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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27413 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of conjugative pili from Pyrobaculum calidifontis | |||||||||
マップデータ | Conjugative pili from Pyrobaculum calidifontis | |||||||||
試料 |
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キーワード | archaeal conjugative pilus / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | membrane / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pyrobaculum calidifontis (古細菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Beltran LC / Egelman EH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Archaeal DNA-import apparatus is homologous to bacterial conjugation machinery. 著者: Leticia C Beltran / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Jessalyn Miller / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / Jonasz B Patkowski / Tiago R D Costa / Stefan Schouten / Ilya Levental / Vincent P ...著者: Leticia C Beltran / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Jessalyn Miller / Fengbin Wang / Mark A B Kreutzberger / Jonasz B Patkowski / Tiago R D Costa / Stefan Schouten / Ilya Levental / Vincent P Conticello / Edward H Egelman / Mart Krupovic / 要旨: Conjugation is a major mechanism of horizontal gene transfer promoting the spread of antibiotic resistance among human pathogens. It involves establishing a junction between a donor and a recipient ...Conjugation is a major mechanism of horizontal gene transfer promoting the spread of antibiotic resistance among human pathogens. It involves establishing a junction between a donor and a recipient cell via an extracellular appendage known as the mating pilus. In bacteria, the conjugation machinery is encoded by plasmids or transposons and typically mediates the transfer of cognate mobile genetic elements. Much less is known about conjugation in archaea. Here, we determine atomic structures by cryo-electron microscopy of three conjugative pili, two from hyperthermophilic archaea (Aeropyrum pernix and Pyrobaculum calidifontis) and one encoded by the Ti plasmid of the bacterium Agrobacterium tumefaciens, and show that the archaeal pili are homologous to bacterial mating pili. However, the archaeal conjugation machinery, known as Ced, has been 'domesticated', that is, the genes for the conjugation machinery are encoded on the chromosome rather than on mobile genetic elements, and mediates the transfer of cellular DNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27413.map.gz | 6.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27413-v30.xml emd-27413.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27413.png | 76.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27413.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_27413_half_map_1.map.gz emd_27413_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27413 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27413_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27413_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27413_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27413_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27413 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Conjugative pili from Pyrobaculum calidifontis | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Conjugative pili from Pyrobaculum calidifontis
ファイル | emd_27413_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Conjugative pili from Pyrobaculum calidifontis | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Conjugative pili from Pyrobaculum calidifontis
ファイル | emd_27413_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Conjugative pili from Pyrobaculum calidifontis | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : P. calidifontis pilin protein
全体 | 名称: P. calidifontis pilin protein |
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要素 |
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-超分子 #1: P. calidifontis pilin protein
超分子 | 名称: P. calidifontis pilin protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Pyrobaculum calidifontis (古細菌) |
-分子 #1: Pilin protein
分子 | 名称: Pilin protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pyrobaculum calidifontis (古細菌) |
分子量 | 理論値: 11.943107 KDa |
配列 | 文字列: TSVEFWQNIA SGVGKWLRAI FAIAFWSSLI LLTFYAIMTQ VAPSKVFRLG ALVDLIESVK TVLLGIFVFT ASVTGIIAGV AAIANAFGA SFAVSPIDVV NALIFQPIVD MVK UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #2: [(2~{S},7~{S},11~{S},15~{S},19~{R},22~{R},26~{S},30~{R},34~{R},38...
分子 | 名称: [(2~{S},7~{S},11~{S},15~{S},19~{R},22~{R},26~{S},30~{R},34~{R},38~{S},43~{S},47~{S},51~{S},55~{R},58~{R},62~{S},66~{R},70~{R})-38-(hydroxymethyl)- ...名称: [(2~{S},7~{S},11~{S},15~{S},19~{R},22~{R},26~{S},30~{R},34~{R},38~{S},43~{S},47~{S},51~{S},55~{R},58~{R},62~{S},66~{R},70~{R})-38-(hydroxymethyl)-7,11,15,19,22,26,30,34,43,47,51,55,58,62,66,70-hexadecamethyl-1,4,37,40-tetraoxacyclodoheptacont-2-yl]methanol タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 20 / 式: TT0 |
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分子量 | 理論値: 1.302282 KDa |
Chemical component information | ChemComp-TT0: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate |
グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot for 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.001 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 74.206 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 71981 |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |