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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2822 | |||||||||
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タイトル | Negative stain electron microscopy reconstruction of an intact Phycobilisome in complex with photosystem II. | |||||||||
マップデータ | Negative stain electron microscopy reconstruction of the intact Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120 in complex with photosystem II. | |||||||||
試料 |
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キーワード | light-harvesting antennae / photosynthesis | |||||||||
生物種 | Anabaena (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 34.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang L / Liu X / Li Y / Liu CC / Yang F / Zhao J / Sui SF | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2015 タイトル: Structural organization of an intact phycobilisome and its association with photosystem II. 著者: Leifu Chang / Xianwei Liu / Yanbing Li / Cui-Cui Liu / Fan Yang / Jindong Zhao / Sen-Fang Sui / 要旨: Phycobilisomes (PBSs) are light-harvesting antennae that transfer energy to photosynthetic reaction centers in cyanobacteria and red algae. PBSs are supermolecular complexes composed of ...Phycobilisomes (PBSs) are light-harvesting antennae that transfer energy to photosynthetic reaction centers in cyanobacteria and red algae. PBSs are supermolecular complexes composed of phycobiliproteins (PBPs) that bear chromophores for energy absorption and linker proteins. Although the structures of some individual components have been determined using crystallography, the three-dimensional structure of an entire PBS complex, which is critical for understanding the energy transfer mechanism, remains unknown. Here, we report the structures of an intact PBS and a PBS in complex with photosystem II (PSII) from Anabaena sp. strain PCC 7120 using single-particle electron microscopy in combination with biochemical and molecular analyses. In the PBS structure, all PBP trimers and the conserved linker protein domains were unambiguously located, and the global distribution of all chromophores was determined. We provide evidence that ApcE and ApcF are critical for the formation of a protrusion at the bottom of PBS, which plays an important role in mediating PBS interaction with PSII. Our results provide insights into the molecular architecture of an intact PBS at different assembly levels and provide the basis for understanding how the light energy absorbed by PBS is transferred to PSII. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2822.map.gz | 16.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2822-v30.xml emd-2822.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2822.jpg | 42.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2822 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2822 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2822_validation.pdf.gz | 219.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2822_full_validation.pdf.gz | 218.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2822_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2822 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2822 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain electron microscopy reconstruction of the intact Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120 in complex with photosystem II. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.46 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120 in complex with p...
全体 | 名称: Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120 in complex with photosystem II. |
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要素 |
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-超分子 #1000: Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120 in complex with p...
超分子 | 名称: Phycobilisome from Anabaena sp. strain PCC 7120 in complex with photosystem II. タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 6 MDa |
-分子 #1: Phycobilisome
分子 | 名称: Phycobilisome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Anabaena (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 6 MDa |
-分子 #2: photosystem II
分子 | 名称: photosystem II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Anabaena (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 0.8 M K/Na-PO4 |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2011年6月6日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均電子線量: 30 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 2363 |
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