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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27621 | |||||||||
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タイトル | Vaccine Elicited Antibody DH1285 Fab bound to CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 Trimer, 3-Fab-bound configuration | |||||||||
マップデータ | Sharp map from homogeneous C3 refinement in cryosparc with z-flip | |||||||||
試料 |
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キーワード | Antibody / IgG / HIV-1 / CD4 binding site / gp120 / Env / Fab / DH1285 / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Stalls V / Achyara P | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Rhesus macaque vaccine elicited antibody DH1285 bound to HIV-1 Env trimer 著者: Stalls V / Acharya P | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27621.map.gz | 117.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27621-v30.xml emd-27621.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27621.png | 27 KB | ||
その他 | emd_27621_half_map_1.map.gz emd_27621_half_map_2.map.gz | 114.9 MB 114.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27621 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27621 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27621_validation.pdf.gz | 685.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27621_full_validation.pdf.gz | 685.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27621_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27621_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27621 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27621 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharp map from homogeneous C3 refinement in cryosparc with z-flip | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half A map from homogeneous C3 refinement in cryosparc
ファイル | emd_27621_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half A map from homogeneous C3 refinement in cryosparc | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half B map from homogeneous C3 refinement in cryosparc
ファイル | emd_27621_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half B map from homogeneous C3 refinement in cryosparc | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Vaccine Elicited Antibody DH1285 Fab bound to CH505TFchim.6R.SOSI...
全体 | 名称: Vaccine Elicited Antibody DH1285 Fab bound to CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 Trimer, 3-Fab-bound configuration |
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要素 |
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-超分子 #1: Vaccine Elicited Antibody DH1285 Fab bound to CH505TFchim.6R.SOSI...
超分子 | 名称: Vaccine Elicited Antibody DH1285 Fab bound to CH505TFchim.6R.SOSIP.664.v4.1 Trimer, 3-Fab-bound configuration タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 353 KDa |
-分子 #1: CH505TFchim.6R.SOSIP.664.V4.1 Env Trimer
分子 | 名称: CH505TFchim.6R.SOSIP.664.V4.1 Env Trimer / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
配列 | 文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK EAKTTLFCAS DAKAYEKKVH NVWATHACVP TDPNPQEMVL KNVTENFNMW KNDMVDQMHE DVISLWDQSL KPCVKLTPLC VTLNCTNATA SNSSIIEGMK NCSFNITTEL RDKREKKNAL FYKLDIVQLD ...文字列: MPMGSLQPLA TLYLLGMLVA SVLAAENLWV TVYYGVPVWK EAKTTLFCAS DAKAYEKKVH NVWATHACVP TDPNPQEMVL KNVTENFNMW KNDMVDQMHE DVISLWDQSL KPCVKLTPLC VTLNCTNATA SNSSIIEGMK NCSFNITTEL RDKREKKNAL FYKLDIVQLD GNSSQYRLIN CNTSVITQAC PKVSFDPIPI HYCAPAGYAI LKCNNKTFTG TGPCNNVSTV QCTHGIKPVV STQLLLNGSL AEGEIIIRSE NITNNVKTII VHLNESVKIE CTRPNNKTRT SIRIGPGQWF YATGQVIGDI REAYCNINES KWNETLQRVS KKLKEYFPHK NITFQPSSGG DLEITTHSFN CGGEFFYCNT SSLFNRTYMA NSTDMANSTE TNSTRTITIH CRIKQIINMW QEVGRAMYAP PIAGNITCIS NITGLLLTRD GGKNNTETFR PGGGNMKDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT RCKRRVVGRR RRRRAVGIGA VFLGFLGAAG STMGAASMTL TVQARNLLSG IVQQQSNLLR APEAQQHLLK LTVWGIKQLQ ARVLAVERYL RDQQLLGIWG CSGKLICCTN VPWNSSWSNR NLSEIWDNMT WLQWDKEISN YTQIIYGLLE ESQNQQEKNE QDLLALD |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #2: DH1285 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: DH1285 Fab Heavy Chain / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
配列 | 文字列: MGWSCIILFL VATATGVHAQ VHLEQSGAEV KEPGSSVRLS CEASGYTFTD YYIHWVRQSP RQGLEWMGWI NPYYGNTHYA EKFQGRVAMT RDRSTTTAYM DLSSLTSEDT AVYYCARDEG GSGSYSYFDS WGQGVLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSRSTS ESTAALGCLV ...文字列: MGWSCIILFL VATATGVHAQ VHLEQSGAEV KEPGSSVRLS CEASGYTFTD YYIHWVRQSP RQGLEWMGWI NPYYGNTHYA EKFQGRVAMT RDRSTTTAYM DLSSLTSEDT AVYYCARDEG GSGSYSYFDS WGQGVLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSRSTS ESTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGSLTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYVCNVNHKP SNTKVDKRVE IKT |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #3: DH1285 Fab Light Chain
分子 | 名称: DH1285 Fab Light Chain / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
配列 | 文字列: MGWSCIILFL VATATGVHAD IQMTQSPSSL SASVGDTVTI TCRASQDINN HLSWYQQKPG RAPKALIYSA SSLETGVPSR FSGSGSGTDY TLTISSLQPE DFATYYCQHY STSPYTFGRG TKVDIKRAVA APSVFIFPPS EDQVKSGTVS VVCLLNNFYP REASVKWKVD ...文字列: MGWSCIILFL VATATGVHAD IQMTQSPSSL SASVGDTVTI TCRASQDINN HLSWYQQKPG RAPKALIYSA SSLETGVPSR FSGSGSGTDY TLTISSLQPE DFATYYCQHY STSPYTFGRG TKVDIKRAVA APSVFIFPPS EDQVKSGTVS VVCLLNNFYP REASVKWKVD GVLKTGNSQE SVTEQDSKDN TYSLSSTLTL SSTDYQSHNV YACEVTHQGL SSPVTKSFNR GEC |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 59.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.4 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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