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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Glycan-Base ConC Env Trimer | |||||||||
![]() | Map from Non-Uniform Refinement | |||||||||
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![]() | HIV-1 / Glycan / Env / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
![]() | Olia AS / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Soluble prefusion-closed HIV-envelope trimers with glycan-covered bases. 著者: Adam S Olia / Cheng Cheng / Tongqing Zhou / Andrea Biju / Darcy R Harris / Anita Changela / Hongying Duan / Vera B Ivleva / Wing-Pui Kong / Li Ou / Reda Rawi / Yaroslav Tsybovsky / David J ...著者: Adam S Olia / Cheng Cheng / Tongqing Zhou / Andrea Biju / Darcy R Harris / Anita Changela / Hongying Duan / Vera B Ivleva / Wing-Pui Kong / Li Ou / Reda Rawi / Yaroslav Tsybovsky / David J Van Wazer / Angela R Corrigan / Christopher A Gonelli / Myungjin Lee / Krisha McKee / Sandeep Narpala / Sijy O'Dell / Danealle K Parchment / Erik-Stephane D Stancofski / Tyler Stephens / Ivy Tan / I-Ting Teng / Shuishu Wang / Qing Wei / Yongping Yang / Zhengrong Yang / Baoshan Zhang / / Jan Novak / Matthew B Renfrow / Nicole A Doria-Rose / Richard A Koup / Adrian B McDermott / Jason G Gall / Q Paula Lei / John R Mascola / Peter D Kwong / ![]() 要旨: Soluble HIV-1-envelope (Env) trimers elicit immune responses that target their solvent-exposed protein bases, the result of removing these trimers from their native membrane-bound context. To assess ...Soluble HIV-1-envelope (Env) trimers elicit immune responses that target their solvent-exposed protein bases, the result of removing these trimers from their native membrane-bound context. To assess whether glycosylation could limit these base responses, we introduced sequons encoding potential -linked glycosylation sites (PNGSs) into base-proximal regions. Expression and antigenic analyses indicated trimers bearing six-introduced PNGSs to have reduced base recognition. Cryo-EM analysis revealed trimers with introduced PNGSs to be prone to disassembly and introduced PNGS to be disordered. Protein-base and glycan-base trimers induced reciprocally symmetric ELISA responses, in which only a small fraction of the antibody response to glycan-base trimers recognized protein-base trimers and vice versa. EM polyclonal epitope mapping revealed glycan-base trimers -even those that were stable biochemically- to elicit antibodies that recognized disassembled trimers. Introduced glycans can thus mask the protein base but their introduction may yield neo-epitopes that dominate the immune response. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 88.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 136.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 165.2 MB 165.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Map from Non-Uniform Refinement | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map A from Non-Uniform Refinement
ファイル | emd_28910_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A from Non-Uniform Refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map B from Non-Uniform Refinement
ファイル | emd_28910_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map B from Non-Uniform Refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : HIV-1 Consensus C Env trimer with glycan covered base
全体 | 名称: HIV-1 Consensus C Env trimer with glycan covered base |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 Consensus C Env trimer with glycan covered base
超分子 | 名称: HIV-1 Consensus C Env trimer with glycan covered base タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: HIV-1 Env gp41
分子 | 名称: HIV-1 Env gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.547807 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AVGLGAVFLG FLGAAGSTMG AASNTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHMLQLGVW GFKQLQARVL AIERYLEVQQ LLGIWGCSG KLICCTAVPW NSTWSNKTQE DIWDNMTWMQ WDREISNYTD TIYRLLEESQ FQQEINEKDN LTLPNST |
-分子 #2: HIV-1 Env gp120
分子 | 名称: HIV-1 Env gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 54.495898 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: NSTAENLWVT VYYGVPVWKE AKTTLFCASD AKAYEKEVHN VWATHACVPT DPNPQEMVLE NVTENFNMWK NDMVDQMHED IISLWDQSL KPCVKLTPLC VTLNCTNVNV TNTNNNNMKE EMKNCSFNTT TEIRDKKQKE YALFYRLDIV PLNENSSEYR L INCNTSTC ...文字列: NSTAENLWVT VYYGVPVWKE AKTTLFCASD AKAYEKEVHN VWATHACVPT DPNPQEMVLE NVTENFNMWK NDMVDQMHED IISLWDQSL KPCVKLTPLC VTLNCTNVNV TNTNNNNMKE EMKNCSFNTT TEIRDKKQKE YALFYRLDIV PLNENSSEYR L INCNTSTC TQICPKVSFD PIPIHYCAPA GYAILKCNNK TFNGTGPCNN VSTVQCTHGI KPVVSTQLLL NGSLAEEEII IR SENLTDN AKTIIVHLNE SVEINCTRPN NMTRKSIRIG PGQTFYALGD IIGDIRQPHC NISEAKWNKT LQRVKKKLKE HFP NKTIKF APSSGGDLEI TTHSFNCRGE FFYCNTSKLF NSTYNNTTSN STITLPCRIK QIINMWQEVG RCMYAPPIAG NITC KSNIT GLLLTRDGGN NNNNTETFRP GGGDMRDNWR SELYKYKVVE IKPLGIAPTK CNRTVVENST HKNLTHHMRR RRRR |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 15 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 43.54 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12967 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |