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万見
- EMDB-26996: Cryo-EM structure of Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26996
タイトルCryo-EM structure of Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2
マップデータFerritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2
試料
  • 複合体: Homo 24-mer of Ferritin 2
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: water
キーワードOxidoreductase / ferroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron uptake and transport / Neutrophil degranulation / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / defense response to Gram-positive bacterium / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Malcolm TR / Brown HG / Hanssen E
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biochemical Characterization of Caenorhabditis elegans Ferritins
著者: Mubarak SMM / Malcolm TR / Brown HG / Hanssen E / Maher MJ / McColl G / Jameson GNL
履歴
登録2022年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月24日-
マップ公開2023年5月24日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26996.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 328 pix.
= 268.96 Å		0.82 Å/pix.
x 328 pix.
= 268.96 Å		0.82 Å/pix.
x 328 pix.
= 268.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.16086045 - 0.56562036
平均 (標準偏差)-0.00029617202 (±0.026290549)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ328328328
Spacing328328328
セルA=B=C: 268.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2

ファイルemd_26996_half_map_1.map
注釈Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2

ファイルemd_26996_half_map_2.map
注釈Ferritin 2 from Caenorhabditis elegans, FTN-2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homo 24-mer of Ferritin 2

全体名称: Homo 24-mer of Ferritin 2
要素
  • 複合体: Homo 24-mer of Ferritin 2
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Homo 24-mer of Ferritin 2

超分子名称: Homo 24-mer of Ferritin 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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分子 #1: Ferritin

分子名称: Ferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 19.371547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SLARQNYHSE VEAAVNKQIN IELYASYVYL SMSFYFDRDD VALPNIAKFF KEQSDEEREH ATELMRVQNL RGGRVVLQDI QKPENDEWG TALKAFEAAL ALEKFNNESL LKLHSTAGNH NDAHLTDFIE EKYLDEQVKS INEFARMVAN LKRVGPGVGE Y VFDKEHFS

UniProtKB: Ferritin

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分子 #2: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2271 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 47.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7urh

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 398769
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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