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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27262 | |||||||||
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タイトル | gRAMP-TPR-CHAT match PFS target RNA(Craspase) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CRISPR / GRAMP / RNA BINDING PROTEIN / Craspase / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | CHAT domain / CHAT domain / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / RNA binding / RAMP superfamily protein / CHAT domain protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Hu C / Nam KH / Schuler G / Ke A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Craspase is a CRISPR RNA-guided, RNA-activated protease. 著者: Chunyi Hu / Sam P B van Beljouw / Ki Hyun Nam / Gabriel Schuler / Fran Ding / Yanru Cui / Alicia Rodríguez-Molina / Anna C Haagsma / Menno Valk / Martin Pabst / Stan J J Brouns / Ailong Ke / 要旨: The CRISPR-Cas type III-E RNA-targeting effector complex gRAMP/Cas7-11 is associated with a caspase-like protein (TPR-CHAT/Csx29) to form Craspase (CRISPR-guided caspase). Here, we use cryo-electron ...The CRISPR-Cas type III-E RNA-targeting effector complex gRAMP/Cas7-11 is associated with a caspase-like protein (TPR-CHAT/Csx29) to form Craspase (CRISPR-guided caspase). Here, we use cryo-electron microscopy snapshots of Craspase to explain its target RNA cleavage and protease activation mechanisms. Target-guide pairing extending into the 5' region of the guide RNA displaces a gating loop in gRAMP, which triggers an extensive conformational relay that allosterically aligns the protease catalytic dyad and opens an amino acid side-chain-binding pocket. We further define Csx30 as the endogenous protein substrate that is site-specifically proteolyzed by RNA-activated Craspase. This protease activity is switched off by target RNA cleavage by gRAMP and is not activated by RNA targets containing a matching protospacer flanking sequence. We thus conclude that Craspase is a target RNA-activated protease with self-regulatory capacity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27262.map.gz | 48.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27262-v30.xml emd-27262.xml | 20.8 KB 20.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_27262.png | 118.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-27262.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_27262_additional_1.map.gz emd_27262_half_map_1.map.gz emd_27262_half_map_2.map.gz | 37.1 MB 77.7 MB 77.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27262 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27262 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27262_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27262_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27262_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27262_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27262 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27262 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8d9hMC 8d8nC 8d97C 8d9eC 8d9fC 8d9gC 8d9iC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27262.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_27262_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27262_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27262_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : gRAMP-TPR-CHAT with match PFS target RNA Craspase
全体 | 名称: gRAMP-TPR-CHAT with match PFS target RNA Craspase |
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要素 |
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-超分子 #1: gRAMP-TPR-CHAT with match PFS target RNA Craspase
