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- EMDB-28553: Acheta domesticus segmented densovirus, high buoyancy (HB) capsid... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28553
タイトルAcheta domesticus segmented densovirus, high buoyancy (HB) capsid, a mixed population of empty and immature full particles
マップデータAcheta domesticus segmented densovirus, mostly empty high buoyancy capsid population
試料
  • ウイルス: unclassified Densovirinae (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein
キーワードparvovirus / densovirus / virus capsid / virion / insect virus / capsid / invertebrate / VIRUS
生物種unclassified Densovirinae (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Penzes JJ / McKenna R / Tijssen P
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD018142 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)RR025080 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Bipartite genome and structural organization of the parvovirus Acheta domesticus segmented densovirus.
著者: Judit J Pénzes / Hanh T Pham / Paul Chipman / Emmanuel W Smith / Robert McKenna / Peter Tijssen /
要旨: Parvoviruses (family Parvoviridae) are currently defined by a linear monopartite ssDNA genome, T = 1 icosahedral capsids, and distinct structural (VP) and non-structural (NS) protein expression ...Parvoviruses (family Parvoviridae) are currently defined by a linear monopartite ssDNA genome, T = 1 icosahedral capsids, and distinct structural (VP) and non-structural (NS) protein expression cassettes within their genome. We report the discovery of a parvovirus with a bipartite genome, Acheta domesticus segmented densovirus (AdSDV), isolated from house crickets (Acheta domesticus), in which it is pathogenic. We found that the AdSDV harbors its NS and VP cassettes on two separate genome segments. Its vp segment acquired a phospholipase A2-encoding gene, vpORF3, via inter-subfamily recombination, coding for a non-structural protein. We showed that the AdSDV evolved a highly complex transcription profile in response to its multipartite replication strategy compared to its monopartite ancestors. Our structural and molecular examinations revealed that the AdSDV packages one genome segment per particle. The cryo-EM structures of two empty- and one full-capsid population (3.3, 3.1 and 2.3 Å resolution) reveal a genome packaging mechanism, which involves an elongated C-terminal tail of the VP, "pinning" the ssDNA genome to the capsid interior at the twofold symmetry axis. This mechanism fundamentally differs from the capsid-DNA interactions previously seen in parvoviruses. This study provides new insights on the mechanism behind ssDNA genome segmentation and on the plasticity of parvovirus biology.
履歴
登録2022年10月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28553.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28553.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Acheta domesticus segmented densovirus, mostly empty high buoyancy capsid population
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.038 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-10.424301 - 17.295100999999999
平均 (標準偏差)0.000000001999757 (±1.0000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-175-175-175
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 363.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : unclassified Densovirinae

全体名称: unclassified Densovirinae (ウイルス)
要素
  • ウイルス: unclassified Densovirinae (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein

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超分子 #1: unclassified Densovirinae

超分子名称: unclassified Densovirinae / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 185880 / 生物種: unclassified Densovirinae / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Acheta domesticus (昆虫)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Acheta domesticus segmented densovirus capsid / 直径: 210.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein

分子名称: Acheta domesticus segmented densovirus major capsid protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unclassified Densovirinae (ウイルス)
分子量理論値: 36.291906 KDa
配列文字列: EGYGKHITSM HVRNIFNQGN QVIRNIVKQQ RYELLDFTGT EAGTTNLPKI IPYQCIWWRG LQNAANVNQT INNMIALNTI SYGVRFLKA KLCIEVYAVT RKRLIQTGAT SYYTDDFEQG QNLFIGWADR KAESIPITTP ADLDETKLTV ANTTLFDANN D NITKEEVP ...文字列:
EGYGKHITSM HVRNIFNQGN QVIRNIVKQQ RYELLDFTGT EAGTTNLPKI IPYQCIWWRG LQNAANVNQT INNMIALNTI SYGVRFLKA KLCIEVYAVT RKRLIQTGAT SYYTDDFEQG QNLFIGWADR KAESIPITTP ADLDETKLTV ANTTLFDANN D NITKEEVP TREKWCHTWD LDVLNHNYLW EPNNLDSQWT LIPGAQAVQP TATPIGPTYQ EIVIATKAIG ANESALVTTI QD RRSYPRL MLSQPQIKDE TDTMKFKYQI RISTELEMEH HIKPDIANPW LTRQTLPLPA LSGDGTTRYV PCVPYETHVS Q

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 名称: Phosphate-buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Deceased common house crickets, previously showing signs of paralysis, inability to jump, and inability to control movement

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1127 / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.65 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 98920
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio random model based on 100 boxed particles
最終 再構成使用したクラス数: 3 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0) / 使用した粒子像数: 59211
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
最終 3次元分類クラス数: 30 / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3ux1


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8erk:
Acheta domesticus segmented densovirus, high buoyancy (HB) capsid, a mixed population of empty and immature full particles

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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