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- EMDB-28090: Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-040 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28090
タイトルNegative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-040
マップデータNegative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-040
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 D614G HexaPro Spike in complex with CoVIC-040
キーワードSARS-CoV-2 Spike / Spike / antibody / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.3 Å
データ登録者Li H / Callaway H / Yu X / Shek J / Saphire EO
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-0006133 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142790-03S1 米国
GHR Foundation 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Bivalent intra-spike binding provides durability against emergent Omicron lineages: Results from a global consortium.
著者: Heather M Callaway / Kathryn M Hastie / Sharon L Schendel / Haoyang Li / Xiaoying Yu / Jeremy Shek / Tierra Buck / Sean Hui / Dan Bedinger / Camille Troup / S Moses Dennison / Kan Li / ...著者: Heather M Callaway / Kathryn M Hastie / Sharon L Schendel / Haoyang Li / Xiaoying Yu / Jeremy Shek / Tierra Buck / Sean Hui / Dan Bedinger / Camille Troup / S Moses Dennison / Kan Li / Michael D Alpert / Charles C Bailey / Sharon Benzeno / Jody L Bonnevier / Jin-Qiu Chen / Charm Chen / Hyeseon Cho / Peter D Crompton / Vincent Dussupt / Kevin C Entzminger / Yassine Ezzyat / Jonathan K Fleming / Nick Geukens / Amy E Gilbert / Yongjun Guan / Xiaojian Han / Christopher J Harvey / Julia M Hatler / Bryan Howie / Chao Hu / Ailong Huang / Maya Imbrechts / Aishun Jin / Nik Kamachi / Gladys Keitany / Mark Klinger / Jay K Kolls / Shelly J Krebs / Tingting Li / Feiyan Luo / Toshiaki Maruyama / Michael A Meehl / Letzibeth Mendez-Rivera / Andrea Musa / C J Okumura / Benjamin E R Rubin / Aaron K Sato / Meiying Shen / Anirudh Singh / Shuyi Song / Joshua Tan / Jeffrey M Trimarchi / Dhruvkumar P Upadhyay / Yingming Wang / Lei Yu / Tom Z Yuan / Erik Yusko / Bjoern Peters / Georgia Tomaras / Erica Ollmann Saphire /
要旨: The SARS-CoV-2 Omicron variant of concern (VoC) and its sublineages contain 31-36 mutations in spike and escape neutralization by most therapeutic antibodies. In a pseudovirus neutralization assay, ...The SARS-CoV-2 Omicron variant of concern (VoC) and its sublineages contain 31-36 mutations in spike and escape neutralization by most therapeutic antibodies. In a pseudovirus neutralization assay, 66 of the nearly 400 candidate therapeutics in the Coronavirus Immunotherapeutic Consortium (CoVIC) panel neutralize Omicron and multiple Omicron sublineages. Among natural immunoglobulin Gs (IgGs), especially those in the receptor-binding domain (RBD)-2 epitope community, nearly all Omicron neutralizers recognize spike bivalently, with both antigen-binding fragments (Fabs) simultaneously engaging adjacent RBDs on the same spike. Most IgGs that do not neutralize Omicron bind either entirely monovalently or have some (22%-50%) monovalent occupancy. Cleavage of bivalent-binding IgGs to Fabs abolishes neutralization and binding affinity, with disproportionate loss of activity against Omicron pseudovirus and spike. These results suggest that VoC-resistant antibodies overcome mutagenic substitution via avidity. Hence, vaccine strategies targeting future SARS-CoV-2 variants should consider epitope display with spacing and organization identical to trimeric spike.
履歴
登録2022年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2023年8月23日-
現状2023年8月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28090.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28090.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM map of SARS-CoV-2 Spike in complex with CoVIC-040
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 555. Å		1.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 555. Å		1.85 Å/pix.
x 300 pix.
= 555. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.294
最小 - 最大-1.5538586 - 4.0048375
平均 (標準偏差)-0.022114111 (±0.14738941)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 555.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Halfmap A

ファイルemd_28090_half_map_1.map
注釈Halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap B

ファイルemd_28090_half_map_2.map
注釈Halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 D614G HexaPro Spike in complex with CoVIC-040

全体名称: SARS-CoV-2 D614G HexaPro Spike in complex with CoVIC-040
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 D614G HexaPro Spike in complex with CoVIC-040

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超分子 #1: SARS-CoV-2 D614G HexaPro Spike in complex with CoVIC-040

超分子名称: SARS-CoV-2 D614G HexaPro Spike in complex with CoVIC-040
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20897
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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