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- EMDB-26352: Cryo-EM Structure of ALDOA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26352
タイトルCryo-EM Structure of ALDOA
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetramer of aldolase
    • タンパク質・ペプチド: Fructose-bisphosphate aldolase
  • リガンド: water
キーワードALDOA / fructose-bisphosphate aldolase / aldolase / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose binding / sperm head / ATP biosynthetic process / binding of sperm to zona pellucida / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose metabolic process / M band / I band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process ...fructose binding / sperm head / ATP biosynthetic process / binding of sperm to zona pellucida / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose metabolic process / M band / I band / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / muscle cell cellular homeostasis / striated muscle contraction / cytoskeletal protein binding / glycolytic process / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Morgan CE / Zhang Z / Yu EW
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Toward structural-omics of the bovine retinal pigment epithelium.
著者: Christopher E Morgan / Zhemin Zhang / Masaru Miyagi / Marcin Golczak / Edward W Yu /
要旨: The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on ...The use of an integrated systems biology approach to investigate tissues and organs has been thought to be impracticable in the field of structural biology, where the techniques mainly focus on determining the structure of a particular biomacromolecule of interest. Here, we report the use of cryoelectron microscopy (cryo-EM) to define the composition of a raw bovine retinal pigment epithelium (RPE) lysate. From this sample, we simultaneously identify and solve cryo-EM structures of seven different RPE enzymes whose functions affect neurotransmitter recycling, iron metabolism, gluconeogenesis, glycolysis, axonal development, and energy homeostasis. Interestingly, dysfunction of these important proteins has been directly linked to several neurodegenerative disorders, including Huntington's disease, amyotrophic lateral sclerosis (ALS), Parkinson's disease, Alzheimer's disease, and schizophrenia. Our work underscores the importance of cryo-EM in facilitating tissue and organ proteomics at the atomic level.
履歴
登録2022年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26352.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26352.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-2.9236152 - 3.6168628
平均 (標準偏差)0.000019770008 (±0.06920883)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_26352_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26352_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_26352_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetramer of aldolase

全体名称: Tetramer of aldolase
要素
  • 複合体: Tetramer of aldolase
    • タンパク質・ペプチド: Fructose-bisphosphate aldolase
  • リガンド: water

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超分子 #1: Tetramer of aldolase

超分子名称: Tetramer of aldolase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: Fructose-bisphosphate aldolase

分子名称: Fructose-bisphosphate aldolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: fructose-bisphosphate aldolase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 39.488105 KDa
配列文字列: MPHQYPALTP EQKKELCDIA HRIVAPGKGI LAADESTGSI AKRLQSIGTE NTEENRRFYR QLLLTADDRV NPCIGGVILF HETLYQKAD DGRPFPQVIK AKGGVVGIKV DKGVVPLAGT NGETTTQGLD GLSERCAQYK KDGADFAKWR CVLKIGEHTP S SLAIMENA ...文字列:
MPHQYPALTP EQKKELCDIA HRIVAPGKGI LAADESTGSI AKRLQSIGTE NTEENRRFYR QLLLTADDRV NPCIGGVILF HETLYQKAD DGRPFPQVIK AKGGVVGIKV DKGVVPLAGT NGETTTQGLD GLSERCAQYK KDGADFAKWR CVLKIGEHTP S SLAIMENA NVLARYASIC QQNGIVPIVE PEILPDGDHD LKRCQYVTEK VLAAVYKALS DHHIYLEGTL LKPNMVTPGH AC TQKYSHE EIAMATVTAL RRTVPPAVPG ITFLSGGQSE EEASINLNAI NKCPLLKPWA LTFSYGRALQ ASALKAWGGK KEN LKAAQE EYVKRALANS LACQGKYTPS GKAGAAASES LFISNHAY

UniProtKB: Fructose-bisphosphate aldolase

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 284 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 36.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3) / 使用した粒子像数: 14361
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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