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万見
- EMDB-28224: CryoEM structure of Resistance to Inhibitors of Cholinesterase-8B... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28224
タイトルCryoEM structure of Resistance to Inhibitors of Cholinesterase-8B (Ric-8B) in complex with olfactory G protein alpha olf
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Ric-8B in complex with G protein subunit alpha olf
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Synembryn-B
キーワードchaperone / armadillo repeat / GEF / Ras / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase activating pathway / G-protein alpha-subunit binding / Adenylate cyclase inhibitory pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / cell cortex ...Adenylate cyclase activating pathway / G-protein alpha-subunit binding / Adenylate cyclase inhibitory pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / cell cortex / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / centrosome / GTP binding / signal transduction / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / Armadillo-like helical ...Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha / Synembryn-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Papasergi-Scott MM / Skiniotis G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM088242 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structures of Ric-8B in complex with Gα protein folding clients reveal isoform specificity mechanisms.
著者: Makaía M Papasergi-Scott / Frank E Kwarcinski / Maiya Yu / Ouliana Panova / Ann M Ovrutsky / Georgios Skiniotis / Gregory G Tall /
要旨: Mammalian Ric-8 proteins act as chaperones to regulate the cellular abundance of heterotrimeric G protein α subunits. The Ric-8A isoform chaperones Gαi/o, Gα12/13, and Gαq/11 subunits, while Ric- ...Mammalian Ric-8 proteins act as chaperones to regulate the cellular abundance of heterotrimeric G protein α subunits. The Ric-8A isoform chaperones Gαi/o, Gα12/13, and Gαq/11 subunits, while Ric-8B acts on Gαs/olf subunits. Here, we determined cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of Ric-8B in complex with Gαs and Gαolf, revealing isoform differences in the relative positioning and contacts between the C-terminal α5 helix of Gα within the concave pocket formed by Ric-8 α-helical repeat elements. Despite the overall architectural similarity with our earlier structures of Ric-8A complexed to Gαq and Gαi1, Ric-8B distinctly accommodates an extended loop found only in Gαs/olf proteins. The structures, along with results from Ric-8 protein thermal stability assays and cell-based Gαolf folding assays, support a requirement for the Gα C-terminal region for binding specificity, and highlight that multiple structural elements impart specificity for Ric-8/G protein binding.
履歴
登録2022年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28224.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28224.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 248 pix.
= 211.321 Å		0.85 Å/pix.
x 248 pix.
= 211.321 Å		0.85 Å/pix.
x 248 pix.
= 211.321 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8521 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.453
最小 - 最大-2.2634022 - 3.720395
平均 (標準偏差)-0.00087175524 (±0.108213335)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ248248248
Spacing248248248
セルA=B=C: 211.3208 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28224_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_28224_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_28224_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ric-8B in complex with G protein subunit alpha olf

全体名称: Ric-8B in complex with G protein subunit alpha olf
要素
  • 複合体: Ric-8B in complex with G protein subunit alpha olf
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 1 of Synembryn-B

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超分子 #1: Ric-8B in complex with G protein subunit alpha olf

超分子名称: Ric-8B in complex with G protein subunit alpha olf / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.37043 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCLGGNSKT TEDQGVDEKE RREANKKIEK QLQKERLAYK ATHRLLLLGA GESGKSTIVK QMRILHVNGF NPEEKKQKIL DIRKNVKDA IVTIVSAMST IIPPVPLANP ENQFRSDYIK SIAPITDFEY SQEFFDHVKK LWDDEGVKAC FERSNEYQLI D CAQYFLER ...文字列:
MGCLGGNSKT TEDQGVDEKE RREANKKIEK QLQKERLAYK ATHRLLLLGA GESGKSTIVK QMRILHVNGF NPEEKKQKIL DIRKNVKDA IVTIVSAMST IIPPVPLANP ENQFRSDYIK SIAPITDFEY SQEFFDHVKK LWDDEGVKAC FERSNEYQLI D CAQYFLER IDSVSLVDYT PTDQDLLRCR VLTSGIFETR FQVDKVNFHM FDVGGQRDER RKWIQCFNDV TAIIYVAACS SY NMVIRED NNTNRLRESL DLFESIWNNR WLRTISIILF LNKQDMLAEK VLAGKSKIED YFPEYANYTV PEDATPDAGE DPK VTRAKF FIRDLFLRIS TATGDGKHYC YPHFTCAVDT ENIRRVFNDC RDIIQRMHLK QYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(olf) subunit alpha

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分子 #2: Isoform 1 of Synembryn-B

分子名称: Isoform 1 of Synembryn-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 63.928043 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GEFMDEERAL YIVRAGEAGA IERVLRDYSD KHRATFKFES ADEDKRKKLC EGIFKVLVKE VPTTCQVSCL EVLRILSRDK KILVPVTTK ENMQILLRLA KLHESDDSLE KVSEFPVIVE SLKCLCNIVF NSQMAQQLSL ELNLAAKLCN LLRKCKDRKF I NDIKCFDL ...文字列:
GEFMDEERAL YIVRAGEAGA IERVLRDYSD KHRATFKFES ADEDKRKKLC EGIFKVLVKE VPTTCQVSCL EVLRILSRDK KILVPVTTK ENMQILLRLA KLHESDDSLE KVSEFPVIVE SLKCLCNIVF NSQMAQQLSL ELNLAAKLCN LLRKCKDRKF I NDIKCFDL RLLFVLSLLH TDIRSQLRYE LQGLPLLTQI LESAFSIKWT DEYESAIDHN GPPLSPQETD CAIEALKALF NV TVDSWKV HKESDSHQFR VMAAVLRHCL LIVGPTEDKT EELHSNAVNL LSNVPVSCLD VLICPLTHEE TAQEAATLDE LPS DKTTEK DTALKNSTMV YNGMNMEAIH VLLNFMEKRI DKGSSYREGL TPVLSLLTEC SRAHRNIRKF LKDQVLPPLR DVTN RPEVG STVRNKLVRL MTHVDLGVKQ IAAEFLFVLC KERVDSLLKY TGYGNAAGLL AARGLLAGGR GDNWY(SEP)EDED (TPO)DTEEYKNA KPNINLITGH LEEPMPNPID EMTEEQKEYE AMKLVNMLDK LSREELLKPM GLKPDGTITP LEEALSQ YS VIEETSSDTD

UniProtKB: Synembryn-B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 4670 / 平均露光時間: 2.49 sec. / 平均電子線量: 68.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 57050 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4695512
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 247416
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8el7


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 171.1
得られたモデル

PDB-8el8:
CryoEM structure of Resistance to Inhibitors of Cholinesterase-8B (Ric-8B) in complex with olfactory G protein alpha olf

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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