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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28943 | |||||||||
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タイトル | TMEM106B doublet filaments extracted from MSTD neurodegenerative human brain | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | TMEM106B / TMEM filament / MSTD / NEUROPEPTIDE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane ...lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / late endosome membrane / ATPase binding / lysosome / endosome / lysosomal membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Hoq MR / Bharath SR / Jiang W | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Neuropathol / 年: 2023 タイトル: Cross-β helical filaments of Tau and TMEM106B in gray and white matter of multiple system tauopathy with presenile dementia. 著者: Md Rejaul Hoq / Sakshibeedu R Bharath / Grace I Hallinan / Anllely Fernandez / Frank S Vago / Kadir A Ozcan / Daoyi Li / Holly J Garringer / Ruben Vidal / Bernardino Ghetti / Wen Jiang / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28943.map.gz | 78.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28943-v30.xml emd-28943.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28943_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28943.png | 79.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28943.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_28943_half_map_1.map.gz emd_28943_half_map_2.map.gz | 67 MB 67 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28943 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28943 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28943_validation.pdf.gz | 945.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28943_full_validation.pdf.gz | 945.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28943_validation.xml.gz | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28943_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28943 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28943 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8f9kMC 7tmcC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28943.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28943_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28943_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TMEM106B
全体 | 名称: TMEM106B |
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要素 |
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-超分子 #1: TMEM106B
超分子 | 名称: TMEM106B / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Transmembrane protein 106B
分子 | 名称: Transmembrane protein 106B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 31.156318 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGKSLSHLPL HSSKEDAYDG VTSENMRNGL VNSEVHNEDG RNGDVSQFPY VEFTGRDSVT CPTCQGTGRI PRGQENQLVA LIPYSDQRL RPRRTKLYVM ASVFVCLLLS GLAVFFLFPR SIDVKYIGVK SAYVSYDVQK RTIYLNITNT LNITNNNYYS V EVENITAQ ...文字列: MGKSLSHLPL HSSKEDAYDG VTSENMRNGL VNSEVHNEDG RNGDVSQFPY VEFTGRDSVT CPTCQGTGRI PRGQENQLVA LIPYSDQRL RPRRTKLYVM ASVFVCLLLS GLAVFFLFPR SIDVKYIGVK SAYVSYDVQK RTIYLNITNT LNITNNNYYS V EVENITAQ VQFSKTVIGK ARLNNITIIG PLDMKQIDYT VPTVIAEEMS YMYDFCTLIS IKVHNIVLMM QVTVTTTYFG HS EQISQER YQYVDCGRNT TYQLGQSEYL NVLQPQQ UniProtKB: Transmembrane protein 106B |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 1.103 sec. / 平均電子線量: 50.46 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |