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- EMDB-2901: Cryo electron tomography of Naip5/Nlrc4 inflammasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2901
タイトルCryo electron tomography of Naip5/Nlrc4 inflammasome
マップデータsub tomogram average of NAIP5/NLRC4 polymer
試料
  • 試料: NAIP5/NLRC4/FliC-D0L multimer
  • タンパク質・ペプチド: NLR family CARD domain-containing protein 4
  • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
  • タンパク質・ペプチド: Flagellin
キーワードNLRs / NAIP5 / NLRC4 / inflammasome
機能・相同性
機能・相同性情報


IPAF inflammasome complex / caspase binding / positive regulation of protein processing / bacterial-type flagellum / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / pyroptotic inflammatory response / detection of bacterium / endopeptidase activator activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / activation of innate immune response ...IPAF inflammasome complex / caspase binding / positive regulation of protein processing / bacterial-type flagellum / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / pyroptotic inflammatory response / detection of bacterium / endopeptidase activator activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein serine/threonine kinase binding / protein homooligomerization / positive regulation of JNK cascade / regulation of apoptotic process / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / innate immune response / apoptotic process / symbiont entry into host cell / negative regulation of apoptotic process / structural molecule activity / protein homodimerization activity / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Baculoviral IAP repeat-containing protein 1 / NLR family CARD domain-containing protein 4 / Flagellin D3 / : / Flagellin D3 domain / Flagellin, barrel domain / NLRC4, helical domain / : / NLRC4 helical domain / Nlrc4-like, winged helix domain ...Baculoviral IAP repeat-containing protein 1 / NLR family CARD domain-containing protein 4 / Flagellin D3 / : / Flagellin D3 domain / Flagellin, barrel domain / NLRC4, helical domain / : / NLRC4 helical domain / Nlrc4-like, winged helix domain / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / BIR repeat. / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NLR family CARD domain-containing protein 4 / Flagellin / Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Diebolder CA / Halff EF / Koster AJ / Huizinga EG / Koning RI
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Cryoelectron Tomography of the NAIP5/NLRC4 Inflammasome: Implications for NLR Activation.
著者: Christoph A Diebolder / Els F Halff / Abraham J Koster / Eric G Huizinga / Roman I Koning /
要旨: Inflammasomes are high molecular weight protein complexes that play a crucial role in innate immunity by activating caspase-1. Inflammasome formation is initiated when molecules originating from ...Inflammasomes are high molecular weight protein complexes that play a crucial role in innate immunity by activating caspase-1. Inflammasome formation is initiated when molecules originating from invading microorganisms activate nucleotide-binding domain and leucine-rich repeat-containing receptors (NLRs) and induce NLR multimerization. Little is known about the conformational changes involved in NLR activation and the structural organization of NLR multimers. Here, we show by cryoelectron tomography that flagellin-induced NAIP5/NLRC4 multimers form right- and left-handed helical polymers with a diameter of 28 nm and a pitch of 6.5 nm. Subtomogram averaging produced an electron density map at 4 nm resolution, which was used for rigid body fitting of NLR subdomains derived from the crystal structure of dormant NLRC4. The resulting structural model of inflammasome-incorporated NLRC4 indicates that a prominent rotation of the LRR domain of NLRC4 is necessary for multimer formation, providing unprecedented insight into the conformational changes that accompany NLR activation.
履歴
登録2015年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年3月11日-
マップ公開2015年11月11日-
更新2016年6月29日-
現状2016年6月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5aj2
  • 表面レベル: 175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5aj2
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2901.png

emd_2901.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2901.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sub tomogram average of NAIP5/NLRC4 polymer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.46 Å/pix.
x 100 pix.
= 546.3 Å		5.46 Å/pix.
x 100 pix.
= 546.3 Å		5.46 Å/pix.
x 100 pix.
= 546.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.463 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 175.0 / ムービー #1: 175
最小 - 最大0.0 - 255.0
平均 (標準偏差)16.017105099999998 (±46.346935270000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0-410
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 546.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.4635.4635.463
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z546.300546.300546.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-4010
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean0.000255.00016.017

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NAIP5/NLRC4/FliC-D0L multimer

全体名称: NAIP5/NLRC4/FliC-D0L multimer
要素
  • 試料: NAIP5/NLRC4/FliC-D0L multimer
  • タンパク質・ペプチド: NLR family CARD domain-containing protein 4
  • タンパク質・ペプチド: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5
  • タンパク質・ペプチド: Flagellin

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超分子 #1000: NAIP5/NLRC4/FliC-D0L multimer

超分子名称: NAIP5/NLRC4/FliC-D0L multimer / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: NLRC4 is the main compound within the complex / 集合状態: multimer / Number unique components: 3

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分子 #1: NLR family CARD domain-containing protein 4

分子名称: NLR family CARD domain-containing protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NLRC4 / 集合状態: multimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293E / 組換プラスミド: pUPE
配列UniProtKB: NLR family CARD domain-containing protein 4

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分子 #2: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5

分子名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: NAIP5 / 集合状態: multimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293E / 組換プラスミド: pUPE
配列UniProtKB: Baculoviral IAP repeat-containing protein 1e

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分子 #3: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: FliC-D0L / 集合状態: multimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293E / 組換プラスミド: pUPE
配列UniProtKB: Flagellin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 100 mM NaCl, 20 mM HEPES, 2mM Benzamidin, 2mM DTT
グリッド詳細: glow discharged Cu 200 mesh quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP / 手法: 3 seconds blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GATAN quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 50.0 eV
日付2013年5月21日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 67 / 平均電子線量: 100 e/Å2 / 詳細: 16 single axis tilt series / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.5 µm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -66 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 66 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細filaments were traced by hand along the outer rim, resulting in an initial protomer model.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.57 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 30.9 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET / 使用したサブトモグラム数: 50
CTF補正詳細: TOMOCTF

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4kxf

ソフトウェア名称: SITUS
詳細SITUS collage was used for simultaneous multi fragment refinement of symmetry related NLRC4 monomers. Each NLR constisted of 3 rigid bodies: LRR, NBD-HDI and WHD-HD2. CARD was excluded because it did not follow identical helical symmetry
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5aj2:
Cryo electron tomography of the Naip5-Nlrc4 inflammasome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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