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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 1. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities | |||||||||
![]() | Final cryosparc unsharpened map | |||||||||
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![]() | Helicase / ATPase / REPLICATION / TRANSFERASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() MCM complex / DNA duplex unwinding / helicase activity / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.34 Å | |||||||||
![]() | Meagher M / Myasnikov A / Enemark EJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Two Distinct Modes of DNA Binding by an MCM Helicase Enable DNA Translocation. 著者: Martin Meagher / Alexander Myasnikov / Eric J Enemark / ![]() 要旨: A six-subunit ATPase ring forms the central hub of the replication forks in all domains of life. This ring performs a helicase function to separate the two complementary DNA strands to be replicated ...A six-subunit ATPase ring forms the central hub of the replication forks in all domains of life. This ring performs a helicase function to separate the two complementary DNA strands to be replicated and drives the replication machinery along the DNA. Disruption of this helicase/ATPase ring is associated with genetic instability and diseases such as cancer. The helicase/ATPase rings of eukaryotes and archaea consist of six minichromosome maintenance (MCM) proteins. Prior structural studies have shown that MCM rings bind one encircled strand of DNA in a spiral staircase, suggesting that the ring pulls this strand of DNA through its central pore in a hand-over-hand mechanism where the subunit at the bottom of the staircase dissociates from DNA and re-binds DNA one step above the staircase. With high-resolution cryo-EM, we show that the MCM ring of the archaeal organism binds an encircled DNA strand in two different modes with different numbers of subunits engaged to DNA, illustrating a plausible mechanism for the alternating steps of DNA dissociation and re-association that occur during DNA translocation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 31.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.1 KB 23.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 147.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 59.7 MB 59.1 MB 59.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 778.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 777.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ealMC ![]() 8eafC ![]() 8eagC ![]() 8eahC ![]() 8eaiC ![]() 8eajC ![]() 8eakC ![]() 8eamC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Final cryosparc unsharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: final cryosparc sharpened map
ファイル | emd_27980_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | final cryosparc sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map B
ファイル | emd_27980_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half-map A
ファイル | emd_27980_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half-map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged part...
全体 | 名称: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities. |
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要素 |
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-超分子 #1: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged part...
超分子 | 名称: SsoMCM hexamer bound to Mg/ADP-BeFx and DNA. Class 2. Merged particles from datasets with 3 different DNA entities. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Minichromosome maintenance protein MCM
分子 | 名称: Minichromosome maintenance protein MCM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 68.641961 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SLEIPSKQID YRDVFIEFLT TFKGNNNQNK YIERINELVA YRKKSLIIEF SDVLSFNENL AYEIINNTKI ILPILEGALY DHILQLDPT YQRDIEKVHV RIVGIPRVIE LRKIRSTDIG KLITIDGILV KVTPVKERIY KATYKHIHPD CMQEFEWPED E EMPEVLEM ...文字列: SLEIPSKQID YRDVFIEFLT TFKGNNNQNK YIERINELVA YRKKSLIIEF SDVLSFNENL AYEIINNTKI ILPILEGALY DHILQLDPT YQRDIEKVHV RIVGIPRVIE LRKIRSTDIG KLITIDGILV KVTPVKERIY KATYKHIHPD CMQEFEWPED E EMPEVLEM PTICPKCGKP GQFRLIPEKT KLIDWQKAVI QERPEEVPSG QLPRQLEIIL EDDLVDSARP GDRVKVTGIL DI KQDSPVK RGSRAVFDIY MKVSSIEVSG GSGGSSEEDE KKIKDLAKDP WIRDRIISSI APSIYGHWEL KEALALALFG GVP KVLEDT RIRGDIHILI IGDPGTAKSQ MLQFISRVAP RAVYTTGKGS TAAGLTAAVV REKGTGEYYL EAGALVLADG GIAV IDEID KMRDEDRVAI HEAMEQQTVS IAKAGIVAKL NARAAVIAAG NPKFGRYISE RPVSDNINLP PTILSRFDLI FILKD QPGE QDRELANYIL DVHSGKSTKN IIDIDTLRKY IAYARKYVTP KITSEAKNLI TDFFVEMRKK SSETPDSPIL ITPRQL EAL IRISEAYAKM ALKAEVTRED AERAINIMRL FLESVGVDME SGKIDID UniProtKB: Minichromosome maintenance protein MCM |
-分子 #2: DNA
分子 | 名称: DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 3.605356 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-...
分子 | 名称: [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: 08T |
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分子量 | 理論値: 492.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-08T: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 15 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 78.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: B / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | Bond distance and angle restraints for a tetrahedral Zn2+ coordination were applied. Bond distance and angle restraints for a octahedral Mg2+ coordination were applied. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | ![]() PDB-8eal: |