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万見
- EMDB-27111: Intracellular Coxiella 6hpi -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27111
タイトルIntracellular Coxiella 6hpi
マップデータ
試料
  • 細胞: COS-7 cell infected with Coxiella 6hpi
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Park D / Liu J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI152421-02 米国
引用ジャーナル: Infect Immun / 年: 2022
タイトル: Developmental Transitions Coordinate Assembly of the Coxiella burnetii Dot/Icm Type IV Secretion System.
著者: Donghyun Park / Samuel Steiner / Meng Shao / Craig R Roy / Jun Liu /
要旨: Coxiella burnetii is an obligate intracellular bacterial pathogen that has evolved a unique biphasic developmental cycle. The infectious form of C. burnetii is the dormant small cell variant (SCV), ...Coxiella burnetii is an obligate intracellular bacterial pathogen that has evolved a unique biphasic developmental cycle. The infectious form of C. burnetii is the dormant small cell variant (SCV), which transitions to a metabolically active large cell variant (LCV) that replicates inside the lysosome-derived host vacuole. A Dot/Icm type IV secretion system (T4SS), which can deliver over 100 effector proteins to host cells, is essential for the biogenesis of the vacuole and intracellular replication. How the distinct C. burnetii life cycle impacts the assembly and function of the Dot/Icm T4SS has remained unknown. Here, we combine advanced cryo-focused ion beam (cryo-FIB) milling and cryo-electron tomography (cryo-ET) imaging to visualize all developmental transitions and the assembly of the Dot/Icm T4SS . Importantly, assembled Dot/Icm machines were not present in the infectious SCV. The appearance of the assembled Dot/Icm machine correlated with the transition of the SCV to the LCV intracellularly. Furthermore, temporal characterization of C. burnetii morphological changes revealed regions of the inner membrane that invaginate to form tightly packed stacks during the LCV-to-SCV transition at late stages of infection, which may enable the SCV-to-LCV transition that occurs upon infection of a new host cell. Overall, these data establish how C. burnetii developmental transitions control critical bacterial processes to promote intracellular replication and transmission.
履歴
登録2022年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2022年11月2日-
現状2022年11月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27111.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
18.22 Å/pix.
x 132 pix.
= 2405.04 Å		18.22 Å/pix.
x 1440 pix.
= 26236.799 Å		18.22 Å/pix.
x 1440 pix.
= 26236.799 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 18.22 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-4.7991824 - 4.7216887
平均 (標準偏差)2.6302105e-10 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0-2080
サイズ14401440132
Spacing14401440132
セルA: 26236.799 Å / B: 26236.799 Å / C: 2405.0398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : COS-7 cell infected with Coxiella 6hpi

全体名称: COS-7 cell infected with Coxiella 6hpi
要素
  • 細胞: COS-7 cell infected with Coxiella 6hpi

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超分子 #1: COS-7 cell infected with Coxiella 6hpi

超分子名称: COS-7 cell infected with Coxiella 6hpi / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Coxiella burnetii (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 3 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 nA / 集束イオンビーム - 時間: 3600 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 103 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 10000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Aquilos. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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