[日本語] English
万見
- EMDB-26999: CryoEM structure of the T-pilus from Agrobacterium tumefaciens -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26999
タイトルCryoEM structure of the T-pilus from Agrobacterium tumefaciens
マップデータT-pilus
試料
  • 複合体: T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens.分泌
    • タンパク質・ペプチド: Protein virB2
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードconjugation / VirB2 / type IV secretion system / pili / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)
機能・相同性Conjugal transfer TrbC/type IV secretion VirB2 / TrbC/VIRB2 pilin / type IV secretion system complex / protein secretion by the type IV secretion system / cell outer membrane / Protein virB2
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) / Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bui KH / Black CS
資金援助 カナダ, 1件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the Agrobacterium tumefaciens T-pilus reveals the importance of positive charges in the lumen.
著者: Jaafar Amro / Corbin Black / Zakaria Jemouai / Nathan Rooney / Caroline Daneault / Natalie Zeytuni / Matthieu Ruiz / Khanh Huy Bui / Christian Baron /
要旨: Agrobacterium tumefaciens is a natural genetic engineer that transfers DNA into plants, which is the most applied process for generation of genetically modified plants. DNA transfer is mediated by a ...Agrobacterium tumefaciens is a natural genetic engineer that transfers DNA into plants, which is the most applied process for generation of genetically modified plants. DNA transfer is mediated by a type IV secretion system in the cell envelope and extracellular T-pili. We here report the cryo-electron microscopic structures of the T-pilus at 3.2-Å resolution and of the plasmid pKM101-determined N-pilus at 3-Å resolution. Both pili contain a main pilus protein (VirB2 in A. tumefaciens, TraM in pKM101) and phospholipids arranged in a five-start helical assembly. They contain positively charged amino acids in the lumen, and the lipids are positively charged in the T-pilus (phosphatidylcholine) conferring overall positive charge. Mutagenesis of the lumen-exposed Arg91 in VirB2 results in protein destabilization and loss of pilus formation. Our results reveal that different phospholipids can be incorporated into type IV secretion pili and that the charge of the lumen may be of functional importance.
履歴
登録2022年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26999.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26999.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈T-pilus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.593
最小 - 最大-1.3491367 - 2.8907778
平均 (標準偏差)0.011295985 (±0.13454196)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_26999_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_26999_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_26999_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens.

全体名称: T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens.分泌
要素
  • 複合体: T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens.分泌
    • タンパク質・ペプチド: Protein virB2
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

-
超分子 #1: T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens.

超分子名称: T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
分子量理論値: 24.7 kDa/nm

-
分子 #1: Protein virB2

分子名称: Protein virB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 70 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
分子量理論値: 12.326439 KDa
配列文字列:
MRCFERYRVH LNRLSLSNAV MRMVSGYAPS VVGAMGWSIF SSGPAAAQSA GGGTDPATMV NNICTFILGP FGQSLAVLGI VAIGISWMF GRASLGLVAG VVGGIVIMFG ASFLGKTLTG GG

UniProtKB: Protein virB2

-
分子 #2: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 70 / 式: CPL
分子量理論値: 758.06 Da
Chemical component information

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM / ホスファチジルコリン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 uL of the sample was repeatedly applied and manually blotted three times using the multiple blotting technique prior to the Vitrobot step to increase the concentration of pili..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 615500

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8cue:
CryoEM structure of the T-pilus from Agrobacterium tumefaciens

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る