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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27541 | |||||||||
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タイトル | Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1 | |||||||||
マップデータ | Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nipah / Nipah virus / NiV / fusion / F / antibody / neutralizing / conserved epitope / neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Nipah henipavirus (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Byrne PO / Blade EG / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1 著者: Byrne PO / Blade EG / McLellan JS | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27541.map.gz | 285.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27541-v30.xml emd-27541.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27541_fsc.xml | 16.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27541.png | 87.9 KB | ||
マスクデータ | emd_27541_msk_1.map | 343 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_27541_additional_1.map.gz emd_27541_additional_2.map.gz emd_27541_half_map_1.map.gz emd_27541_half_map_2.map.gz | 171.4 MB 323.6 MB 318.7 MB 318.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27541 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27541 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27541_validation.pdf.gz | 809.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27541_full_validation.pdf.gz | 808.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27541_validation.xml.gz | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27541_validation.cif.gz | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27541 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27541 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27541.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_27541_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Additional Map 1
ファイル | emd_27541_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Additional Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Additional Map 2
ファイル | emd_27541_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Additional Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_27541_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_27541_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1
全体 | 名称: Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1
超分子 | 名称: Postfusion Nipah virus fusion protein in complex with Fab 1H1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Nipah henipavirus (ウイルス) |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0,Fusion glycoprotein F1
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0,Fusion glycoprotein F1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Nipah henipavirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 58.45198 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MYSMQLASCV TLTLVLLVNS QGILHYEKLS KIGLVKGVTR KYKIKSNPLT KDIVIKMIPN VSNMSQCTGS VMENYKTRLN GILTPIKGA LEIYKNGGSG VAIGIATAAQ ITAGVALYEA MKNADNINKL KSSIESTNEA VVKLQETAEK TVYVLTALQD Y INTNLVPT ...文字列: MYSMQLASCV TLTLVLLVNS QGILHYEKLS KIGLVKGVTR KYKIKSNPLT KDIVIKMIPN VSNMSQCTGS VMENYKTRLN GILTPIKGA LEIYKNGGSG VAIGIATAAQ ITAGVALYEA MKNADNINKL KSSIESTNEA VVKLQETAEK TVYVLTALQD Y INTNLVPT IDKISCKQTE LSLDLALSKY LSDLLFVFGP NLQDPVSNSM TIQAISQAFG GNYETLLRTL GYATEDFDDL LE SDSITGQ IIYVDLSSYY IIVRVYFPIL TEIQQAYIQE LLPVSFNNDN SEWISIVPNF ILVRNTLISN IEIGFCLITK RSV ICNQDY ATPMTNNMRE CLTGSTEKCP RELVVSSHVP RFALSNGVLF ANCISVTCQC QTTGRAISQS GEQTLLMIDN TTCP TAVLG NVIISLGKYL GSVNYNSEGI AIGPPVFTDK VDISSQISSM NQSLQQSKDY IKEAQRLLDT VNPSLKLMKQ IEDKI EEIL SKIYHIENEI ARIKKLIGEA PGGLVPRGSH HHHHHSAWSH PQFEK UniProtKB: Fusion glycoprotein F0, Fusion glycoprotein F0 |
-分子 #2: antibody 1H1 heavy chain
分子 | 名称: antibody 1H1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 13.256589 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AVQLQQSGAE LMRPGASMKI SCKATGYTFS SYWIDWVKQR PGHGLEWIGE ILPGSGDTNY NENFKGKAAF TADTSSNTAY MQLTSLTSE DSAVFYCARG GRYHGQGFFD YWGQGTTLTV SS |
-分子 #3: antibody 1H1 light chain
分子 | 名称: antibody 1H1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 11.752168 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AIQMTQSPAS LSASVGETVT ITCRPSENVH IYLAWYQQKQ GKSPQLLVYN AKTLADGVPS RFSGSASGTQ FSLKINSLQP EDFGSYYCQ HFWSIPYTFG GGTKLEIK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |