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万見
- EMDB-26323: METIS hexagonal wireframe DNA origami with 84bp edge length -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26323
タイトルMETIS hexagonal wireframe DNA origami with 84bp edge length
マップデータ
試料
  • 複合体: METIS hexagonal wireframe DNA origami with 84bp edge length
生物種Escherichia virus M13 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Li S / Wang X / Zhang K / Chiu W / Bathe M
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)CBET-1729397 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CCF-1956054 米国
Office of Naval Research (ONR)N00014-21-1-4013 米国
Office of Naval Research (ONR)N00014-20-1-2084 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Planar 2D wireframe DNA origami.
著者: Xiao Wang / Shanshan Li / Hyungmin Jun / Torsten John / Kaiming Zhang / Hannah Fowler / Jonathan P K Doye / Wah Chiu / Mark Bathe /
要旨: Two-dimensional (2D) DNA origami is widely used for applications ranging from excitonics to single-molecule biophysics. Conventional, single-layer 2D DNA origami exhibits flexibility and curvature in ...Two-dimensional (2D) DNA origami is widely used for applications ranging from excitonics to single-molecule biophysics. Conventional, single-layer 2D DNA origami exhibits flexibility and curvature in solution; however, that may limit its suitability as a 2D structural template. In contrast, 2D wireframe DNA origami rendered with six-helix bundle edges offers local control over duplex orientations with enhanced in-plane rigidity. Here, we investigate the 3D structure of these assemblies using cryo-electron microscopy (cryo-EM). 3D reconstructions reveal a high degree of planarity and homogeneity in solution for polygonal objects with and without internal mesh, enabling 10-Å resolution for a triangle. Coarse-grained simulations were in agreement with cryo-EM data, offering molecular structural insight into this class of 2D DNA origami. Our results suggest that these assemblies may be valuable for 2D material applications and geometries that require high structural fidelity together with local control over duplex orientations, rather than parallel duplex assembly.
履歴
登録2022年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月29日-
マップ公開2022年6月29日-
更新2022年6月29日-
現状2022年6月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26323.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26323.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.7 Å/pix.
x 300 pix.
= 510. Å		1.7 Å/pix.
x 300 pix.
= 510. Å		1.7 Å/pix.
x 300 pix.
= 510. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-0.39164105 - 2.0786397
平均 (標準偏差)0.016171664 (±0.111978956)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 510.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : METIS hexagonal wireframe DNA origami with 84bp edge length

全体名称: METIS hexagonal wireframe DNA origami with 84bp edge length
要素
  • 複合体: METIS hexagonal wireframe DNA origami with 84bp edge length

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超分子 #1: METIS hexagonal wireframe DNA origami with 84bp edge length

超分子名称: METIS hexagonal wireframe DNA origami with 84bp edge length
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 7857
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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