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万見- EMDB-26590: CryoEM Structure of Inactive H2R Bound to Famotidine, Nb6M, and NabFab -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26590 | |||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of Inactive H2R Bound to Famotidine, Nb6M, and NabFab | |||||||||
マップデータ | Focused refinement map on receptor-nanobody | |||||||||
試料 |
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キーワード | Antagonist / Complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gastric acid secretion / Histamine receptors / histamine receptor activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vasoconstriction / G alpha (s) signalling events / chemical synaptic transmission / immune response ...gastric acid secretion / Histamine receptors / histamine receptor activity / G protein-coupled serotonin receptor activity / neurotransmitter receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of vasoconstriction / G alpha (s) signalling events / chemical synaptic transmission / immune response / dendrite / synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Robertson MJ / Skiniotis G | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structure determination of inactive-state GPCRs with a universal nanobody. 著者: Michael J Robertson / Makaía M Papasergi-Scott / Feng He / Alpay B Seven / Justin G Meyerowitz / Ouliana Panova / Maria Claudia Peroto / Tao Che / Georgios Skiniotis / 要旨: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has widened the field of structure-based drug discovery by allowing for routine determination of membrane protein structures previously intractable. Despite representing one of the largest classes of therapeutic targets, most inactive-state G protein-coupled receptors (GPCRs) have remained inaccessible for cryo-EM because their small size and membrane-embedded nature impedes projection alignment for high-resolution map reconstructions. Here we demonstrate that the same single-chain camelid antibody (nanobody) recognizing a grafted intracellular loop can be used to obtain cryo-EM structures of inactive-state GPCRs at resolutions comparable or better than those obtained by X-ray crystallography. Using this approach, we obtained structures of neurotensin 1 receptor bound to antagonist SR48692, μ-opioid receptor bound to alvimopan, apo somatostatin receptor 2 and histamine receptor 2 bound to famotidine. We expect this rapid, straightforward approach to facilitate the broad exploration of GPCR inactive states without the need for extensive engineering and crystallization. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26590.map.gz | 194.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26590-v30.xml emd-26590.xml | 21 KB 21 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_26590.png | 87.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26590.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_26590_additional_1.map.gz emd_26590_half_map_1.map.gz emd_26590_half_map_2.map.gz | 197.7 MB 194.1 MB 194.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26590 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26590 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26590_validation.pdf.gz | 827 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26590_full_validation.pdf.gz | 826.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26590_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26590_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26590 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26590 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26590.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Focused refinement map on receptor-nanobody | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8677 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_26590_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26590_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26590_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of H2R, Nb6M, and NabFab
全体 | 名称: Complex of H2R, Nb6M, and NabFab |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of H2R, Nb6M, and NabFab
超分子 | 名称: Complex of H2R, Nb6M, and NabFab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: H2R
超分子 | 名称: H2R / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Nb6M
超分子 | 名称: Nb6M / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
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由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
-超分子 #4: NabFab
超分子 | 名称: NabFab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: Histamine H2 receptor
分子 | 名称: Histamine H2 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 44.770184 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGM APNGTASSFC LDSTACKITI TVVLAVLILI TVAGNVVVCL AVGLNRRLR NLTNCFIVSL AITDLLLGLL VLPFSAIYQL SCKWSFGKVF CNIYTSLDVM LCTASILNLF MISLDRYCAV M DPLRYPVL ...文字列: DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGM APNGTASSFC LDSTACKITI TVVLAVLILI TVAGNVVVCL AVGLNRRLR NLTNCFIVSL AITDLLLGLL VLPFSAIYQL SCKWSFGKVF CNIYTSLDVM LCTASILNLF MISLDRYCAV M DPLRYPVL VTPVRVAISL VLIWVISITL SFLSIHLGWN SRNETSKGNH TTSKCKVQVN EVYGLVDGLV TFYLPLLIMC VC YTLMILR LKSVRLLSGS REKDRNLRRI TRLVLVVVAV FVICWFPYFT AFVYRGLRGD DAINEVLEAI VLWLGYANSA LNP ILYAAL NRDFRTGYQQ LFCCRLANRN SHKTSLRSNA SQLSRTQSRE PRQQEEKPLK LQVWSGTEVT APQGATDRLE VLFQ UniProtKB: Histamine H2 receptor, Kappa-type opioid receptor, Histamine H2 receptor |
-分子 #2: Nanobody 6M
分子 | 名称: Nanobody 6M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 14.418919 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QRQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGTIFR LYDMGWFRQA PGKEREGVAS ITSGGSTKYA DSVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLEPED TAVYYCNAEY RTGIWEELLD GWGKGTPVTV SSHHHHHHEP EA |
-分子 #3: NabFab HC
分子 | 名称: NabFab HC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 25.684463 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSYYSIHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSSY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARGYQYWQYH ASWYWNGGLD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NFSYYSIHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSSY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARGYQYWQYH ASWYWNGGLD YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL V KDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKTH T |
-分子 #4: NabFab LC
分子 | 名称: NabFab LC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 23.258783 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSSSSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #5: famotidine
分子 | 名称: famotidine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: FO9 |
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分子量 | 理論値: 339.461 Da |
Chemical component information | ChemComp-FO9: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.58 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 365068 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |