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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26858 | |||||||||
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タイトル | Pseudomonas phage E217 small terminase (TerS) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | phage small Terminase / decamer / oligomer / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Lokareddy RK / Hou C-FD / Doll SG / Li F / Gillilan R / Forti F / Briani F / Cingolani G | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Terminase Subunits from the Pseudomonas-Phage E217. 著者: Ravi K Lokareddy / Chun-Feng David Hou / Steven G Doll / Fenglin Li / Richard E Gillilan / Francesca Forti / David S Horner / Federica Briani / Gino Cingolani / 要旨: Pseudomonas phages are increasingly important biomedicines for phage therapy, but little is known about how these viruses package DNA. This paper explores the terminase subunits from the Myoviridae ...Pseudomonas phages are increasingly important biomedicines for phage therapy, but little is known about how these viruses package DNA. This paper explores the terminase subunits from the Myoviridae E217, a Pseudomonas-phage used in an experimental cocktail to eradicate P. aeruginosa in vitro and in animal models. We identified the large (TerL) and small (TerS) terminase subunits in two genes ∼58 kbs away from each other in the E217 genome. TerL presents a classical two-domain architecture, consisting of an N-terminal ATPase and C-terminal nuclease domain arranged into a bean-shaped tertiary structure. A 2.05 Å crystal structure of the C-terminal domain revealed an RNase H-like fold with two magnesium ions in the nuclease active site. Mutations in TerL residues involved in magnesium coordination had a dominant-negative effect on phage growth. However, the two ions identified in the active site were too far from each other to promote two-metal-ion catalysis, suggesting a conformational change is required for nuclease activity. We also determined a 3.38 Å cryo-EM reconstruction of E217 TerS that revealed a ring-like decamer, departing from the most common nonameric quaternary structure observed thus far. E217 TerS contains both N-terminal helix-turn-helix motifs enriched in basic residues and a central channel lined with basic residues large enough to accommodate double-stranded DNA. Overexpression of TerS caused a more than a 4-fold reduction of E217 burst size, suggesting a catalytic amount of the protein is required for packaging. Together, these data expand the molecular repertoire of viral terminase subunits to Pseudomonas-phages used for phage therapy. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26858.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26858-v30.xml emd-26858.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26858_fsc.xml | 6.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26858.png | 107.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26858.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_26858_half_map_1.map.gz emd_26858_half_map_2.map.gz | 27.9 MB 28 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26858 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26858 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26858_validation.pdf.gz | 818.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26858_full_validation.pdf.gz | 818.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26858_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26858_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26858 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26858 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7uxeMC 8dkrC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26858_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26858_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Small terminase decamer from Pseudomonas phage E217
全体 | 名称: Small terminase decamer from Pseudomonas phage E217 |
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要素 |
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-超分子 #1: Small terminase decamer from Pseudomonas phage E217
超分子 | 名称: Small terminase decamer from Pseudomonas phage E217 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 210 KDa |
-分子 #1: Small terminase
分子 | 名称: Small terminase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage vB_PaeM_E217 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 21.30468 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTKFYSPDDL VTPQEFADPH FAAINQKRFD LYIDLRVQGY SSWRVFRAIW GEEHMDGPAQ ARIFAMESNP YYRKQFKAKL NATKTSDLW NPKTALHELL QMVRDPTVKD SSRLSAIKEL NVLAEITFVD ESGKTRIGRG LADFYASEAE AQTATVAAAA E ANSYVPEG ...文字列: MTKFYSPDDL VTPQEFADPH FAAINQKRFD LYIDLRVQGY SSWRVFRAIW GEEHMDGPAQ ARIFAMESNP YYRKQFKAKL NATKTSDLW NPKTALHELL QMVRDPTVKD SSRLSAIKEL NVLAEITFVD ESGKTRIGRG LADFYASEAE AQTATVAAAA E ANSYVPEG EEGDFPSPTP EPTEEDRANP I UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-7uxe: |