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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27562 | |||||||||
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タイトル | Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1, low resolution reconstruction including the six helix bundle | |||||||||
マップデータ | Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1, low resolution reconstruction including the six helix bundle | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nipah / Nipah virus / NiV / fusion / F / antibody / neutralizing / conserved epitope / neutralizing antibody / six helix bundle / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Nipah henipavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Byrne PO / Blade EG / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1 著者: Byrne PO / Blade EG / McLellan JS | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27562.map.gz | 684 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27562-v30.xml emd-27562.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27562_fsc.xml | 20.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27562.png | 51.8 KB | ||
マスクデータ | emd_27562_msk_1.map | 729 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_27562_additional_1.map.gz emd_27562_half_map_1.map.gz emd_27562_half_map_2.map.gz | 362.8 MB 676.2 MB 676.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27562 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27562_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27562_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27562_validation.xml.gz | 28.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27562_validation.cif.gz | 37.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27562 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27562 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27562.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1, low resolution reconstruction including the six helix bundle | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27562_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Additional Map
ファイル | emd_27562_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Additional Map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_27562_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_27562_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1
全体 | 名称: Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1
超分子 | 名称: Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Nipah henipavirus (ウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |