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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28562 | |||||||||||||||
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タイトル | Focused reconstruction of HRP29 tail | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | HRP29 / VIRUS | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / outer membrane / virion component 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Shigella phage Buco (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Subramanian S / Bergland Drarvik SM / Parent KN | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Shigella bacteriophage HRP29 著者: Subramanian S / Bergland Drarvik SM / Parent KN | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28562.map.gz | 8.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28562-v30.xml emd-28562.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28562_fsc.xml | 13.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28562.png | 150.8 KB | ||
マスクデータ | emd_28562_msk_1.map | 209.3 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-28562.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_28562_half_map_1.map.gz emd_28562_half_map_2.map.gz | 163.3 MB 163.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28562 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28562_validation.pdf.gz | 755.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28562_full_validation.pdf.gz | 755.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28562_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28562_validation.cif.gz | 27.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28562 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8es4MC 8eldC 8em6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.632 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28562_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28562_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28562_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Shigella phage Buco
全体 | 名称: Shigella phage Buco (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Shigella phage Buco
超分子 | 名称: Shigella phage Buco / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2530183 / 生物種: Shigella phage Buco / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Gp35
分子 | 名称: Gp35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shigella phage Buco (ファージ) |
分子量 | 理論値: 56.983391 KDa |
配列 | 文字列: MQGQQKESLE SLFTKDSDPT VLDAAEQFAQ WTLPTVLTRD ISGMDGKRTS LHRDYQSTGA VLVNSASTKV TNALFPQGAP FFRFVDSPD MAAAVAELGI NGTVQSQQSQ IELSASSLVF SRDNYAASLR AVKLLMVTGN ALEYFDEGTG RSHIYSVREY T VRRDGSGN ...文字列: MQGQQKESLE SLFTKDSDPT VLDAAEQFAQ WTLPTVLTRD ISGMDGKRTS LHRDYQSTGA VLVNSASTKV TNALFPQGAP FFRFVDSPD MAAAVAELGI NGTVQSQQSQ IELSASSLVF SRDNYAASLR AVKLLMVTGN ALEYFDEGTG RSHIYSVREY T VRRDGSGN ILRVVLKERI AAMDLPQEFR SAHLGQKDDY DDVTLYTGIC LEDNKFKIYQ EVQQQQIGDA STYPIDECPY TV LVWNLVN GEHYGRGLVE DYAGDFARLS VLSQALTLYE VEAARLYNAV SAGAGIDVDA AQAAETGDYV QTSAAPGTNP GIW AVENGS DRKIMSLQSE ISMIEQKLAR AFMYAGNTRQ GERVTAYEIR TNAQEAQNSL GDAYSILSDH WLRKRAYLYT VYQY PPMRA MFTLGATTIQ ILVGTASLNK AAQADRLLEA SQSIQLVLPV LQGATKRTNP DAVVDFILDA FGVVSSKLMY TEEQL KQIQ DQQDQQQADQ QRNLELAQAN PEVAGQQLGL IPS UniProtKB: Head-tail connector protein |
-分子 #2: Gp39
分子 | 名称: Gp39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shigella phage Buco (ファージ) |
分子量 | 理論値: 20.81551 KDa |
配列 | 文字列: MRLTDAVNVT LEALGESRIV DINTSNPSAG LARAALDRTR RGVLSTGWWF NTIIREVTPT PNPGQIKVPW NQLSMYGLDG TKYGERDGV LYNLVDQTKV FSDTVHLKVV IDIDFEDLPE HMAMWVANAT AAQVYLNDLG ADGNYKSLLG IAAEYEAMNM R EHLRNQRY STSRTHAARK IRSGFFR UniProtKB: Putative tail protein |
-分子 #3: Gp40
分子 | 名称: Gp40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shigella phage Buco (ファージ) |
分子量 | 理論値: 84.783617 KDa |
配列 | 文字列: MAQTFEGTLQ SLLQGVSQQI PRERQPGQLG AQQNMLSDPV TGLRRRPPLH LAAQTLMENP VSPDALFSTY IERGTDGRHL LINTEAGIW QILSKDATTL IRSGQADYLK ASIGATSIQT ASIAGLTYIL NTEQTPVAHV DNTGKLNPAN TGFFYIVASS F SKRWTITV ...文字列: MAQTFEGTLQ SLLQGVSQQI PRERQPGQLG AQQNMLSDPV TGLRRRPPLH LAAQTLMENP VSPDALFSTY IERGTDGRHL LINTEAGIW QILSKDATTL IRSGQADYLK ASIGATSIQT ASIAGLTYIL NTEQTPVAHV DNTGKLNPAN TGFFYIVASS F SKRWTITV QSNEGTWTAV HDVGASSDDG AVPAATASAV INSLKTNLLA AGMPSDKVDT FGSYMFIKGL TNVVVSSDAG TT YARWSNQ SRVDEESDLP AQLPASANGC MCRVGAASTS ATWYRFDYAT RQWNEDSAYS SITKITNMPL EFAADDQIIP RDF EGRLAG DDENNEDPGF VENGYITGIA AFQGRLVLLS GSRVSMSASG LYQRFYRSTV VNLLDTDRID IGAASAQDSV FRAA LQFNR DLVVFGDSMQ AVIAGNAVLT PTNASIALTS EFSCDSRVIP VVTGQTVLYA SRRNSDYAGL LEFIPSAYTS SQYVS QDAT VHLPRYIPGR VMDMQVSSVT NVAFFRYSGE RTSVLVYEFL WGEDAKRAQG AYHKWVLPYD VLSLHTLSEA AYFFVR GPG AYVLALRVDP REGFVAGTTY EYPFMDMGAP VTVQGGQFTL PEHLRKAGLQ DSIALAYYTG DDSGSELGIA SISSNWV CT TVRGVPDGNY LAGYRFKSGT TLTPPMLKDQ NDNLIGSGHV RLLRLDVAMR NSGVVDVLVE DNARDVDNDS EYSGVLMN S KELAPEQPLK ASLSNIIIPC RTNTDTTEVT LSTSGTLEMN IMDVSYILRY NQRRRRV UniProtKB: Putative tail protein |
-分子 #4: Gp44
分子 | 名称: Gp44 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Shigella phage Buco (ファージ) |
分子量 | 理論値: 28.595883 KDa |
配列 | 文字列: MAYSWSEQVV PSGTTLISVD IEYLDKSYIY LYINNVLISN SDYSWNSDTL IQLNTPMASA GTVLLVRRTD KEYLYIMFAE GAAFIRENL DVQNTQFLHL AQELVEGRSI DGFYGDLSMN GYRITHLADG VDPKDAVNKG QLDSVSNRVS SIENSFLGLT T VSYPWYTV ...文字列: MAYSWSEQVV PSGTTLISVD IEYLDKSYIY LYINNVLISN SDYSWNSDTL IQLNTPMASA GTVLLVRRTD KEYLYIMFAE GAAFIRENL DVQNTQFLHL AQELVEGRSI DGFYGDLSMN GYRITHLADG VDPKDAVNKG QLDSVSNRVS SIENSFLGLT T VSYPWYTV VSADTDTFEP PFKFTKAALY IDGLCQVPDY SYVVVDNKLL LAESVPTGTV VFARLGEDTD AATEAATTTA LA AVQADLQ NQINALRALL QGG UniProtKB: Putative tail protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 33.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |