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万見
- EMDB-28233: Cryo-EM structure of LRP2 at pH 7.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28233
タイトルCryo-EM structure of LRP2 at pH 7.5
マップデータ
試料
  • 複合体: LRP2 at neutral pH
    • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードLRP2 / Megalin / GP330 / Endocytosis / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of RCbl within the body / endocytic hemoglobin import into cell / chemoattraction of axon / diol metabolic process / positive regulation of lipoprotein transport / pulmonary artery morphogenesis / secondary heart field specification / Retinoid metabolism and transport / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / folate import across plasma membrane ...Transport of RCbl within the body / endocytic hemoglobin import into cell / chemoattraction of axon / diol metabolic process / positive regulation of lipoprotein transport / pulmonary artery morphogenesis / secondary heart field specification / Retinoid metabolism and transport / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / folate import across plasma membrane / ventricular compact myocardium morphogenesis / metal ion transport / response to leptin / protein transporter activity / hormone binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / vitamin D metabolic process / neuron projection arborization / Clathrin-mediated endocytosis / coronary artery morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / coronary vasculature development / insulin-like growth factor I binding / transcytosis / protein import / aorta development / ventricular septum development / positive regulation of neurogenesis / endosomal transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / hemoglobin binding / brush border / vagina development / positive regulation of endocytosis / amyloid-beta clearance / endocytic vesicle / response to X-ray / negative regulation of BMP signaling pathway / axonal growth cone / clathrin-coated pit / forebrain development / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor-mediated endocytosis / kidney development / neural tube closure / endosome lumen / nuclear receptor binding / PDZ domain binding / brush border membrane / sensory perception of sound / cellular response to growth factor stimulus / SH3 domain binding / endocytosis / male gonad development / protein transport / apical part of cell / heart development / protein-folding chaperone binding / cell population proliferation / receptor complex / endosome / apical plasma membrane / axon / external side of plasma membrane / dendrite / calcium ion binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. ...: / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Beenken A / Cerutti G / Brasch J / Fitzpatrick AW / Barasch J / Shapiro L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK124667 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Structures of LRP2 reveal a molecular machine for endocytosis.
著者: Andrew Beenken / Gabriele Cerutti / Julia Brasch / Yicheng Guo / Zizhang Sheng / Hediye Erdjument-Bromage / Zainab Aziz / Shelief Y Robbins-Juarez / Estefania Y Chavez / Goran Ahlsen / ...著者: Andrew Beenken / Gabriele Cerutti / Julia Brasch / Yicheng Guo / Zizhang Sheng / Hediye Erdjument-Bromage / Zainab Aziz / Shelief Y Robbins-Juarez / Estefania Y Chavez / Goran Ahlsen / Phinikoula S Katsamba / Thomas A Neubert / Anthony W P Fitzpatrick / Jonathan Barasch / Lawrence Shapiro /
要旨: The low-density lipoprotein (LDL) receptor-related protein 2 (LRP2 or megalin) is representative of the phylogenetically conserved subfamily of giant LDL receptor-related proteins, which function in ...The low-density lipoprotein (LDL) receptor-related protein 2 (LRP2 or megalin) is representative of the phylogenetically conserved subfamily of giant LDL receptor-related proteins, which function in endocytosis and are implicated in diseases of the kidney and brain. Here, we report high-resolution cryoelectron microscopy structures of LRP2 isolated from mouse kidney, at extracellular and endosomal pH. The structures reveal LRP2 to be a molecular machine that adopts a conformation for ligand binding at the cell surface and for ligand shedding in the endosome. LRP2 forms a homodimer, the conformational transformation of which is governed by pH-sensitive sites at both homodimer and intra-protomer interfaces. A subset of LRP2 deleterious missense variants in humans appears to impair homodimer assembly. These observations lay the foundation for further understanding the function and mechanism of LDL receptors and implicate homodimerization as a conserved feature of the LRP receptor subfamily.
履歴
登録2022年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28233.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å		1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å		1.08 Å/pix.
x 512 pix.
= 552.96 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.7760128 - 2.6795382
平均 (標準偏差)0.0011968523 (±0.058118027)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 552.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Composite of unsharpened local refinement maps

ファイルemd_28233_additional_1.map
注釈Composite of unsharpened local refinement maps
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Composite map of the C2 global map with...

ファイルemd_28233_additional_2.map
注釈Composite map of the C2 global map with deepEMhancer density-modified local refinements
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28233_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28233_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LRP2 at neutral pH

全体名称: LRP2 at neutral pH
要素
  • 複合体: LRP2 at neutral pH
    • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: LRP2 at neutral pH

超分子名称: LRP2 at neutral pH / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Endogenously purified from mouse kidney
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2

分子名称: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 519.7465 KDa
配列文字列: MERGAAAAAW MLLLAIAACL APVSGQECGS GNFRCDNGYC IPASWRCDGT RDCLDDTDEI GCPPRSCGSG FFLCPAEGTC IPSSWVCDQ DKDCSDGADE QQNCPGTTCS SQQLTCSNGQ CVPIEYRCDH VSDCPDGSDE RNCYYPTCDQ LTCANGACYN T SQKCDHKV ...文字列:
MERGAAAAAW MLLLAIAACL APVSGQECGS GNFRCDNGYC IPASWRCDGT RDCLDDTDEI GCPPRSCGSG FFLCPAEGTC IPSSWVCDQ DKDCSDGADE QQNCPGTTCS SQQLTCSNGQ CVPIEYRCDH VSDCPDGSDE RNCYYPTCDQ LTCANGACYN T SQKCDHKV DCRDSSDEAN CTTLCSQKEF QCGSGECILR AYVCDHDNDC EDNSDEHNCN YDTCGGHQFT CSNGQCINQN WV CDGDDDC QDSGDEDGCE SNQRHHTCYP REWACPGSGR CISMDKVCDG VPDCPEGEDE NNATSGRYCG TGLCSILNCE YQC HQTPYG GECFCPPGHI INSNDSRTCI DFDDCQIWGI CDQKCESRQG RHQCLCEEGY ILERGQHCKS NDSFSAASII FSNG RDLLV GDLHGRNFRI LAESKNRGIV MGVDFHYQKH RVFWTDPMQA KVFSTDINGL NTQEILNVSI DAPENLAVDW INNKL YLVE TRVNRIDVVN LEGNQRVTLI TENLGHPRGI ALDPTVGYLF FSDWGSLSGQ PKVERAFMDG SNRKDLVTTK LGWPAG ITL DLVSKRVYWV DSRYDYIETV TYDGIQRKTV ARGGSLVPHP FGISLFEEHV FFTDWTKMAV MKANKFTDTN PQVYHQS SL TPFGVTVYHA LRQPNATNPC GNNNGGCAQI CVLSHRTDNG GLGYRCKCEF GFELDADEHH CVAVKNFLLF SSQTAVRG I PFTLSTQEDV MVPVTGSPSF FVGIDFDAQH STIFYSDLSK NIIYQQKIDG TGKEVITANR LQNVECLSFD WISRNLYWT DGGSKSVTVM KLADKSRRQI ISNLNNPRSI VVHPAAGYMF LSDWFRPAKI MRAWSDGSHL MPIVNTSLGW PNGLAIDWST SRLYWVDAF FDKIEHSNLD 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PGEIHRVKTD GSNRTAFAPL SLLGSSLGLA LDWVSRNIYY TT PASRSIE VLTLRGDTRY GKTLITNDGT PLGVGFPVGI AVDPARGKLY WSDHGTDSGV PAKIASANMD GTSLKILFTG NME HLEVVT LDIQEQKLYW AVTSRGVIER GNVDGTERMI LVHHLAHPWG LVVHGSFLYY SDEQYEVIER VDKSSGSNKV VFRD NIPYL RGLRVYHHRN AADSSNGCSN NPNACQQICL PVPGGMFSCA CASGFKLSPD GRSCSPYNSF IVVSMLPAVR GFSLE LSDH SEAMVPVAGQ GRNVLHADVD VANGFIYWCD FSSSVRSSNG IRRIKPNGSN FTNIVTYGIG ANGIRGVAVD WVAGNL YFT NAFVYETLIE VIRINTTYRR VLLKVSVDMP RHIVVDPKHR YLFWADYGQK PKIERSFLDC TNRTVLVSEG IVTPRGL AV DHDTGYIYWV DDSLDIIARI HRDGGESQVV RYGSRYPTPY GITVFGESII WVDRNLRKVF QASKQPGNTD PPTVIRDS I NLLRDVTIFD EHVQPLSPAE LNNNPCLQSN GGCSHFCFAL PELPTPKCGC AFGTLEDDGK NCATSREDFL IYSLNNSLR SLHFDPQDHN LPFQAISVEG MAIALDYDRR NNRIFFTQKL NPIRGQISYV NLYSGASSPT ILLSNIGVTD GIAFDWINRR IYYSDFSNQ TINSMAEDGS NRAVIARVSK PRAIVLDPCR GYMYWTDWGT NAKIERATLG GNFRVPIVNT SLVWPNGLTL D LETDLLYW ADASLQKIER STLTGSNREV VISTAFHSFG LTVYGQYIYW TDFYTKKIYR ANKYDGSDLI AMTTRLPTQP SG ISTVVKT QQQQCSNPCD QFNGGCSHIC APGPNGAECQ CPHEGSWYLA NDNKYCVVDT 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EANE WQCAN KRCIPEYWQC DSVDDCLDNS DEDPSHCASR TCRPGQFKCN NGRCIPQSWK CDVDNDCGDY SDEPIHECMT AAYNC DNHT EFSCKTNYRC IPQWAVCNGF DDCRDNSDEQ GCESVPCHPS GDFRCGNHHC IPLRWKCDGI DDCGDNSDEE SCVPRE CTE SEFRCADQQC IPSRWVCDQE NDCGDNSDER DCEMKTCHPE HFQCTSGHCV PKALACDGRA DCLDASDESA CPTRFPN GT YCPAAMFECK NHVCIQSFWI CDGENDCVDG SDEEIHLCFN VPCESPQRFR CDNSRCIYGH QLCNGVDDCG DGSDEKEE H CRKPTHKPCT DTEYKCSNGN CVSQHYVCDN VDDCGDLSDE TGCNLGENRT CAEKICEQNC TQLSNGGFIC SCRPGFKPS TLDKNSCQDI NECEEFGICP QSCRNSKGSY ECFCVDGFKS MSTHYGERCA ADGSPPLLLL PENVRIRKYN ISSEKFSEYL EEEEHIQAI DYDWDPEGIG LSVVYYTVLS QGSQFGAIKR AYLPDFESGS NNPVREVDLG LKYLMQPDGL AVDWVGRHIY W SDAKSQRI EVATLDGRYR KWLITTQLDQ PAAIAVNPKL GLMFWTDQGK QPKIESAWMN GEHRSVLASA NLGWPNGLSI DY LNGDRIY WSDSKEDVIE SIKYDGTDRR LIINDAMKPF SLDIFEDQLY WVAKEKGEVW RQNKFGKGNK EKLLVVNPWL TQV RIFHQL RYNQSVSNPC KQVCSHLCLL RPGGYSCACP QGSDFVTGST VECDAASELP ITMPSPCRCM HGGSCYFDEN DLPK CKCSS GYSGEYCEIG LSRGIPPGTT MALLLTFAMV IIVGALVLVG FFHYRKTGSL LPSLPKLPSL SSLAKPSENG NGVTF RSGA DVNMDIGVSP FGPETIIDRS MAMNEQFVME VGKQPVIFEN PMYAAKDSTS KVGLAVQGPS VSSQVTVPEN VENQNY GRS IDPSEIVPEP KPASPGADET QGTKWNIFKR KPKQTTNFEN PIYAEMDTEQ KEAVAVAPPP SPSLPAKASK RSSTPGY TA TEDTFKDTAN LVKEDSDV

UniProtKB: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 32 / 式: NGA
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NGA:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 58 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 84 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.87 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1n7d

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 492737
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8em4:
Cryo-EM structure of LRP2 at pH 7.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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