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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26883 | |||||||||
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タイトル | Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the mouse antibody Fab fragment, M8a-34 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Fan C / Bjorkman PJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2022 タイトル: Neutralizing monoclonal antibodies elicited by mosaic RBD nanoparticles bind conserved sarbecovirus epitopes. 著者: Chengcheng Fan / Alexander A Cohen / Miso Park / Alfur Fu-Hsin Hung / Jennifer R Keeffe / Priyanthi N P Gnanapragasam / Yu E Lee / Han Gao / Leesa M Kakutani / Ziyan Wu / Harry Kleanthous / ...著者: Chengcheng Fan / Alexander A Cohen / Miso Park / Alfur Fu-Hsin Hung / Jennifer R Keeffe / Priyanthi N P Gnanapragasam / Yu E Lee / Han Gao / Leesa M Kakutani / Ziyan Wu / Harry Kleanthous / Kathryn E Malecek / John C Williams / Pamela J Bjorkman / 要旨: Increased immune evasion by SARS-CoV-2 variants of concern highlights the need for new therapeutic neutralizing antibodies. Immunization with nanoparticles co-displaying spike receptor-binding ...Increased immune evasion by SARS-CoV-2 variants of concern highlights the need for new therapeutic neutralizing antibodies. Immunization with nanoparticles co-displaying spike receptor-binding domains (RBDs) from eight sarbecoviruses (mosaic-8 RBD-nanoparticles) efficiently elicits cross-reactive polyclonal antibodies against conserved sarbecovirus RBD epitopes. Here, we identified monoclonal antibodies (mAbs) capable of cross-reactive binding and neutralization of animal sarbecoviruses and SARS-CoV-2 variants by screening single mouse B cells secreting IgGs that bind two or more sarbecovirus RBDs. Single-particle cryo-EM structures of antibody-spike complexes, including a Fab-Omicron complex, mapped neutralizing mAbs to conserved class 1/4 RBD epitopes. Structural analyses revealed neutralization mechanisms, potentials for intra-spike trimer cross-linking by IgGs, and induced changes in trimer upon Fab binding. In addition, we identified a mAb-resembling Bebtelovimab, an EUA-approved human class 3 anti-RBD mAb. These results support using mosaic RBD-nanoparticle vaccination to generate and identify therapeutic pan-sarbecovirus and pan-variant mAbs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26883.map.gz | 167.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26883-v30.xml emd-26883.xml | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26883.png | 67 KB | ||
その他 | emd_26883_half_map_1.map.gz emd_26883_half_map_2.map.gz | 164.9 MB 164.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26883 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26883 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26883_validation.pdf.gz | 965.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26883_full_validation.pdf.gz | 965.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26883_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26883_validation.cif.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26883 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26883 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uz9MC 7uz4C 7uz5C 7uz6C 7uz7C 7uz8C 7uzaC 7uzbC 7uzcC 7uzdC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26883_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26883_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 S 6P in complex with M8a-34 Fab
全体 | 名称: SARS-CoV-2 S 6P in complex with M8a-34 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 S 6P in complex with M8a-34 Fab
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 S 6P in complex with M8a-34 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 25 KDa |
-超分子 #2: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 spike glycoprotein
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 spike glycoprotein タイプ: complex / ID: 2 / キメラ: Yes / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: stabilized with hexaproline |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: M8a-34 Fab VH and VL domains
超分子 | 名称: M8a-34 Fab VH and VL domains / タイプ: complex / ID: 3 / キメラ: Yes / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #4: M8a-34 Fab CH1 and CL domains
超分子 | 名称: M8a-34 Fab CH1 and CL domains / タイプ: complex / ID: 4 / キメラ: Yes / 親要素: 3 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 139.344438 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPA SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVT T EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLN RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KDFGGFNFS QILPDPSKPS KRSPIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGP ALQIPFPMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTP SALGKLQDVV NQNAQALNTL V KQLSSNFG AISSVLNDIL SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FC GKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVS GNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQEL GKYEQ YIKWPSGRLV PRGSPGSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVLL STFLGHHHHH H |
-分子 #2: M8a-34 Fab heavy chain
分子 | 名称: M8a-34 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 25.507477 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQQPGAE LVKPGASVKM SCKASGYTFI TYWITWVKQR PGQGLEWIGD IYPGGGRTNY NEKFKSKATL TVDTSSSTAY MQLRSLTSE DSAVYYCARY DGNYVGYYYA MDYWGQGTSV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: QVQLQQPGAE LVKPGASVKM SCKASGYTFI TYWITWVKQR PGQGLEWIGD IYPGGGRTNY NEKFKSKATL TVDTSSSTAY MQLRSLTSE DSAVYYCARY DGNYVGYYYA MDYWGQGTSV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KRVEPKSCDK THHHHHH |
-分子 #3: M8a-34 Fab light chain
分子 | 名称: M8a-34 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 23.955605 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVLTQSPVS LAVSLGQRAT ISCRASESVD FYGNSFIYWY QQKPGQAPKL LIYRASNLES GIPARFSGSG SRTDFTLTIH PVEADDVAT YYCQQSIEDP RTFGGGTKLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT ...文字列: DIVLTQSPVS LAVSLGQRAT ISCRASESVD FYGNSFIYWY QQKPGQAPKL LIYRASNLES GIPARFSGSG SRTDFTLTIH PVEADDVAT YYCQQSIEDP RTFGGGTKLE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL LNNFYPREAK VQWKVDNALQ S GNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 42 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 3888 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |