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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27441 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourne/1/1946 (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | NIAID hemagglutinin stalk binding antibody / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourne/1/1946 (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab 著者: Yang M / Edwards TE / Horanyi PS / Lorimer DD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27441.map.gz | 624.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27441-v30.xml emd-27441.xml | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27441_fsc.xml | 19.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27441.png | 56.6 KB | ||
その他 | emd_27441_half_map_1.map.gz emd_27441_half_map_2.map.gz | 614.8 MB 614.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27441 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27441 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27441_validation.pdf.gz | 928.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27441_full_validation.pdf.gz | 928.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27441_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27441_validation.cif.gz | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27441 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27441 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 662.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.675 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27441_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27441_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourne/1/1946 (H1N1) h...
全体 | 名称: CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourne/1/1946 (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourne/1/1946 (H1N1) h...
超分子 | 名称: CryoEM structure of Influenza A virus A/Melbourne/1/1946 (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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分子量 | 理論値: 450 KDa |
-分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Melbourne/1/1946(H1N1) |
分子量 | 理論値: 40.34752 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MVLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAGS DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCRLKGIAP LQLGKCNIAG WILGNPECDS LLPASSWSYI VETPNSKNGI CYPGDFIDYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK E SSWPKHST ...文字列: MVLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFAGS DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCRLKGIAP LQLGKCNIAG WILGNPECDS LLPASSWSYI VETPNSKNGI CYPGDFIDYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK E SSWPKHST TKGVTAACSH AGKSSFYRNL LWLTKKEDSY PKLSNSYVNK KGKEVLVLWG VHHPSSSKEQ QTLYQNENAY VS VVSSNYN RRFIPEIAER PEVKDQAGRI NYYWTLLEPG DTIIFEANGN LVAPWYAFAL SRGFGSGIIT SNASMHECNT KCQ TPQGAI NSSLPFQNIH PVTIGECPKY VKSAKLRMVT GLRNIPSI |
-分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Melbourne/1/1946(H1N1) |
分子量 | 理論値: 23.845508 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMIDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NNLEKRMENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKIQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCDNECM ESVRNGTYDY P KYSKEFLV ...文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMIDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NNLEKRMENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKIQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCDNECM ESVRNGTYDY P KYSKEFLV PRGSPGSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGHHHHH H |
-分子 #3: CR6261 Fab heavy chain
分子 | 名称: CR6261 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.066621 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSE VQLVESGAEV KKPGSSVKVS CKASGGPFRS YAISWVRQAP GQGPEWMGGI IPIFGTTKYA PKFQGRVTI TADDFAGTVY MELSSLRSED TAMYYCAKHM GYQVRETMDV WGKGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL ...文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSE VQLVESGAEV KKPGSSVKVS CKASGGPFRS YAISWVRQAP GQGPEWMGGI IPIFGTTKYA PKFQGRVTI TADDFAGTVY MELSSLRSED TAMYYCAKHM GYQVRETMDV WGKGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EP KSCDKHH HHHH |
-分子 #4: CR6261 Fab light chain
分子 | 名称: CR6261 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.514395 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSQ SVLTQPPSVS AAPGQKVTIS CSGSSSNIGN DYVSWYQQLP GTAPKLLIYD NNKRPSGIPD RFSGSKSGT SATLGITGLQ TGDEANYYCA TWDRRPTAYV VFGGGTKLTV LGAAAGQPKA APSVTLFPPS SEELQANKAT L VCLISDFY ...文字列: MEWSWVFLFF LSVTTGVHSQ SVLTQPPSVS AAPGQKVTIS CSGSSSNIGN DYVSWYQQLP GTAPKLLIYD NNKRPSGIPD RFSGSKSGT SATLGITGLQ TGDEANYYCA TWDRRPTAYV VFGGGTKLTV LGAAAGQPKA APSVTLFPPS SEELQANKAT L VCLISDFY PGAVTVAWKA DSSPVKAGVE TTTPSKQSNN KYAASSYLSL TPEQWKSHRS YSCQVTHEGS TVEKTVAPTE CS |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 61 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: LACEY | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9179 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |