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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2762 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of human mitochondrial large ribosomal subunit | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the large subunit of the human mitochondrial ribosome | |||||||||
試料 |
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キーワード | ribosome / translation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ ...rRNA import into mitochondrion / mitochondrial translational elongation / mitochondrial translational termination / microprocessor complex / translation release factor activity, codon nonspecific / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / anatomical structure morphogenesis / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / rescue of stalled ribosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / double-stranded RNA binding / cell junction / small ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / endonuclease activity / cytosolic large ribosomal subunit / mitochondrial inner membrane / cytoplasmic translation / nuclear body / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / translation / cell cycle / protein domain specific binding / nucleotide binding / mRNA binding / apoptotic process / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Brown A / Amunts A / Bai XC / Sugimoto Y / Edwards PC / Murshudov G / Scheres SHW / Ramakrishnan V | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2014 タイトル: Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria. 著者: Alan Brown / Alexey Amunts / Xiao-Chen Bai / Yoichiro Sugimoto / Patricia C Edwards / Garib Murshudov / Sjors H W Scheres / V Ramakrishnan / 要旨: Human mitochondrial ribosomes are highly divergent from all other known ribosomes and are specialized to exclusively translate membrane proteins. They are linked with hereditary mitochondrial ...Human mitochondrial ribosomes are highly divergent from all other known ribosomes and are specialized to exclusively translate membrane proteins. They are linked with hereditary mitochondrial diseases and are often the unintended targets of various clinically useful antibiotics. Using single-particle cryogenic electron microscopy, we have determined the structure of its large subunit to 3.4 angstrom resolution, revealing 48 proteins, 21 of which are specific to mitochondria. The structure unveils an adaptation of the exit tunnel for hydrophobic nascent peptides, extensive remodeling of the central protuberance, including recruitment of mitochondrial valine transfer RNA (tRNA(Val)) to play an integral structural role, and changes in the tRNA binding sites related to the unusual characteristics of mitochondrial tRNAs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2762.map.gz | 15.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2762-v30.xml emd-2762.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_2762_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | EMD_2762_map_image.png | 212.5 KB | ||
マスクデータ | emd_2762_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2762 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2762 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2762_validation.pdf.gz | 429 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2762_full_validation.pdf.gz | 428.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2762_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2762 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2762 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the large subunit of the human mitochondrial ribosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-セグメンテーションマップ: This mask represents the large subunit of the...
注釈 | This mask represents the large subunit of the human mitochondrial ribosome | ||||||||||||
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ファイル | emd_2762_msk_1.map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human mitochondrial ribosome
全体 | 名称: Human mitochondrial ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: Human mitochondrial ribosome
超分子 | 名称: Human mitochondrial ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Multimer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 1.7 MDa |
-超分子 #1: Large subunit of the human mitochondrial ribosome
超分子 | 名称: Large subunit of the human mitochondrial ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: 39S / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: Kidney / 細胞: HEK293 / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Inner mitochondrial membrane |
分子量 | 理論値: 1.7 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.23 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.45 詳細: 20 mM Hepes-KOH pH 7.45, 100 mM KCl, 20 mM MgOAc, 2 mM DTT |
グリッド | 詳細: 30 s on glow-discharged holey carbon grids (Quantifoil R2/2), onto which a home-made continuous carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 手法: Blot 2.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 59,000 times magnification |
日付 | 2014年4月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1521 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |