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- EMDB-2636: 3D EM map of the sodium proton antiporter MjNhaP1 from Methanocal... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2636
タイトル3D EM map of the sodium proton antiporter MjNhaP1 from Methanocaldococcus jannaschii
マップデータA B-factor of -200 was applied.
試料
  • 試料: 3D EM map of the sodium/proton antiporter MjNhaP1
  • タンパク質・ペプチド: MjNhaP1
キーワードmembrane protein / antiporter / transporter / exchanger / CPA
機能・相同性
機能・相同性情報


: / transport / potassium:proton antiporter activity / antiporter activity / sodium ion transport / intracellular potassium ion homeostasis / membrane => GO:0016020 / monoatomic cation transport / monoatomic ion transport / proton transmembrane transport ...: / transport / potassium:proton antiporter activity / antiporter activity / sodium ion transport / intracellular potassium ion homeostasis / membrane => GO:0016020 / monoatomic cation transport / monoatomic ion transport / proton transmembrane transport / transmembrane transport / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/solute symporter superfamily / Cation/H+ exchanger / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) antiporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Paulino C / Woehlert D / Yildiz O / Kuhlbrandt W
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Structure and transport mechanism of the sodium/proton antiporter MjNhaP1.
著者: Cristina Paulino / David Wöhlert / Ekaterina Kapotova / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt /
要旨: Sodium/proton antiporters are essential for sodium and pH homeostasis and play a major role in human health and disease. We determined the structures of the archaeal sodium/proton antiporter MjNhaP1 ...Sodium/proton antiporters are essential for sodium and pH homeostasis and play a major role in human health and disease. We determined the structures of the archaeal sodium/proton antiporter MjNhaP1 in two complementary states. The inward-open state was obtained by x-ray crystallography in the presence of sodium at pH 8, where the transporter is highly active. The outward-open state was obtained by electron crystallography without sodium at pH 4, where MjNhaP1 is inactive. Comparison of both structures reveals a 7° tilt of the 6 helix bundle. (22)Na(+) uptake measurements indicate non-cooperative transport with an activity maximum at pH 7.5. We conclude that binding of a Na(+) ion from the outside induces helix movements that close the extracellular cavity, open the cytoplasmic funnel, and result in a ∼5 Å vertical relocation of the ion binding site to release the substrate ion into the cytoplasm.
履歴
登録2014年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年5月28日-
マップ公開2014年12月17日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 100
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 100
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4d0a
  • 表面レベル: 100
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2636.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2636.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A B-factor of -200 was applied.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
0.99 Å/pix.
x 103 pix.
= 103.3 Å		1.02 Å/pix.
x 82 pix.
= 81.5 Å		1 Å/pix.
x 201 pix.
= 200. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 1.01875 Å / Y: 0.99327 Å / Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.8 / ムービー #1: 100
最小 - 最大-275.961944580000022 - 361.103149410000015
平均 (標準偏差)0.1016627 (±50.196964260000001)
対称性空間群: 18
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin0-100-51
サイズ82201103
Spacing10480200
セルA: 81.5 Å / B: 103.30008 Å / C: 200.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.018750.993269230769231
M x/y/z80104200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z81.500103.300200.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0-51-100
NX/NY/NZ82103201
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-1000-51
NC/NR/NS20182103
D min/max/mean-275.962361.1030.102

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 3D EM map of the sodium/proton antiporter MjNhaP1

全体名称: 3D EM map of the sodium/proton antiporter MjNhaP1
要素
  • 試料: 3D EM map of the sodium/proton antiporter MjNhaP1
  • タンパク質・ペプチド: MjNhaP1

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超分子 #1000: 3D EM map of the sodium/proton antiporter MjNhaP1

超分子名称: 3D EM map of the sodium/proton antiporter MjNhaP1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: protein was purified in absence of sodium. / 集合状態: Dimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 46 KDa / 理論値: 46 KDa / 手法: SDS-PAGE, MS

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分子 #1: MjNhaP1

分子名称: MjNhaP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NhaP1 / コピー数: 2 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
別称: Methanocaldococcus jannaschii / 細胞中の位置: Plasma membrane
分子量実験値: 46 KDa / 理論値: 46 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET26b
配列UniProtKB: Na(+)/H(+) antiporter 1
GO: transport, monoatomic ion transport, monoatomic cation transport, sodium ion transport, transmembrane transport, proton transmembrane transport, antiporter activity, GO: 0015299, identical ...GO: transport, monoatomic ion transport, monoatomic cation transport, sodium ion transport, transmembrane transport, proton transmembrane transport, antiporter activity, GO: 0015299, identical protein binding, plasma membrane, membrane, membrane => GO:0016020
InterPro: Cation/H+ exchanger

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 4 / 詳細: 25mM KAc pH4, 200mM KCl, 5mM glycerol, 5mM MPD
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: back injection method with 4% trehalose
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 20 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: OTHER / 詳細: all buffers used were sodium-free
Timed resolved state: sample was plunge-frozen in liquid nitrogen
手法: back injection method (Wang & Kuhlbrandt, 1991) with 4% trehalose
詳細E.coli polar lipids with a lipid-to-protein ration (LPR) of 0.4-0.5 were used. 2D crystals were grown by slow removal of detergent (0.15% DM) by dialysis.
結晶化詳細: E.coli polar lipids with a lipid-to-protein ration (LPR) of 0.4-0.5 were used. 2D crystals were grown by slow removal of detergent (0.15% DM) by dialysis.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3000SFF
温度最低: 4 K / 最高: 10 K / 平均: 4 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens was corrected at 60kx and/or 300kx magnification
Legacy - Electron beam tilt params: -
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: -
日付2012年12月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 128 / 平均電子線量: 25 e/Å2
Tilt angle min0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 53000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.12 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: helium-cooled top entry stage with fixed specimen holder.
試料ホルダーモデル: JEOL / Tilt angle max: 45 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 45 °

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画像解析

詳細Images were processed with the 2dx software.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: 2dx
詳細: 6A in plane resolution and 14A resolution in the z direction.
結晶パラメータ単位格子 - A: 81.5 Å / 単位格子 - B: 103.3 Å / 単位格子 - C: 200 Å / 単位格子 - γ: 90.0 ° / 単位格子 - α: 90.0 ° / 単位格子 - β: 90.0 ° / 面群: P 2 21 21
CTF補正詳細: 2dx

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4czb


Chain - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Coot
詳細The X-ray structure of the same protein (4czb) obtained at different conditions was manually fitted to the 3D EM density map.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-4d0a:
3D EM map of the sodium proton antiporter MjNhaP1 from Methanocaldococcus jannaschii

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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