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万見
- PDB-8ew3: Cryo EM structure of Vibrio cholerae NQR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ew3
タイトルCryo EM structure of Vibrio cholerae NQR
要素(Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit ...) x 6
キーワードELECTRON TRANSPORT / TRANSLOCASE / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / respiratory electron transport chain / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A, C-terminal domain / NqrA N-terminal barrel-sandwich hybrid domain / NQRA C-terminal domain / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / NqrDE/RnfAE ...Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A, C-terminal domain / NqrA N-terminal barrel-sandwich hybrid domain / NQRA C-terminal domain / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / NqrDE/RnfAE / Ion-translocating oxidoreductase NqrB/RnfD / : / Rnf-Nqr subunit, membrane protein / NQR2, RnfD, RnfE family / FMN-binding / FMN-binding domain / FMN_bind / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN / UBIQUINONE-1 / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O395 (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65159 Å
データ登録者Fuller, J.R. / Juarez, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI151152 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel cofactor binding motifs, electron transfer and ion pumping mechanisms of the respiratory complex NQR
著者: Juarez, O. / Fuller, J.R.
履歴
登録2022年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
B: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B
C: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C
D: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D
E: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E
F: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,88711
ポリマ－211,1726
非ポリマー1,7155
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit ... , 6種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A / Na(+)-NQR subunit A / Na(+)-translocating NQR subunit A / NQR complex subunit A / NQR-1 subunit A


分子量: 48680.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: O395N1 / 遺伝子: nqrA, D6U24_04460, EYB64_17955, FLM02_04825 / 発現宿主: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株 (発現宿主): O395N1
参照: UniProt: A0A2D2BC37, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
#2: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B / Na(+)-NQR subunit B / Na(+)-translocating NQR subunit B / NQR complex subunit B / NQR-1 subunit B


分子量: 45390.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: O395N1
遺伝子: nqrB, D6U24_04465, ERS013186_02082, ERS013198_02508, ERS013199_02395, ERS013200_04117, ERS013202_01883, ERS013206_02987, ERS013207_01958, EYB64_17950, F0H40_10090, FLM02_04820, FLM12_12920, FXE67_12105
発現宿主: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株 (発現宿主): O395N1
参照: UniProt: A0A085SSI3, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
#3: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C / Na(+)-NQR subunit C / Na(+)-translocating NQR subunit C / NQR complex subunit C / NQR-1 subunit C


分子量: 27652.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: O395N1
遺伝子: nqrC, BC353_01370, D6U24_04470, ERS013165_00616, ERS013186_02083, ERS013198_02507, ERS013199_02396, ERS013200_04118, ERS013201_01110, ERS013202_01884, ERS013206_02988, ERS013207_01959, ...遺伝子: nqrC, BC353_01370, D6U24_04470, ERS013165_00616, ERS013186_02083, ERS013198_02507, ERS013199_02396, ERS013200_04118, ERS013201_01110, ERS013202_01884, ERS013206_02988, ERS013207_01959, F0H40_10095, FLM02_04815, FLM12_12915
発現宿主: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株 (発現宿主): O395N1
参照: UniProt: A0A085R7S2, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
#4: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D / Na(+)-NQR subunit D / Na(+)-translocating NQR subunit D / NQR complex subunit D / NQR-1 subunit D


分子量: 22853.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: O395N1 / 遺伝子: nqrD, VC0395_A1881, VC395_2408 / 発現宿主: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株 (発現宿主): O395N1
参照: UniProt: A5F5Y6, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
#5: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E / Na(+)-NQR subunit E / Na(+)-translocating NQR subunit E / NQR complex subunit E / NQR-1 subunit E


分子量: 21481.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: O395N1
遺伝子: nqrE, BC353_01360, D6U24_04480, ERS013165_00614, ERS013186_02085, ERS013198_02505, ERS013199_02398, ERS013200_04120, ERS013201_01112, ERS013202_01886, ERS013206_02990, ERS013207_01961, ...遺伝子: nqrE, BC353_01360, D6U24_04480, ERS013165_00614, ERS013186_02085, ERS013198_02505, ERS013199_02398, ERS013200_04120, ERS013201_01112, ERS013202_01886, ERS013206_02990, ERS013207_01961, EYB64_17935, F0315_08350, F0H40_10105, F0M16_14025, FLM02_04805, FLM12_12905
発現宿主: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株 (発現宿主): O395N1
参照: UniProt: A0A085QWM0, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
#6: タンパク質 Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / Na(+)-NQR subunit F / Na(+)-translocating NQR subunit F / NQR complex subunit F / NQR-1 subunit F


分子量: 45113.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: O395N1
遺伝子: nqrF, D6U24_04485, ERS013198_02504, ERS013199_02399, ERS013201_01113, ERS013202_01887, ERS013206_02991, EYB64_17930, FLM12_12900
発現宿主: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株 (発現宿主): O395N1
参照: UniProt: A0A085ST13, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)

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非ポリマー , 4種, 5分子

#7: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-RBF / RIBOFLAVIN / RIBOFLAVINE / VITAMIN B2 / リボフラビン


分子量: 376.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-UQ1 / UBIQUINONE-1 / ユビキノン1


分子量: 250.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: O395N1
由来(組換発現)生物種: Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) / 株: O395N1
緩衝液pH: 7 / 詳細: 100 mM KCl, 1 mM EDTA, 50 mM HEPES, pH 7.0
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1100 mMpotassium chlorideKCl1
21 mMEDTAC10H16N2O81
350 mMHEPESC8H18N2O4S1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Gatan Solarus plasma cleaner operated at 20W and using ambient/room air
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: A 3.5 uL droplet of sample was applied to the grid surface and blotted for 4 s before plunging into liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.66 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3159 / 詳細: 50 e-/A2 fractionated over 40 movie frames
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2.5粒子像選択
3EPU2.9画像取得
5CTFFIND4.1.14CTF補正
6RELION4.0beta2CTF補正
9UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELION4.0beta2初期オイラー角割当
11RELION4.0beta2分類
12RELION4.0beta2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14ISOLDEモデル精密化
15Rosettaモデル精密化
画像処理詳細: Micrograph movies were summed and dose-weighted using the motion correction algorithm implemented in RELION.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 304335
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.65159 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73763 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation
詳細: The model was refined by iterating between manual edits in Coot, molecular dynamics-guided edits using the ISOLDE ChimeraX package, and automated real-space refinement in Phenix. Models that ...詳細: The model was refined by iterating between manual edits in Coot, molecular dynamics-guided edits using the ISOLDE ChimeraX package, and automated real-space refinement in Phenix. Models that had been automatically rebuilt using Rosetta were used as guides during manual refinement.
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 70.1 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002112170
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.413316517
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03881899
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00342071
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.58424368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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