超分子 | 名称: gRAMP-TPR-CHAT with match PFS target RNA Craspase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) |
-分子 #1: RAMP superfamily protein
分子 | 名称: RAMP superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 145.301531 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNITVELTFF EPYRLVEWFD WDARKKSHSA MRGQAFAQWT WKGKGRTAGK SFITGTLVRS AVIKAVEELL SLNNGKWEGV PCCNGSFQT DESKGKKPSF LRKRHTLQWQ ANNKNICDKE EACPFCILLG RFDNAGKVHE RNKDYDIHFS NFDLDHKQEK N DLRLVDIA ...文字列: MNITVELTFF EPYRLVEWFD WDARKKSHSA MRGQAFAQWT WKGKGRTAGK SFITGTLVRS AVIKAVEELL SLNNGKWEGV PCCNGSFQT DESKGKKPSF LRKRHTLQWQ ANNKNICDKE EACPFCILLG RFDNAGKVHE RNKDYDIHFS NFDLDHKQEK N DLRLVDIA SGRILNRVDF DTGKAKDYFR TWEADYETYG TYTGRITLRN EHAKKLLLAS LGFVDKLCGA LCRIEVIKDH ND ELRKQAE VIVEAFKQND KLEKIRILAD AIRTLRLHGE GVIEKDELPD GKEERDKGHH LWDIKVQGTA LRTKLKELWQ SNK DIGWRK FTEMLGSNLY LIYKKETGGV STEYYSKAHD SEGSDLFIPV TPPEGIETKE WIIVGRLKAA TPFYFGVQQP SDSI PGKEI NEHTSFNILL DKENRYRIPR SALRGALRRD LRTAFGSGCN VSLGGQILCN CKVCIEMRRI TLKDSVSDFS EPPEI RYRI AKNPGTATVE DGSLFDIEVG PEGLTFPFVL RYRGHKFPEQ LSSVIRYWEE NDGKNGMAWL GGLDSTGKGR FALKDI KIF EWDLNQKINE YIKERGMRGK EKELLEMGES SLPDGLIPYK FFEERECLFP YKENLKPQWS EVQYTIEVGS PLLTADT IS ALTEPGNRDA IAYKKRVYND GNNAIEPEPR FAVKSETHRG IFRTAVGRRT GDLGKEDHED CTCDMCIIFG NEHESSKI R FEDLELINGN EFEKLEKHID HVAIDRFTGG ALDKAKFDTY PLAGSPKKPL KLKGRFWIKK GFSGDHKLLI TTALSDIRD GLYPLGSKGG VGYGWVAGIS IDDNVPDDFK EMINKTNNDY VHPGHQSPKQ DHKNKNIYYP HYFLDSGSKV YREKDIITHE EFTEELLSG KINCKLETLT PLIIPDTSDE NGLKLQGNKP GHKNYKFFNI NGELMIPGSE LRGMLRTHFE ALTKSCFAIF G EDSTLSWA SKTLGGKLDK ALHPCTGLSD GLCPGCHLFG TTDYKGRVKF GFAKYENGPE WLITRGNNPE RSLTLGVLES PR PAFSIPD DESEIPGRKF YLHHNGWRII RQKQLEIRET VQPERNVTTE VMDKGNVFSF DVRFENLREW ELGLLLQSLD PGK NIAHKL GKGKPYGFGS VKIKIDSLHT FKINSNNDKI KRVPQSDIRE YINKGYQKLI EWSGNNSIQK GNVLPQWHVI PHID KLYKL LWVPFLNDSK LEPDVRYPVL NEESKGYIEG SDYTYKKLGD KDNLPYKTRV KGLTTPWSPW NPFQV UniProtKB: RAMP superfamily protein, RAMP superfamily protein |
-分子 #4: CHAT domain protein
分子 | 名称: CHAT domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 76.802992 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: TREDIDRKEA ERLLDEAFNP RTKPVDRKKI INSALKILIG LYKEKKDDLT SASFISIARA YYLVSITILP KGTTIPEKKK EALRKGIEF IDRAINKFNG SILDSQRAFR IKSVLSIEFN RIDREKCDNI KLKNLLNEAV DKGCTDFDTY EWDIQIAIRL C ELGVDMEG ...文字列: TREDIDRKEA ERLLDEAFNP RTKPVDRKKI INSALKILIG LYKEKKDDLT SASFISIARA YYLVSITILP KGTTIPEKKK EALRKGIEF IDRAINKFNG SILDSQRAFR IKSVLSIEFN RIDREKCDNI KLKNLLNEAV DKGCTDFDTY EWDIQIAIRL C ELGVDMEG HFDNLIKSNK ANDLQKAKAY YFIKKDDHKA KEHMDKCTAS LKYTPCSHRL WDETVGFIER LKGDSSTLWR DF AIKTYRS CRVQEKETGT LRLRWYWSRH RVLYDMAFLA VKEQADVNVK QAKIKKLAEI SDSLKSRFSL RLSDMEKMPK SDD ESNHEF KKFLDKCVTA YQDGYVIKLL ELTQVPEGWV VVHFYLNKLE GMGNAIVFDK CANSWQYKEF QYKELFEVFL TWQA NYNLY KENAAEHLVT LCKKIGETMP FLFCDNFIPN GKDVLFVPHD FLHRLPLHGS IENKTNGKLF LENHSCCYLP AWSFA SEKE ASTSDEYVLL KNFDQGHFET LQNNQIWGTQ SVKDGASSDD LENIRNNPRL LTILCHGEAN MSNPFRSMLK LANGGI TYL EILNSVKGLK GSQVILGACE TDLVPPLSHY SVATALLLIG AAGVVGTMWK VRSNKTKSLI EWKLENIEYK LNEWQKE TG GAAYKDHPPT FYRSIAFRSI GFPL UniProtKB: CHAT domain protein |
-分子 #2: RNA (36-MER)
分子 | 名称: RNA (36-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 11.423787 KDa |
配列 | 文字列: GACUUAAUGU CACGGUACCC AAUUUUCUGC CCCGGA |
-分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP...
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*UP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*GP*U)-3') タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 6.502928 KDa |
配列 | 文字列: UCCGGGGCAG AAAAUUGGGU |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #6: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126021 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |