列: MGVQIDVTGL SKSFGSSKIW EDVTMSIPAG EVSVLLGPSG TGKSVFLKSL IGLLRPERGS IVIDGTDILQ CSAKELYEIR TLFGVLFQD GALFGSMNIY DNTAFPLREH TKKSESEIRK IVMEKLDLVG MPNDGHKFPG EISGGMRKRA GLARALVLDP E IILCDEPD ...文字列:
MGVQIDVTGL SKSFGSSKIW EDVTMSIPAG EVSVLLGPSG TGKSVFLKSL IGLLRPERGS IVIDGTDILQ CSAKELYEIR TLFGVLFQD GALFGSMNIY DNTAFPLREH TKKSESEIRK IVMEKLDLVG MPNDGHKFPG EISGGMRKRA GLARALVLDP E IILCDEPD SGLDPVRTAY LSQLLIDINA QIDATVLIVT HNINIARTVP DNMGMLFRKQ LVMFGPREVL LTSEEPVVKQ FL NGRRIGP IGMSEEKDEA TAAAEQALVD AGQHDGGVEE IEGVPPQLQA TPGMPERKAV ARRKARVREI LHTLPPAAQA AIL EELDRD QPQLSAPTTQ TAATAPVENY DDSPTGVIEV PKQAGLSGQP PRSPSSGSSS NSLEVLFQGP TAAAAVSKGE ELFT GVVPI LVELDGDVNG HKFSVSGEGE GDATYGKLTL KFICTTGKLP VPWPTLVTTL TYGVQCFSRY PDHMKQHDFF KSAMP EGYV QERTIFFKDD GNYKTRAEVK FEGDTLVNRI ELKGIDFKED GNILGHKLEY NYNSHNVYIM ADKQKNGIKV NFKIRH NIE DGSVQLADHY QQNTPIGDGP VLLPDNHYLS TQSALSKDPN EKRDHMVLLE FVTAAGITLG MDELYKGGGG ENLYFQD YK DDDDKHHHHH H

UniProtKB: ABC transporter, ATP-binding protein, Green fluorescent protein

+
分子 #8: Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a

分子名称: Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 27.674619 KDa
配列文字列: MTASTDGFVD YLRGQLEKPL ATVGGFFKMS VMTGKALFTR PFQWKEFVLQ SWFLIRVAFL PTLAVSIPLT VLIIFTLNIL LAEFGAADV SGAGAALGAV TQLGPLVTVL VVAGAGSTAI CADLGARTVR EEIDALEVLG IDPIERLVVP RVVASTFVAF M LNGAVITI ...文字列:
MTASTDGFVD YLRGQLEKPL ATVGGFFKMS VMTGKALFTR PFQWKEFVLQ SWFLIRVAFL PTLAVSIPLT VLIIFTLNIL LAEFGAADV SGAGAALGAV TQLGPLVTVL VVAGAGSTAI CADLGARTVR EEIDALEVLG IDPIERLVVP RVVASTFVAF M LNGAVITI GLVGGFFFGV YIQNVSAGAY VSTLTLLTGF PEVLISVVKA TLFGMIAGLV GCYRGLTVAG GSKGVGTAVN ET LVLCVVA LFAVNVVLTT IGVRFGTGR

UniProtKB: Conserved hypothetical integral membrane protein Yrbe1a

+
分子 #9: ABC-transporter integral membrane protein

分子名称: ABC-transporter integral membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.809025 KDa
配列文字列: MSTVQVLRSR FPRAFSRSSE IAATPARFLD SMGHVAWFVV QAIVHVPHAF RHYRRESLRL VAEIGMGTGA MAVIGGTVAI IGFVTLSAG SLIAIQGFAS LGNIGVEAFT GFFAALANIR VVAPVVTGQA LAATVGAGAT AELGAMRISE EVDALEVMGI K SISYLVST ...文字列:
MSTVQVLRSR FPRAFSRSSE IAATPARFLD SMGHVAWFVV QAIVHVPHAF RHYRRESLRL VAEIGMGTGA MAVIGGTVAI IGFVTLSAG SLIAIQGFAS LGNIGVEAFT GFFAALANIR VVAPVVTGQA LAATVGAGAT AELGAMRISE EVDALEVMGI K SISYLVST RIMAGAIVII PLYAMAILLS FMSAQLVTTI FYSQSVGTYE HYFHTFLRVD DVMWSFLEVI IMSVIVMLNH CY FGYFASG GAVGVGEAVG RSMRTSLIAI VLVVLLASLA LYGTDPNFNL TV

UniProtKB: ABC-transporter integral membrane protein

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分子 #10: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 31 / 式: UNL
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H13Cl2NO3Tris-HCl
5.0 mMMgSO4Magnesium sulfate
150.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMC24H46O11n-dodecyl-beta-D-maltoside
1.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol

詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 5 mM MgSO4, 150 mM NaCl, 1 mM DDM, 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample contains a mixture of MCE proteins endogenously purified from Mycobacterium smegmatis.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 43925 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / 詳細: Images were collected in super resolution mode.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2869223
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Starting model was generated using cryoSPARC Ab initio Reconstruction.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1) / 使用した粒子像数: 160443
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 85000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)
詳細: Consensus set of particles were 3D classified using cryoSPARC Heterogenous Refinement (four classes, a-d). Class c and d were combined to make Map2 (containing no density for LucB).
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Model was initial fitted into the map using Chimera follow-by rigid body refinement in PHENIX. Models were further refined using PHENIX real-space refinement and then manually inspected in Coot.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8fee:
Structure of Mce1 transporter from Mycobacterium smegmatis in the absence of LucB (Map2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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