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万見
- EMDB-28255: 70S map for: "Atomistic simulations of the E. coli ribosome provi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28255
タイトル70S map for: "Atomistic simulations of the E. coli ribosome provide selection criteria for translationally active substrates"
マップデータPost-processed, masked 70S map
試料
  • 複合体: 70S ribosome complex with mRNA, A- and P-site Met-NH-tRNAs
キーワードribosome / tRNA / e. coli
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Watson ZL / Cate JHD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 2002182 米国
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2023
タイトル: Atomistic simulations of the Escherichia coli ribosome provide selection criteria for translationally active substrates.
著者: Zoe L Watson / Isaac J Knudson / Fred R Ward / Scott J Miller / Jamie H D Cate / Alanna Schepartz / Ara M Abramyan /
要旨: As genetic code expansion advances beyond L-α-amino acids to backbone modifications and new polymerization chemistries, delineating what substrates the ribosome can accommodate remains a challenge. ...As genetic code expansion advances beyond L-α-amino acids to backbone modifications and new polymerization chemistries, delineating what substrates the ribosome can accommodate remains a challenge. The Escherichia coli ribosome tolerates non-L-α-amino acids in vitro, but few structural insights that explain how are available, and the boundary conditions for efficient bond formation are so far unknown. Here we determine a high-resolution cryogenic electron microscopy structure of the E. coli ribosome containing α-amino acid monomers and use metadynamics simulations to define energy surface minima and understand incorporation efficiencies. Reactive monomers across diverse structural classes favour a conformational space where the aminoacyl-tRNA nucleophile is <4 Å from the peptidyl-tRNA carbonyl with a Bürgi-Dunitz angle of 76-115°. Monomers with free energy minima that fall outside this conformational space do not react efficiently. This insight should accelerate the in vivo and in vitro ribosomal synthesis of sequence-defined, non-peptide heterooligomers.
履歴
登録2022年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月31日-
マップ公開2023年5月31日-
更新2023年7月19日-
現状2023年7月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28255.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 361.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed, masked 70S map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 456 pix.
= 378.298 Å		0.83 Å/pix.
x 456 pix.
= 378.298 Å		0.83 Å/pix.
x 456 pix.
= 378.298 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8296 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0331
最小 - 最大-0.07687067 - 0.37838435
平均 (標準偏差)0.00071948086 (±0.005934945)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ456456456
Spacing456456456
セルA=B=C: 378.29758 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28255_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 70S map from 3D auto-refine without post-processing

ファイルemd_28255_additional_1.map
注釈70S map from 3D auto-refine without post-processing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-map 2

ファイルemd_28255_half_map_1.map
注釈Unfiltered half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unfiltered half-map 1

ファイルemd_28255_half_map_2.map
注釈Unfiltered half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome complex with mRNA, A- and P-site Met-NH-tRNAs

全体名称: 70S ribosome complex with mRNA, A- and P-site Met-NH-tRNAs
要素
  • 複合体: 70S ribosome complex with mRNA, A- and P-site Met-NH-tRNAs

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超分子 #1: 70S ribosome complex with mRNA, A- and P-site Met-NH-tRNAs

超分子名称: 70S ribosome complex with mRNA, A- and P-site Met-NH-tRNAs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#54
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7k00

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 129455
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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