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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28537 | |||||||||
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タイトル | cryoEM structure of a broadly neutralizing anti-SARS-CoV-2 antibody STI-9167 | |||||||||
マップデータ | deepEMhancer sharpened focused map | |||||||||
試料 |
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キーワード | antibody / SARS-CoV-2 / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Bajic G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2024 タイトル: An experimental pipeline to characterize the epitope of a SARS-CoV-2 neutralizing antibody. 著者: Kristina E Atanasoff / Luca Brambilla / Daniel C Adelsberg / Shreyas Kowdle / Christian S Stevens / Stefan Slamanig / Chuan-Tien Hung / Yanwen Fu / Reyna Lim / Linh Tran / Robert Allen / ...著者: Kristina E Atanasoff / Luca Brambilla / Daniel C Adelsberg / Shreyas Kowdle / Christian S Stevens / Stefan Slamanig / Chuan-Tien Hung / Yanwen Fu / Reyna Lim / Linh Tran / Robert Allen / Weina Sun / J Andrew Duty / Goran Bajic / Benhur Lee / Domenico Tortorella / 要旨: The COVID-19 pandemic remains a significant public health concern for the global population; the development and characterization of therapeutics, especially ones that are broadly effective, will ...The COVID-19 pandemic remains a significant public health concern for the global population; the development and characterization of therapeutics, especially ones that are broadly effective, will continue to be essential as severe acute respiratory syndrome-coronavirus-2 (SARS-CoV-2) variants emerge. Neutralizing monoclonal antibodies remain an effective therapeutic strategy to prevent virus infection and spread so long as they recognize and interact with circulating variants. The epitope and binding specificity of a neutralizing anti-SARS-CoV-2 Spike receptor-binding domain antibody clone against many SARS-CoV-2 variants of concern were characterized by generating antibody-resistant virions coupled with cryo-EM structural analysis and VSV-spike neutralization studies. This workflow can serve to predict the efficacy of antibody therapeutics against emerging variants and inform the design of therapeutics and vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28537.map.gz | 448.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28537-v30.xml emd-28537.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28537_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28537.png | 62 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28537.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_28537_additional_1.map.gz emd_28537_half_map_1.map.gz emd_28537_half_map_2.map.gz | 483.2 MB 474.4 MB 474.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28537 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28537 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28537_validation.pdf.gz | 770.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28537_full_validation.pdf.gz | 770.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28537_validation.xml.gz | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28537_validation.cif.gz | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28537 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28537 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8eqfMC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28537.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | deepEMhancer sharpened focused map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.826 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_28537_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_28537_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_28537_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 spike RBD in complex with 10A3 Fab
全体 | 名称: SARS-CoV-2 spike RBD in complex with 10A3 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 spike RBD in complex with 10A3 Fab
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike RBD in complex with 10A3 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.776381 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT ...文字列: TNLCPFGEVF NATRFASVYA WNRKRISNCV ADYSVLYNSA SFSTFKCYGV SPTKLNDLCF TNVYADSFVI RGDEVRQIAP GQTGKIADY NYKLPDDFTG CVIAWNSNNL DSKVGGNYNY LYRLFRKSNL KPFERDISTE IYQAGSTPCN GVEGFNCYFP L QSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCG UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: Fab heavy chain
分子 | 名称: Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.956542 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFTFS SYGMNWVRQA PGKGLEWVAI IWYDGNNKYY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARK DYSKTYYGYY FDYWGQGTLV TVSS |
-分子 #3: Fab light chain
分子 | 名称: Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.6199 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSIH SFLNWYQQKP GKPPNLLIYA ASSLQSGLPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSYITPPTFG HGTKVEIK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.92 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |