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万見
- EMDB-27221: Cryo-EM map of human LIF signaling complex with full extracellula... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27221
タイトルCryo-EM map of human LIF signaling complex with full extracellular domains
マップデータLIF complex main map
試料
  • 複合体: Human LIF in complex with gp130 and LIFR
    • タンパク質・ペプチド: Leukemia inhibitory factor
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Leukemia inhibitory factor receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードcytokine signaling / LIF / gp130 / LIFR / CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


leukemia inhibitory factor receptor binding / spongiotrophoblast differentiation / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / interleukin-27 receptor activity / muscle organ morphogenesis / ciliary neurotrophic factor receptor activity / negative regulation of meiotic nuclear division ...leukemia inhibitory factor receptor binding / spongiotrophoblast differentiation / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / interleukin-27 receptor activity / muscle organ morphogenesis / ciliary neurotrophic factor receptor activity / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / oncostatin-M receptor complex / ciliary neurotrophic factor receptor binding / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / lung lobe morphogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / trophoblast giant cell differentiation / negative regulation of hormone secretion / cell surface receptor signaling pathway via STAT / lung vasculature development / interleukin-11-mediated signaling pathway / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of adaptive immune response / positive regulation of acute inflammatory response / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / intestinal epithelial cell development / positive regulation of platelet aggregation / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-35 Signalling / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / cytokine receptor activity / lung alveolus development / glycogen metabolic process / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / regulation of cell differentiation / protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / MAPK3 (ERK1) activation / cytokine binding / growth factor binding / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / somatic stem cell population maintenance / macrophage differentiation / decidualization / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / blood vessel remodeling / neuron development / positive regulation of osteoblast differentiation / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / embryo implantation / response to cytokine / cytokine activity / stem cell differentiation / growth factor activity / cell morphogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / gene expression / scaffold protein binding / fibroblast proliferation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / response to hypoxia / immune response / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, N-terminal / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family ...Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, N-terminal / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukemia inhibitory factor / Interleukin-6 receptor subunit beta / Leukemia inhibitory factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Zhou Y / Franklin MC
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the assembly of gp130 family cytokine signaling complexes.
著者: Yi Zhou / Panayiotis E Stevis / Jing Cao / Kei Saotome / Jiaxi Wu / Arielle Glatman Zaretsky / Sokol Haxhinasto / George D Yancopoulos / Andrew J Murphy / Mark W Sleeman / William C Olson / Matthew C Franklin /
要旨: The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. ...The interleukin-6 (IL-6) family cytokines signal through gp130 receptor homodimerization or heterodimerization with a second signaling receptor and play crucial roles in various cellular processes. We determined cryo-electron microscopy structures of five signaling complexes of this family, containing full receptor ectodomains bound to their respective ligands ciliary neurotrophic factor, cardiotrophin-like cytokine factor 1 (CLCF1), leukemia inhibitory factor, IL-27, and IL-6. Our structures collectively reveal similarities and differences in the assembly of these complexes. The acute bends at both signaling receptors in all complexes bring the membrane-proximal domains to a ~30 angstrom range but with distinct distances and orientations. We also reveal how CLCF1 engages its secretion chaperone cytokine receptor-like factor 1. Our data provide valuable insights for therapeutically targeting gp130-mediated signaling.
履歴
登録2022年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27221.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27221.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈LIF complex main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.22648638 - 0.71610165
平均 (標準偏差)-0.00016360689 (±0.011985596)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_27221_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_27221_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human LIF in complex with gp130 and LIFR

全体名称: Human LIF in complex with gp130 and LIFR
要素
  • 複合体: Human LIF in complex with gp130 and LIFR
    • タンパク質・ペプチド: Leukemia inhibitory factor
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-6 receptor subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Leukemia inhibitory factor receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Human LIF in complex with gp130 and LIFR

超分子名称: Human LIF in complex with gp130 and LIFR / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Leukemia inhibitory factor

分子名称: Leukemia inhibitory factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.652777 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PLPITPVNAT CAIRHPCHNN LMNQIRSQLA QLNGSANALF ILYYTAQGEP FPNNLDKLCG PNVTDFPPFH ANGTEKAKLV ELYRIVVYL GTSLGNITRD QKILNPSALS LHSKLNATAD ILRGLLSNVL CRLCSKYHVG HVDVTYGPDT SGKDVFQKKK L GCQLLGKY KQIIAVLAQA F

UniProtKB: Leukemia inhibitory factor

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分子 #2: Interleukin-6 receptor subunit beta

分子名称: Interleukin-6 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.233203 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: ELLDPCGYIS PESPVVQLHS NFTAVCVLKE KCMDYFHVNA NYIVWKTNHF TIPKEQYTII NRTASSVTFT DIASLNIQLT CNILTFGQL EQNVYGITII SGLPPEKPKN LSCIVNEGKK MRCEWDGGRE THLETNFTLK SEWATHKFAD CKAKRDTPTS C TVDYSTVY ...文字列:
ELLDPCGYIS PESPVVQLHS NFTAVCVLKE KCMDYFHVNA NYIVWKTNHF TIPKEQYTII NRTASSVTFT DIASLNIQLT CNILTFGQL EQNVYGITII SGLPPEKPKN LSCIVNEGKK MRCEWDGGRE THLETNFTLK SEWATHKFAD CKAKRDTPTS C TVDYSTVY FVNIEVWVEA ENALGKVTSD HINFDPVYKV KPNPPHNLSV INSEELSSIL KLTWTNPSIK SVIILKYNIQ YR TKDASTW SQIPPEDTAS TRSSFTVQDL KPFTEYVFRI RCMKEDGKGY WSDWSEEASG ITYEDRPSKA PSFWYKIDPS HTQ GYRTVQ LVWKTLPPFE ANGKILDYEV TLTRWKSHLQ NYTVNATKLT VNLTNDRYLA TLTVRNLVGK SDAAVLTIPA CDFQ ATHPV MDLKAFPKDN MLWVEWTTPR ESVKKYILEW CVLSDKAPCI TDWQQEDGTV HRTYLRGNLA ESKCYLITVT PVYAD GPGS PESIKAYLKQ APPSKGPTVR TKKVGKNEAV LEWDQLPVDV QNGFIRNYTI FYRTIIGNET AVNVDSSHTE YTLSSL TSD TLYMVRMAAY TDEGGKDGPE FTFTTPKFAQ GEIEEQKLIS EEDLGGEQKL ISEEDLHHHH HH

UniProtKB: Interleukin-6 receptor subunit beta

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分子 #3: Leukemia inhibitory factor receptor

分子名称: Leukemia inhibitory factor receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.834812 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QKKGAPHDLK CVTNNLQVWN CSWKAPSGTG RGTDYEVCIE NRSRSCYQLE KTSIKIPALS HGDYEITINS LHDFGSSTSK FTLNEQNVS LIPDTPEILN LSADFSTSTL YLKWNDRGSV FPHRSNVIWE IKVLRKESME LVKLVTHNTT LNGKDTLHHW S WASDMPLE ...文字列:
QKKGAPHDLK CVTNNLQVWN CSWKAPSGTG RGTDYEVCIE NRSRSCYQLE KTSIKIPALS HGDYEITINS LHDFGSSTSK FTLNEQNVS LIPDTPEILN LSADFSTSTL YLKWNDRGSV FPHRSNVIWE IKVLRKESME LVKLVTHNTT LNGKDTLHHW S WASDMPLE CAIHFVEIRC YIDNLHFSGL EEWSDWSPVK NISWIPDSQT KVFPQDKVIL VGSDITFCCV SQEKVLSALI GH TNCPLIH LDGENVAIKI RNISVSASSG TNVVFTTEDN IFGTVIFAGY PPDTPQQLNC ETHDLKEIIC SWNPGRVTAL VGP RATSYT LVESFSGKYV RLKRAEAPTN ESYQLLFQML PNQEIYNFTL NAHNPLGRSQ STILVNITEK VYPHTPTSFK VKDI NSTAV KLSWHLPGNF AKINFLCEIE IKKSNSVQEQ RNVTIKGVEN SSYLVALDKL NPYTLYTFRI RCSTETFWKW SKWSN KKQH LTTEASPSKG PDTWREWSSD GKNLIIYWKP LPINEANGKI LSYNVSCSSD EETQSLSEIP DPQHKAEIRL DKNDYI ISV VAKNSVGSSP PSKIASMEIP NDDLKIEQVV GMGKGILLTW HYDPNMTCDY VIKWCNSSRS EPCLMDWRKV PSNSTET VI ESDEFRPGIR YNFFLYGCRN QGYQLLRSMI GYIEELAPIV APNFTVEDTS ADSILVKWED IPVEELRGFL RGYLFYFG K GERDTSKMRV LESGRSDIKV KNITDISQKT LRIADLQGKT SYHLVLRAYT DGGVGPEKSM YVVTKENSEQ KLISEEDLG GEQKLISEED LHHHHHH

UniProtKB: Leukemia inhibitory factor receptor

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 171328
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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