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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | bBest2_345 Ca2+-bound open state | ||||||||||||
![]() | density modified (phenix.resolve) and resampled in coot (resample factor = 1.5) | ||||||||||||
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![]() | Ion channel / chloride channel / anion channel / pentamer / TRANSPORT PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() intracellularly ligand-gated monoatomic ion channel activity / ligand-gated monoatomic anion channel activity / Stimuli-sensing channels / bicarbonate channel activity / bicarbonate transport / chloride channel activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / chloride channel complex / basolateral plasma membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.93 Å | ||||||||||||
![]() | Owji AP / Kittredge A / Hendrickson WA / Tingting Y | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures and gating mechanisms of human bestrophin anion channels. 著者: Aaron P Owji / Jiali Wang / Alec Kittredge / Zada Clark / Yu Zhang / Wayne A Hendrickson / Tingting Yang / ![]() 要旨: Bestrophin-1 (Best1) and bestrophin-2 (Best2) are two members of the bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels with critical involvement in ocular physiology and direct ...Bestrophin-1 (Best1) and bestrophin-2 (Best2) are two members of the bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels with critical involvement in ocular physiology and direct pathological relevance. Here, we report cryo-EM structures of wild-type human Best1 and Best2 in various states at up to 1.8 Å resolution. Ca-bound Best1 structures illustrate partially open conformations at the two Ca-dependent gates of the channels, in contrast to the fully open conformations observed in Ca-bound Best2, which is in accord with the significantly smaller currents conducted by Best1 in electrophysiological recordings. Comparison of the closed and open states reveals a C-terminal auto-inhibitory segment (AS), which constricts the channel concentrically by wrapping around the channel periphery in an inter-protomer manner and must be released to allow channel opening. Our results demonstrate that removing the AS from Best1 and Best2 results in truncation mutants with similar activities, while swapping the AS between Best1 and Best2 results in chimeric mutants with swapped activities, underlying a key role of the AS in determining paralog specificity among bestrophins. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23 KB 23 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 164.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 123.2 MB 226.3 MB 226.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8d1nMC ![]() 8d1eC ![]() 8d1fC ![]() 8d1gC ![]() 8d1hC ![]() 8d1iC ![]() 8d1jC ![]() 8d1kC ![]() 8d1lC ![]() 8d1mC ![]() 8d1oC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | density modified (phenix.resolve) and resampled in coot (resample factor = 1.5) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.5478 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: full map
ファイル | emd_27136_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | full map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_27136_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_27136_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : bBest2_345 Ca2+-bound open state
全体 | 名称: bBest2_345 Ca2+-bound open state |
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要素 |
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-超分子 #1: bBest2_345 Ca2+-bound open state
超分子 | 名称: bBest2_345 Ca2+-bound open state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 210 KDa |
-分子 #1: Bestrophin
分子 | 名称: Bestrophin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 40.408918 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MTVTYTARVA KARFGGFSKL LLLWRGSIYK LLWRELLCFL GLFMALSAAY RFVLTEEQKR YFEKLVLYCD RYASLIPVSF VLGFYVTLV VHRWWNQYLS MPLTDALMCV VVGTVHGHDE RGRLYRRTLM RYAGLSGVLI LRSVSTAVFK RFPTIDHVVE A GFMTREER ...文字列: MTVTYTARVA KARFGGFSKL LLLWRGSIYK LLWRELLCFL GLFMALSAAY RFVLTEEQKR YFEKLVLYCD RYASLIPVSF VLGFYVTLV VHRWWNQYLS MPLTDALMCV VVGTVHGHDE RGRLYRRTLM RYAGLSGVLI LRSVSTAVFK RFPTIDHVVE A GFMTREER KKFENLNSSY NKYWVPCVWF CNLAAQARRE GRIRDNGAFK LLLEELNVFR SKCGMLFHYD WISVPLVYTQ VV TIAVYSY FLACLIGRQF LDPAQGYKDH DLDLCVPIFT LLQFFFYAGW LKVAEQLINP FGEDDDDFET NFLIDRCFQV SML AVDEMY DDLAMLEKDL YWDAAEARA UniProtKB: Bestrophin-2 |
-分子 #2: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #3: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 50 / 式: MC3 |
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分子量 | 理論値: 677.933 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-MC3: |
-分子 #4: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13...
分子 | 名称: 2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: DU0 |
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分子量 | 理論値: 516.752 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-DU0: |
-分子 #5: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 600 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | bBest2_345 Ca2+-bound open state |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 3203 / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |