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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2842 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TMV at 3.35 A resolution | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of TMV at 3.35 A resolution | |||||||||
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機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / ![]() ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / ![]() | |||||||||
![]() | Fromm SA / Bharat TAM / Jakobi AJ / Hagen WJH / Sachse C | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Seeing tobacco mosaic virus through direct electron detectors. 著者: Simon A Fromm / Tanmay A M Bharat / Arjen J Jakobi / Wim J H Hagen / Carsten Sachse / ![]() ![]() 要旨: With the introduction of direct electron detectors (DED) to the field of electron cryo-microscopy, a wave of atomic-resolution structures has become available. As the new detectors still require ...With the introduction of direct electron detectors (DED) to the field of electron cryo-microscopy, a wave of atomic-resolution structures has become available. As the new detectors still require comparative characterization, we have used tobacco mosaic virus (TMV) as a test specimen to study the quality of 3D image reconstructions from data recorded on the two direct electron detector cameras, K2 Summit and Falcon II. Using DED movie frames, we explored related image-processing aspects and compared the performance of micrograph-based and segment-based motion correction approaches. In addition, we investigated the effect of dose deposition on the atomic-resolution structure of TMV and show that radiation damage affects negative carboxyl chains first in a side-chain specific manner. Finally, using 450,000 asymmetric units and limiting the effects of radiation damage, we determined a high-resolution cryo-EM map at 3.35Å resolution. Here, we provide a comparative case study of highly ordered TMV recorded on different direct electron detectors to establish recording and processing conditions that enable structure determination up to 3.2Å in resolution using cryo-EM. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 23.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 297.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 8.7 MB 47.8 MB 25.9 MB 25.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4udvMC ![]() 2833C ![]() 2834C ![]() 2835C ![]() 2836C ![]() 2837C ![]() 2838C ![]() 2839C ![]() 2840C ![]() 2841C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 47.7 Data #1: Tobacco Mosaic Virus micrographs [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of TMV at 3.35 A resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.062 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-添付マップデータ: EMD-2842-FSC-mask.map
ファイル | EMD-2842-FSC-mask.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: EMD-2842-full.map
ファイル | EMD-2842-full.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: EMD-2842-half-1.map
ファイル | EMD-2842-half-1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: EMD-2842-half-2.map
ファイル | EMD-2842-half-2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Tobacco Mosaic Virus
全体 | 名称: ![]() ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1000: Tobacco Mosaic Virus
超分子 | 名称: Tobacco Mosaic Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was purified from infected leaves. / 集合状態: helical / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 39.5 MDa |
-超分子 #1: Tobacco mosaic virus
超分子 | 名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: TMV / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / Sci species strain: vulgare / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: TMV |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 39.5 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: CP / 直径: 180 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 11.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 50 mM NaPO4 |
グリッド | 詳細: Quantifoil 2/2 Cu 200 mesh grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 手法: Blot for 8 seconds with an offset of -2 mm ~30-45 seconds after sample application |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 131827 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: CTFTILT |
詳細 | Nanoprobe mode, dose rate ~41 e-/px/s on the camera level, fully automated acquisition using FEI EPU software |
日付 | 2013年10月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 109 / 平均電子線量: 30.7 e/Å2 詳細: each micrograph was recorded as a movie of 7 frames excluding the roll-in frame corresponding to 2 e-/A^2 accumulated dose which was discarded |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |