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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27995 | |||||||||
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タイトル | HMPV F dimer bound to RSV-199 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Human antibody / RSV and MPV fusion protein / complex cryo-EM structure / Biosynthetic protein / viral protein and antiviral protein | |||||||||
生物種 | Human metapneumovirus (ウイルス) / Human metapneumovirus A (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Wen X / Jardetzky TS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023 タイトル: Potent cross-neutralization of respiratory syncytial virus and human metapneumovirus through a structurally conserved antibody recognition mode. 著者: Xiaolin Wen / Naveenchandra Suryadevara / Nurgun Kose / Jing Liu / Xiaoyan Zhan / Laura S Handal / Lauren E Williamson / Andrew Trivette / Robert H Carnahan / Theodore S Jardetzky / James E Crowe / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) infections pose a significant health burden. Using pre-fusion conformation fusion (F) proteins, we isolated a panel of anti-F ...Respiratory syncytial virus (RSV) and human metapneumovirus (hMPV) infections pose a significant health burden. Using pre-fusion conformation fusion (F) proteins, we isolated a panel of anti-F antibodies from a human donor. One antibody (RSV-199) potently cross-neutralized 8 RSV and hMPV strains by recognizing antigenic site III, which is partially conserved in RSV and hMPV F. Next, we determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of RSV-199 bound to RSV F trimers, hMPV F monomers, and an unexpected dimeric form of hMPV F. These structures revealed how RSV-199 engages both RSV and hMPV F proteins through conserved interactions of the antibody heavy-chain variable region and how variability within heavy-chain complementarity-determining region 3 (HCDR3) can be accommodated at the F protein interface in site-III-directed antibodies. Furthermore, RSV-199 offered enhanced protection against RSV A and B strains and hMPV in cotton rats. These findings highlight the mechanisms of broad neutralization and therapeutic potential of RSV-199. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27995.map.gz | 33.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27995-v30.xml emd-27995.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27995.png | 39.5 KB | ||
その他 | emd_27995_additional_1.map.gz emd_27995_half_map_1.map.gz emd_27995_half_map_2.map.gz | 117.9 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27995 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27995 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27995_validation.pdf.gz | 728.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27995_full_validation.pdf.gz | 727.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27995_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27995_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27995 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27995 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27995.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_27995_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27995_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27995_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab
全体 | 名称: MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab
超分子 | 名称: MPV fusion protein complex with RSV-199 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human metapneumovirus (ウイルス) |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human metapneumovirus A (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 47.513301 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCADGPSLIK TELDLTKSAL RELRTVSADQ LAREEQIENP RRRRFVLGA IALGVCTAAA VTAGVAIAKT IRLESEVTAI KNALKKTNEA VSTLGNGVRV LATAVRELKD FVSKNLTRAI N KNKCDIPD ...文字列: LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCADGPSLIK TELDLTKSAL RELRTVSADQ LAREEQIENP RRRRFVLGA IALGVCTAAA VTAGVAIAKT IRLESEVTAI KNALKKTNEA VSTLGNGVRV LATAVRELKD FVSKNLTRAI N KNKCDIPD LKMAVSFSQF NRRFLNVVRQ FSDNAGITPA ISLDLMTDAE LARAVSNMPT SAGQIKLMLE NRAMVRRKGF GI LIGVYGS SVIYMVQLPI FGVIDTPCWI VKAAPSCSEK KGNYACLLRE DQGWYCQNAG STVYYPNEKD CETRGDHVFC DTA CGINVA EQSKECNINI STTNYPCKVS TGRHPISMVA LSPLGALVAC YKGVSCSIGS NRVGIIKQLN KGCSYITNQD ADTV TIDNT VYQLSKVEGE QHVIKGRPVS SSFDPVKFPE |
-分子 #2: RSV-199 light chain protein
分子 | 名称: RSV-199 light chain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.819264 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QAVVTQPPSV SGAPGQRVII SCTGSGSNLG ADYGVHWYQQ LPGTAPKLLI YGDRNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDRSLNW VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV N AGVETTKP ...文字列: QAVVTQPPSV SGAPGQRVII SCTGSGSNLG ADYGVHWYQQ LPGTAPKLLI YGDRNRPSGV PDRFSGSKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDRSLNW VFGGGTKLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV N AGVETTKP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHKSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPAECS |
-分子 #3: RSV-199 heavy chain protein
分子 | 名称: RSV-199 heavy chain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.022906 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG VVKPGGSLRV SCVVSGFTFS SYRMHWVRQA PGKGLEWVSS ITASSSYINY AESVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTAVYYCARD ENTGISHYWF DPWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列: QVQLVESGGG VVKPGGSLRV SCVVSGFTFS SYRMHWVRQA PGKGLEWVSS ITASSSYINY AESVKGRFTI SRDNAKNSLY LQMNSLRAE DTAVYYCARD ENTGISHYWF DPWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSC |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 40.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.451 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |