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- EMDB-27070: apo form Cryo-EM structure of Campylobacter jejune ketol-acid red... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27070
タイトルapo form Cryo-EM structure of Campylobacter jejune ketol-acid reductoisommerase crosslinked by Glutaraldehyde
マップデータCampylobacter jejune ketol-acid reductoisommerase crosslinked by Glutaraldehyde
試料
  • 複合体: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase
    • タンパク質・ペプチド: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
  • リガンド: PENTANEDIAL
キーワードketol-acid reductoisomerase / Isomerase / enzyme stability / dodecamer / branched-chain amino acid
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / isomerase activity / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ketol-acid reductoisomerase, prokaryotic / Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Zheng S / Guddat LW
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)DP210101802 オーストラリア
引用ジャーナル: Appl Biosci / 年: 2022
タイトル: Enhancing the Thermal and Kinetic Stability of Ketol-Acid Reductoisomerase, a Central Catalyst of a Cell-Free Enzyme Cascade for the Manufacture of Platform Chemicals
著者: Lv Y / Zheng S / Goldenzweig A / Liu F / Gao Y / Yang X / Kandale A / McGeary RP / Williams S / Kobe B / Schembri MA / Landsberg MJ / Wu B / Bruck TB / Sieber V / Boden M / Rao Z / Fleishman ...著者: Lv Y / Zheng S / Goldenzweig A / Liu F / Gao Y / Yang X / Kandale A / McGeary RP / Williams S / Kobe B / Schembri MA / Landsberg MJ / Wu B / Bruck TB / Sieber V / Boden M / Rao Z / Fleishman SJ / Schenk G / Guddat LW
履歴
登録2022年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27070.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27070.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Campylobacter jejune ketol-acid reductoisommerase crosslinked by Glutaraldehyde
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.41
最小 - 最大-1.9374194 - 3.6383867
平均 (標準偏差)0.00015151664 (±0.0948297)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 367.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27070_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27070_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase

全体名称: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase
要素
  • 複合体: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase
    • タンパク質・ペプチド: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
  • リガンド: PENTANEDIAL

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超分子 #1: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase

超分子名称: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
分子量理論値: 450 kDa/nm

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分子 #1: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

分子名称: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
分子量理論値: 35.665953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ITVYYDKDCD LNLIKSKKVA IIGFGSQGHA HAMNLRDNGV NVTIGLREGS VSAVKAKNAG FEVMSVSEAS KIADVIMILA PDEIQADIF NVEIKPNLSE GKAIAFAHGF NIHYGQIVVP KGVDVIMIAP KAPGHTVRNE FTLGGGTPCL IAIHQDESKN A KNLALSYA ...文字列:
ITVYYDKDCD LNLIKSKKVA IIGFGSQGHA HAMNLRDNGV NVTIGLREGS VSAVKAKNAG FEVMSVSEAS KIADVIMILA PDEIQADIF NVEIKPNLSE GKAIAFAHGF NIHYGQIVVP KGVDVIMIAP KAPGHTVRNE FTLGGGTPCL IAIHQDESKN A KNLALSYA SAIGGGRTGI IETTFKAETE TDLFGEQAVL CGGLSALIQA GFETLVEAGY EPEMAYFECL HEMKLIVDLI YQ GGIADMR YSISNTAEYG DYITGPKIIT EETKKAMKGV LKDIQNGVFA KDFILERRAG FARMHAERKN MNDSLIEKTG RNL RAMMPW IS

UniProtKB: Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))

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分子 #2: PENTANEDIAL

分子名称: PENTANEDIAL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: PTD
分子量理論値: 100.116 Da
Chemical component information

ChemComp-PTD:
PENTANEDIAL / グルタルアルデヒド

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 74899
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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