+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, intracellular region | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | potassium channel complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ER retention sequence binding / positive regulation of voltage-gated potassium channel activity / Kv4.2-KChIP2 channel complex / clustering of voltage-gated potassium channels / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / potassium channel complex / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential ...ER retention sequence binding / positive regulation of voltage-gated potassium channel activity / Kv4.2-KChIP2 channel complex / clustering of voltage-gated potassium channels / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / positive regulation of potassium ion export across plasma membrane / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / potassium channel complex / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / postsynaptic specialization membrane / anchoring junction / action potential / regulation of heart contraction / neuronal cell body membrane / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel activity / plasma membrane raft / locomotor rhythm / detection of calcium ion / GABA-ergic synapse / potassium channel regulator activity / neuronal action potential / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / sensory perception of pain / muscle contraction / potassium ion transport / protein homooligomerization / cellular response to hypoxia / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / perikaryon / transmembrane transporter binding / dendritic spine / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / calcium ion binding / dendrite / protein-containing complex binding / signal transduction / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.33 Å | |||||||||
![]() | Zhao H / Dai Y / Lee CH | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Activation and closed-state inactivation mechanisms of the human voltage-gated K4 channel complexes. 著者: Wenlei Ye / Hongtu Zhao / Yaxin Dai / Yingdi Wang / Yu-Hua Lo / Lily Yeh Jan / Chia-Hsueh Lee / ![]() 要旨: The voltage-gated ion channel activity depends on both activation (transition from the resting state to the open state) and inactivation. Inactivation is a self-restraint mechanism to limit ion ...The voltage-gated ion channel activity depends on both activation (transition from the resting state to the open state) and inactivation. Inactivation is a self-restraint mechanism to limit ion conduction and is as crucial to membrane excitability as activation. Inactivation can occur when the channel is open or closed. Although open-state inactivation is well understood, the molecular basis of closed-state inactivation has remained elusive. We report cryo-EM structures of human K4.2 channel complexes in inactivated, open, and closed states. Closed-state inactivation of K4 involves an unprecedented symmetry breakdown for pore closure by only two of the four S4-S5 linkers, distinct from known mechanisms of open-state inactivation. We further capture K4 in a putative resting state, revealing how voltage sensor movements control the pore. Moreover, our structures provide insights regarding channel modulation by KChIP2 and DPP6 auxiliary subunits. Our findings elucidate mechanisms of closed-state inactivation and voltage-dependent activation of the K4 channel. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 398.2 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 107.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 390.9 MB 390.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 896.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 896.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ukhMC ![]() 7uk5C ![]() 7ukcC ![]() 7ukdC ![]() 7ukeC ![]() 7ukfC ![]() 7ukgC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.826 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_26581_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_26581_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, intrace...
全体 | 名称: Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, intracellular region |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, intrace...
超分子 | 名称: Human Kv4.2-KChIP2-DPP6 channel complex in an open state, intracellular region タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2
分子 | 名称: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 59.049332 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAAGVAAWLP FARAAAIGWM PVASGPMPAP PRQERKRTQD ALIVLNVSGT RFQTWQDTLE RYPDTLLGSS ERDFFYHPET QQYFFDRDP DIFRHILNFY RTGKLHYPRH ECISAYDEEL AFFGLIPEII GDCCYEEYKD RRRENAERLQ DDADTDTAGE S ALPTMTAR ...文字列: MAAGVAAWLP FARAAAIGWM PVASGPMPAP PRQERKRTQD ALIVLNVSGT RFQTWQDTLE RYPDTLLGSS ERDFFYHPET QQYFFDRDP DIFRHILNFY RTGKLHYPRH ECISAYDEEL AFFGLIPEII GDCCYEEYKD RRRENAERLQ DDADTDTAGE S ALPTMTAR QRVWRAFENP HTSTMALVFY YVTGFFIAVS VIANVVETVP CGSSPGHIKE LPCGERYAVA FFCLDTACVM IF TVEYLLR LAAAPSRYRF VRSVMSIIDV VAILPYYIGL VMTDNEDVSG AFVTLRVFRV FRIFKFSRHS QGLRILGYTL KSC ASELGF LLFSLTMAII IFATVMFYAE KGSSASKFTS IPAAFWYTIV TMTTLGYGDM VPKTIAGKIF GSICSLSGVL VIAL PVPVI VSNFSRIYHQ NQRADKRRAQ KKARLARIRA AKSGSANAYM QSKRNGLLSN QLQSSEDEQA FVSKSGSSFE TQHHH LLHC LEKTTNHEFV DEQVFEESCM EVATVNRPSS HSPSLSSQQG UniProtKB: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 2 |
-分子 #2: Isoform 2 of Kv channel-interacting protein 2
分子 | 名称: Isoform 2 of Kv channel-interacting protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.975486 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MRGQGRKESL SDSRDLDGSY DQLTGHPPGP TKKALKQRFL KLLPCCGPQA LPSVSENSVD DEFELSTVCH RPEGLEQLQE QTKFTRKEL QVLYRGFKNE CPSGIVNEEN FKQIYSQFFP QGDSSTYATF LFNAFDTNHD GSVSFEDFVA GLSVILRGTV D DRLNWAFN ...文字列: MRGQGRKESL SDSRDLDGSY DQLTGHPPGP TKKALKQRFL KLLPCCGPQA LPSVSENSVD DEFELSTVCH RPEGLEQLQE QTKFTRKEL QVLYRGFKNE CPSGIVNEEN FKQIYSQFFP QGDSSTYATF LFNAFDTNHD GSVSFEDFVA GLSVILRGTV D DRLNWAFN LYDLNKDGCI TKEEMLDIMK SIYDMMGKYT YPALREEAPR EHVESFFQKM DRNKDGVVTI EEFIESCQKD EN IMRSMQL FDNVI UniProtKB: Kv channel-interacting protein 2 |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: CA |
---|---|
分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 85.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 278343 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |