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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28278 | |||||||||
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タイトル | Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | IL-21 / receptor / complex / signaling / CYTOKINE | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Abhiraman GC / Jude KM / Caveney NA / Garcia KC | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: A structural blueprint for interleukin-21 signal modulation. 著者: Gita C Abhiraman / Theodora U J Bruun / Nathanael A Caveney / Leon L Su / Robert A Saxton / Qian Yin / Shaogeng Tang / Mark M Davis / Kevin M Jude / K Christopher Garcia / 要旨: Interleukin-21 (IL-21) plays a critical role in generating immunological memory by promoting the germinal center reaction, yet clinical use of IL-21 remains challenging because of its pleiotropy and ...Interleukin-21 (IL-21) plays a critical role in generating immunological memory by promoting the germinal center reaction, yet clinical use of IL-21 remains challenging because of its pleiotropy and association with autoimmune disease. To better understand the structural basis of IL-21 signaling, we determine the structure of the IL-21-IL-21R-γc ternary signaling complex by X-ray crystallography and a structure of a dimer of trimeric complexes using cryo-electron microscopy. Guided by the structure, we design analogs of IL-21 by introducing substitutions to the IL-21-γc interface. These IL-21 analogs act as partial agonists that modulate downstream activation of pS6, pSTAT3, and pSTAT1. These analogs exhibit differential activity on T and B cell subsets and modulate antibody production in human tonsil organoids. These results clarify the structural basis of IL-21 signaling and offer a potential strategy for tunable manipulation of humoral immunity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28278.map.gz | 56.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28278-v30.xml emd-28278.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28278_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28278.png | 88.4 KB | ||
マスクデータ | emd_28278_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_28278_half_map_1.map.gz emd_28278_half_map_2.map.gz | 59.2 MB 59.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28278 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28278 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_28278_validation.pdf.gz | 905.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_28278_full_validation.pdf.gz | 904.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_28278_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_28278_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28278 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-28278 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28278.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.151 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28278_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_28278_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_28278_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg
全体 | 名称: Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg |
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要素 |
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-超分子 #1: Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg
超分子 | 名称: Hexameric IL-21 complex with IL-21R and IL-2Rg / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Interleukin-21
超分子 | 名称: Interleukin-21 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Interleukin-21 receptor
超分子 | 名称: Interleukin-21 receptor / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #4: Cytokine receptor common subunit gamma
超分子 | 名称: Cytokine receptor common subunit gamma / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Interleukin-21
分子 | 名称: Interleukin-21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QGQDRHMIRM RQLIDIVDQL KNYVNDLVPE FLPAPEDVET NCEWSAFSCF QKAQLKSANT GNNERIIQVS IKKLKRKPPS TNAGRRQKHR LTCPSCDSYE KKPPKEFLER FKSLLQKMIH QHLSSRTHGS EDSGAPGSHH HHHH |
-分子 #2: Interleukin-21 receptor
分子 | 名称: Interleukin-21 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: CPDLVCYTDY LQTVICILEM WNLHPSTLTL TWQDQYEELK DEATSCSLHR SAHNATHATY TCHMDVFHFM ADDIFSVQIT DQSGQYSQEC GSFLLAESIK PAPPFDVTVT FSGQYQISWR SDYEDPAFYM LKGKLQYELQ YRNRGDPWAV SPRRKLISVD SRSVSLLPLE ...文字列: CPDLVCYTDY LQTVICILEM WNLHPSTLTL TWQDQYEELK DEATSCSLHR SAHNATHATY TCHMDVFHFM ADDIFSVQIT DQSGQYSQEC GSFLLAESIK PAPPFDVTVT FSGQYQISWR SDYEDPAFYM LKGKLQYELQ YRNRGDPWAV SPRRKLISVD SRSVSLLPLE FRKDSSYELQ VRAGPMPGSS YQGTWSEWSD PVIFQTQSEE KAASGRGLND IFEAQKIEWH EHHHHHH |
-分子 #3: Cytokine receptor common subunit gamma
分子 | 名称: Cytokine receptor common subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: PLPLPEVQCF VFNVEYMNCT WQSSSEPQPT NLTLHYWYKN SDNDKVQKCS HYLFSEEITS GCQLQKKEIH LYQTFVVQLQ DPREPRRQAT QMLKLQNLVI PWAPENLTLH KLSESQLELN WNNRFLNHCL EHLVQYRTDW DHSWTEQSVD YRHKFSLPSV DGQKRYTFRV ...文字列: PLPLPEVQCF VFNVEYMNCT WQSSSEPQPT NLTLHYWYKN SDNDKVQKCS HYLFSEEITS GCQLQKKEIH LYQTFVVQLQ DPREPRRQAT QMLKLQNLVI PWAPENLTLH KLSESQLELN WNNRFLNHCL EHLVQYRTDW DHSWTEQSVD YRHKFSLPSV DGQKRYTFRV RSRFNPLCGS AQHWSEWSHP IHWGSNTSKE NHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |