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- EMDB-27644: Local refinement of SARS-CoV-2 vaccine induced antibody Ab026500 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27644
タイトルLocal refinement of SARS-CoV-2 vaccine induced antibody Ab026500 bound to SARS-CoV-2 HexaPro RBD Spike ectodomain
マップデータSharp map from homogeneous C1 refinement in cryosparc
試料
  • 複合体: Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike S1 local refinement
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: DH1338 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1338 Fab Light Chain
キーワードSARS-CoV-2 / VIRAL PROTEIN / Antibody / Fab / RBD / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Stalls V / May AJ / Acharya P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI165947 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Local refinement of SARS-CoV-2 vaccine induced antibody Ab026500 bound to SARS-CoV-2 HexaPro RBD Spike ectodomain
著者: Stalls V / Acharya P / May AJ / Malewana D
履歴
登録2022年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27644.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27644.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharp map from homogeneous C1 refinement in cryosparc
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.76
最小 - 最大-7.304406 - 15.7961645
平均 (標準偏差)-0.016831916 (±0.10738336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half A map from homogeneous C1 refinement in cryosparc

ファイルemd_27644_half_map_1.map
注釈Half A map from homogeneous C1 refinement in cryosparc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half B map from homogeneous C1 refinement in cryosparc

ファイルemd_27644_half_map_2.map
注釈Half B map from homogeneous C1 refinement in cryosparc
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike S1 local refinement

全体名称: Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike S1 local refinement
要素
  • 複合体: Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike S1 local refinement
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • タンパク質・ペプチド: DH1338 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: DH1338 Fab Light Chain

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超分子 #1: Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike S1 local refinement

超分子名称: Ab026500 Fab bound to SARS-CoV-2 HexaPro Spike S1 local refinement
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 557 KDa

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 23.059967 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IVRFPNITNL CPFGEVFNAT RFASVYAWNR KRISNCVADY SVLYNSASFS TFKCYGVSPT KLNDLCFTNV YADSFVIRGD EVRQIAPGQ TGKIADYNYK LPDDFTGCVI AWNSNNLDSK VGGNYNYLYR LFRKSNLKPF ERDISTEIYQ AGSTPCNGVE G FNCYFPLQ ...文字列:
IVRFPNITNL CPFGEVFNAT RFASVYAWNR KRISNCVADY SVLYNSASFS TFKCYGVSPT KLNDLCFTNV YADSFVIRGD EVRQIAPGQ TGKIADYNYK LPDDFTGCVI AWNSNNLDSK VGGNYNYLYR LFRKSNLKPF ERDISTEIYQ AGSTPCNGVE G FNCYFPLQ SYGFQPTNGV GYQPYRVVVL SFELLHAPAT VCGPKKS

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: DH1338 Fab Heavy Chain

分子名称: DH1338 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 13.910356 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QLQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSIS RKNWSWIRQP PGKGLGWIGR ISGSGGSTDY NPSLKSRVTI STDTSKNQFS LKLSSVTAA DTAVYYCARV AYYEDDYGYY YTEGAFDFWG QGLRVTVSS

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分子 #3: DH1338 Fab Light Chain

分子名称: DH1338 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 11.86408 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVMTQSPAT LSLSPGERAT LSCRTSQSVS SYVAWYQQKP EQTPRLLIYD ASSRATGIPD RFSGGGSGTD FTLTISSLEP EDFAVYYCQ QYSNWPWTFG QGTKVEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP
詳細Fab to spike 6:1 ratio.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7866 / 平均電子線量: 59.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: Coot, ISOLDE, PHENIX) / 使用した粒子像数: 1103016
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

7ld1

,

3q6g

)
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8dpz:
Local refinement of SARS-CoV-2 vaccine induced antibody DH1338 bound to SARS-CoV-2 HexaPro RBD Spike ectodomain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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