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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo EM structure of Vibrio cholerae NQR | |||||||||
![]() | Relion Refine3D full map | |||||||||
![]() |
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機能・相同性 | ![]() NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / respiratory electron transport chain / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity ...NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / respiratory electron transport chain / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65159 Å | |||||||||
![]() | Fuller JR / Juarez O | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Novel cofactor binding motifs, electron transfer and ion pumping mechanisms of the respiratory complex NQR 著者: Juarez O / Fuller JR | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 140.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 30.7 KB 30.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 160.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 103.8 MB 140.9 MB 140.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 876.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 876.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ew3MC ![]() 8evuC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Relion Refine3D full map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.068 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map sharpened by fitted Bfactor (-29.6032) and filtered...
ファイル | emd_28641_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map sharpened by fitted Bfactor (-29.6032) and filtered to local resolution via the Relion LocalRes method. Model was built and refined primarily into this map, including model ADPs. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion Refine3D half-map 1
ファイル | emd_28641_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion Refine3D half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion Refine3D half-map 2
ファイル | emd_28641_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion Refine3D half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Na(+)-translocating NADH-quinone reductase
+超分子 #1: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase
+分子 #1: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
+分子 #2: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B
+分子 #3: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C
+分子 #4: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D
+分子 #5: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E
+分子 #6: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
+分子 #7: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #8: RIBOFLAVIN
+分子 #9: UBIQUINONE-1
+分子 #10: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
詳細: 100 mM KCl, 1 mM EDTA, 50 mM HEPES, pH 7.0 | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: Gatan Solarus plasma cleaner operated at 20W and using ambient/room air | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: A 3.5 uL droplet of sample was applied to the grid surface and blotted for 4 s before plunging into liquid ethane.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
ソフトウェア | 名称: EPU (ver. 2.9) |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3159 / 平均露光時間: 4.66 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: 50 e-/A2 fractionated over 40 movie frames |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.6 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: ![]() |
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詳細 | The model was refined by iterating between manual edits in Coot, molecular dynamics-guided edits using the ISOLDE ChimeraX package, and automated real-space refinement in Phenix. Models that had been automatically rebuilt using Rosetta were used as guides during manual refinement. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation |
得られたモデル | ![]() PDB-8ew3: |