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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TnsC-TniQ-DNA complex in type I-B CAST system | |||||||||
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![]() | TnsC / TniQ / CRISPR / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | TniQ / TniQ / : / AAA domain / ATP hydrolysis activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ORC1/DEAH AAA+ ATPase domain-containing protein / TniQ family protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
![]() | Chang L / Wang S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular mechanism for Tn7-like transposon recruitment by a type I-B CRISPR effector. 著者: Shukun Wang / Clinton Gabel / Romana Siddique / Thomas Klose / Leifu Chang / ![]() 要旨: Tn7-like transposons have co-opted CRISPR-Cas systems to facilitate the movement of their own DNA. These CRISPR-associated transposons (CASTs) are promising tools for programmable gene knockin. A key ...Tn7-like transposons have co-opted CRISPR-Cas systems to facilitate the movement of their own DNA. These CRISPR-associated transposons (CASTs) are promising tools for programmable gene knockin. A key feature of CASTs is their ability to recruit Tn7-like transposons to nuclease-deficient CRISPR effectors. However, how Tn7-like transposons are recruited by diverse CRISPR effectors remains poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of a recruitment complex comprising the Cascade complex, TniQ, TnsC, and the target DNA in the type I-B CAST from Peltigera membranacea cyanobiont 210A. Target DNA recognition by Cascade induces conformational changes in Cas6 and primes TniQ recruitment through its C-terminal domain. The N-terminal domain of TniQ is bound to the seam region of the TnsC spiral heptamer. Our findings provide insights into the diverse mechanisms for the recruitment of Tn7-like transposons to CRISPR effectors and will aid in the development of CASTs as gene knockin tools. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 30.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 122.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fcvMC ![]() 8fcjC ![]() 8fcuC ![]() 8fcwC ![]() 8fcxC ![]() 8fd2C ![]() 8fd3C ![]() 8ff4C ![]() 8ff5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.054 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28994_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28994_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of TnsC, TniQ and DNA in type I-B CAST system
全体 | 名称: Ternary complex of TnsC, TniQ and DNA in type I-B CAST system |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of TnsC, TniQ and DNA in type I-B CAST system
超分子 | 名称: Ternary complex of TnsC, TniQ and DNA in type I-B CAST system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: DNA (60-MER)
分子 | 名称: DNA (60-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 18.500861 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC) (DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC) ...文字列: (DA)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC) (DC)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT) |
-分子 #2: DNA (60-MER)
分子 | 名称: DNA (60-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 18.482832 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC) (DG)(DA)(DC)(DG)(DC) ...文字列: (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DC) (DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC) (DT)(DT) |
-分子 #3: TniQ
分子 | 名称: TniQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.591961 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTIYSEHWSL NPLEIPQRSR LFSLEPVAVG TPYAESLSSY LHRLAQAHCL TSEKLVMGEI APLILKDEDK SELLSKNLSH LLGNSDAKP AINGMREMTE KLVTVLEELT MRQDLRFLTL LSWKGMIYDK GLFRNYRAWC PCCCEEWMQK NKTIYEPLSW S FKDVEFCL ...文字列: MTIYSEHWSL NPLEIPQRSR LFSLEPVAVG TPYAESLSSY LHRLAQAHCL TSEKLVMGEI APLILKDEDK SELLSKNLSH LLGNSDAKP AINGMREMTE KLVTVLEELT MRQDLRFLTL LSWKGMIYDK GLFRNYRAWC PCCCEEWMQK NKTIYEPLSW S FKDVEFCL IHKQRLIEEC SHCGARLPVM ARLSPAGFCS RCYGWLGQEI KGEEEIEKYR VNIQGISELI ALTPQLGYKP IP IELTRKL QLILLVFEQA IGKDVKLLGD LGGIMESLRI ASTTNQSQPY HLVKLIIPVC EKAKISVFQL FGSDFKELGK ILF GNFSLE LKL UniProtKB: TniQ family protein |
-分子 #4: TnsC
分子 | 名称: TnsC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 43.521934 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTKSTGFPLE LLTRPATERL AYFENYTVAH PRLKEVYEIL MRTIAEPAGA SFIFVYGASG VGKTTLRLRV EQKLTELALP KLESDRARV PVVGIEAIAP ESRYFNWKEY YTRALITLEE PLIDHKFDYG VRGISRDNFG KINVESKVVA PALRRALENA L IHRHPDVF ...文字列: MTKSTGFPLE LLTRPATERL AYFENYTVAH PRLKEVYEIL MRTIAEPAGA SFIFVYGASG VGKTTLRLRV EQKLTELALP KLESDRARV PVVGIEAIAP ESRYFNWKEY YTRALITLEE PLIDHKFDYG VRGISRDNFG KINVESKVVA PALRRALENA L IHRHPDVF FVDEAQHFGK VASGYKLQDQ LDCLKSLANM TGILHCLLGT YELLTFRNLS GQLSRRSVDI HFRRYCADSP ED VQAFKSV LLTFQQHLPL AETPNLVDHW EYFYERTLGC IGTLKDWLKR VLSDALDREA TTITLKDLQK RALSVAQCQK MFK EIQEGE RQLSETEADV QNLRSALGLG AKPIVLPEET PKTTRPPGKV GKRKPKRDPI GVQQDVS UniProtKB: ORC1/DEAH AAA+ ATPase domain-containing protein |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-分子 #6: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 7 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 185087 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |