+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27811 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Symmetry expansion of yeast cytoplasmic dynein-1 bound to Lis1 in the chi conformation. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | dynein / motor protein / transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of microtubule plus-end binding / microtubule sliding / microtubule organizing center organization / nuclear migration along microtubule / vesicle transport along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / microtubule plus-end binding / cytoplasmic dynein complex / retrograde axonal transport ...positive regulation of microtubule plus-end binding / microtubule sliding / microtubule organizing center organization / nuclear migration along microtubule / vesicle transport along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / microtubule plus-end binding / cytoplasmic dynein complex / retrograde axonal transport / nuclear migration / microtubule associated complex / dynein intermediate chain binding / dynein complex binding / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cytoplasmic microtubule organization / mitotic spindle organization / kinetochore / spindle pole / nuclear envelope / cell cortex / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Reimer JM / Lahiri I / Leschziner AE | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Lis1 relieves cytoplasmic dynein-1 autoinhibition by acting as a molecular wedge. 著者: Eva P Karasmanis / Janice M Reimer / Agnieszka A Kendrick / Kendrick H V Nguyen / Jennifer A Rodriguez / Joey B Truong / Indrajit Lahiri / Samara L Reck-Peterson / Andres E Leschziner / 要旨: Cytoplasmic dynein-1 transports intracellular cargo towards microtubule minus ends. Dynein is autoinhibited and undergoes conformational changes to form an active complex that consists of one or two ...Cytoplasmic dynein-1 transports intracellular cargo towards microtubule minus ends. Dynein is autoinhibited and undergoes conformational changes to form an active complex that consists of one or two dynein dimers, the dynactin complex, and activating adapter(s). The Lissencephaly 1 gene, LIS1, is genetically linked to the dynein pathway from fungi to mammals and is mutated in people with the neurodevelopmental disease lissencephaly. Lis1 is required for active dynein complexes to form, but how it enables this is unclear. Here, we present a structure of two yeast dynein motor domains with two Lis1 dimers wedged in-between. The contact sites between dynein and Lis1 in this structure, termed 'Chi,' are required for Lis1's regulation of dynein in Saccharomyces cerevisiae in vivo and the formation of active human dynein-dynactin-activating adapter complexes in vitro. We propose that this structure represents an intermediate in dynein's activation pathway, revealing how Lis1 relieves dynein's autoinhibited state. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27811.map.gz | 157.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-27811-v30.xml emd-27811.xml | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27811_fsc.xml | 11.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27811.png | 91.4 KB | ||
その他 | emd_27811_half_map_1.map.gz emd_27811_half_map_2.map.gz | 154.5 MB 154.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27811 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27811 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27811_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_27811_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27811_validation.xml.gz | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27811_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27811 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27811 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8e00MC 8dzzC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27811.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.31 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27811_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27811_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : cytoplasmic dynein(E2448Q) bound to Lis1 in chi conformation
全体 | 名称: cytoplasmic dynein(E2448Q) bound to Lis1 in chi conformation |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: cytoplasmic dynein(E2448Q) bound to Lis1 in chi conformation
超分子 | 名称: cytoplasmic dynein(E2448Q) bound to Lis1 in chi conformation タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Dynein heavy chain, cytoplasmic
分子 | 名称: Dynein heavy chain, cytoplasmic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 100% identical to UniParc UPI0005D9E17C / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 331.524 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: GDQLTHVVEE VKTYDLVWRS IKNLWEDVQR TFETPWCRVD VLLLQSDLAN FLRRADELPR AVKQFEMYKS LFSQVNMLTS VNKILVELK DGALKPRHWN MIFRDIGKRQ IQKNLLDKLE FSLKDVMVLN LTLNEILLTK IIERAQKEFV IEKSLNRIKK F WKEAQYEV ...文字列: GDQLTHVVEE VKTYDLVWRS IKNLWEDVQR TFETPWCRVD VLLLQSDLAN FLRRADELPR AVKQFEMYKS LFSQVNMLTS VNKILVELK DGALKPRHWN MIFRDIGKRQ IQKNLLDKLE FSLKDVMVLN LTLNEILLTK IIERAQKEFV IEKSLNRIKK F WKEAQYEV IEHSSGLKLV REWDVLEQAC KEDLEELVSM KASNYYKIFE QDCLDLESKL TKLSEIQVNW VEVQFYWLDL YG ILGENLD IQNFLPLETS KFKSLTSEYK MITTRAFQLD TTIEVIHIPN FDTTLKLTID SLKMIKSSLS TFLERQRRQF PRF YFLGND DLLKIIGSGK HHDQVSKFMK KMFGSIESII FFEDSITGVR SVEGEVLNLN EKIELKDSIQ AQEWLNILDT EIKL SVFTQ FRDCLGQLKD GTDIEVVVSK YIFQAILLSA QVMWTELVEK CLQTNEFSKY WKEVDMKIKG LLDKLNKSSD NVKKK IEAL LVEYLHFNNV IGQLKNCSTK EEARLLWAKV QKFYQKNDTL DDLNSVFISQ SGYLLQYKFE YIGIPERLIY TPLLLV GFA TLTDSLHQKY GGCFFGPAGT GKTETVKAFG QNLGRVVVVF NCDDSFDYQV LSRLLVGITQ IGAWGCFDEF NRLDEKV LS AVSANIQQIQ NGLQVGKSHI TLLEEETPLS PHTAVFITLN PGYNGRSELP ENLKKSFREF SMKSPQSGTI AEMILQIM G FEDSKSLASK IVHFLELLSS KCSSMNHYHF GLRTLKGVLR NCSPLVSEFG EGEKTVVESL KRVILPSLGD TDELVFKDE LSKIFDSAGT PLNSKAIVQC LKDAGQRSGF SMSEEFLKKC MQFYYMQKTQ QALILVGKAG CGKTATWKTV IDAMAIFDGH ANVVYVIDT KVLTKESLYG SMLKATLEWR DGLFTSILRR VNDDITGTFK NSRIWVVFDS DLDPEYVEAM NSVLDDNKIL T LPNGERLP IPPNFRILFE TDNLDHTTPA TITRCGLLWF STDVCSISSK IDHLLNKSYE ALDNKLSMFE LDKLKDLISD SF DMASLTN IFTCSNDLVH ILGVRTFNKL ETAVQLAVHL ISSYRQWFQN LDDKSLKDVI TLLIKRSLLY ALAGDSTGES QRA FIQTIN TYFGHDSQEL SDYSTIVIAN DKLSFSSFCS EIPSVSLEAH EVMRPDIVIP TIDTIKHEKI FYDLLNSKRG IILC GPPGS GKTMIMNNAL RNSSLYDVVG INFSKDTTTE HILSALHRHT NYVTTSKGLT LLPKSDIKNL VLFCDQINLP KLDKY GSQN VVLFLRQLME KQGFWKTPEN KWVTIERIHI VGACNPPTDP GRIPMSERFT RHAAILYLGY PSGKSLSQIY EIYYKA IFK LVPEFRSYTE PFARASVHLY NECKARYSTG LQSHYLFSPR ELTRLVRGVY TAINTGPRQT LRSLIRLWAY EAWRIFA DR LVGVKEKNSF EQLLYETVDK YLPNQDLGNI SSTSLLFSGL LSLDFKEVNK TDLVNFIEER FKTFCDEELE VPMVIHES M VDHILRIDRA LKQVQGHMML IGASRTGKTI LTRFVAWLNG LKIVQPKIHR HSNLSDFDMI LKKAISDCSL KESRTCLII DESNILETAF LERMNTLLAN ADIPDLFQGE EYDKLLNNLR NKTRSLGLLL DTEQELYDWF VGEIAKNLHV VFTICDPTNN KSSAMISSP ALFNRCIINW MGDWDTKTMS QVANNMVDVV PMEFTDFIVP EVNKELVFTE PIQTIRDAVV NILIHFDRNF Y QKMKVGVN PRSPGYFIDG LRALVKLVTA KYQDLQENQR FVNVGLEKLN ESVLKVNELN KTLSKKSTEL TEKEKEARST LD KMLMEQN ESERKQEATE EIKKILKVQE EDIRKRKEVV MKSIQDIEPT ILEAQRGVKN IKKQQLTEIR SMVNPPSGVK IVM EAVCAI LGYQFSNWRD IQQFIRKDDF IHNIVHYDTT LHMKPQIRKY MEEEFLSDPN FTYETINRAS KACGPLYQWV NAQI NFSKV LENVDPLRQE MKRIEFESLK TKANLLAAEE MTQDLEASIE VSKQKYSLLI RDVEAIKTEM SNVQANLDRS ISLVK SLTF EKERWLNTTK QFSKTSQELI GNCIISSIYE TYFGHLNERE RGDMLVILKR LLGKFAVKYD VNYRFIDYLV TLDEKM KWL ECGLDKNDYF LENMSIVMNS QDAVPFLLDP SSHMITVISN YYGNKTVLLS FLEEGFVKRL ENAVRFGSVV IIQDGEF FD PIISRLISRE FNHAGNRVTV EIGDHEVDVS GDFKLFIHSC DPSGDIPIFL RSRVRLVHFV TNKESIETRI FDITLTEE N AEMQRKREDL IKLNTEYRLK LKNLEKRLLE ELNNSQGNML ENDELMVTLN NLKKEAMNIE KKLSESEEFF PQFDNLVEE YSIIGKHSVK IFSMLEKFGQ FHWFYGISIG QFLSCFKRVF IKKSRETRAA RTRVDEILWL LYQEVYCQFS TALDKKFKMI MAMTMFCLY KFDIESEQYK EAVLTMIGVL SESSDGVPKL TVDTNDDLRY LWDYVTTKSY ISALNWFKNE FFVDEWNIAD V VANSENNY FTMASERDVD GTFKLIELAK ASKESLKIIP LGSIENLNYA QEEISKSKIE GGWILLQNIQ MSLSWVKTYL HK HVEETKA AEEHEKFKMF MTCHLTGDKL PAPLLQRTDR VVYEDIPGIL DTVKDLWGSQ FFTGKISGVW SVYCTFLLSW FHA LITART RLVPHGFSKK YYFNDCDFQF ASVYLENVLA TNSTNNIPWA QVRDHIATIV YGGKIDEEKD LEVVAKLCAH VFCG SDNLQ IVPGVRIPQP LLQQSEEEER ARLTAILSNT IEPADSLSSW LQLPRESILD YERLQAKEVA SSTEQLLQEM UniProtKB: Dynein heavy chain, cytoplasmic |
-分子 #2: Nuclear distribution protein PAC1
分子 | 名称: Nuclear distribution protein PAC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 57.030617 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: GMTNWQQQLP LTDTQKNELD KSVLRYLNWN YKQTVRHEHA QDYESVRHAI VTLSGFLLQE SVDRQEFISN NDTSNESMVD IDELLLPKK WNSIVRLQKK IIELEQNTET LVSQIKDLNT QVSELAQFKP TTSNGTSAHN VLKWIPRNLP SCLINVESSV T SVKLHPNL ...文字列: GMTNWQQQLP LTDTQKNELD KSVLRYLNWN YKQTVRHEHA QDYESVRHAI VTLSGFLLQE SVDRQEFISN NDTSNESMVD IDELLLPKK WNSIVRLQKK IIELEQNTET LVSQIKDLNT QVSELAQFKP TTSNGTSAHN VLKWIPRNLP SCLINVESSV T SVKLHPNL PIVFVATDHG KLYAFDLFNY TIPLASLQSH TKAITSMDVL FTNYTNSSKK NYLVIVTASK DLQIHVFKWV SE ECKFQQI RSLLGHEHIV SAVKIWQKNN DVHIASCSRD QTVKIWDFHN GWSLKTFQPH SQWVRSIDVL GDYIISGSHD TTL RLTHWP SGNGLSVGTG HEFPIEKVKF IHFIEDSPEI RFRTPSTDRY KNWGMQYCVS ASRDRTIKIW EIPLPTLMAH RAPI PNPTD SNFRCVLTLK GHLSWVRDIS IRGQYLFSCA DDKSVRCWDL NTGQCLHVWE KLHTGFVNCL DLDVDFDSNV TPRQM MVTG GLDCKSNVFM R UniProtKB: Nuclear distribution protein PAC1 |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ATP |
---|---|
分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ADP |
---|---|
分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | streptavidin affinity grids were used |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 58.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |